《自然》子刊:AI助力從靶點到候選分子僅需3周!藥明康德協助研究

药明康德AI發表於2019-09-04
從選擇一個靶點,到形成潛在的新藥候選分子,這個過程需要多長的時間?過去的回答可能是數月,乃至數年。但在今日,來自Insilico Medicine、藥明康德、以及多倫多大學的科學家們在《自然》子刊Nature Biotechnology上給出了不同的答案。利用人工智慧技術,他們將這一數字縮短到了短短21天!

《自然》子刊:AI助力從靶點到候選分子僅需3周!藥明康德協助研究

這一技術有望為早期藥物發現帶來變革。眾所周知,新藥研發之路並非坦途。在高達近9成的失敗率面前,每一款上市新藥的背後,都是平均10多年的漫長道路,以及20多億美元的高昂開支。其中,光是早期藥物發現,就佔去了將近一半的成本。

為了突破這一瓶頸,業內諸多創新者在近年來不斷嘗試各種技術,而人工智慧就是他們的選擇之一:通過快速尋找到具有成藥潛力的分子,人工智慧有望加速新藥發現的程式,並減少所需的成本。但美好的願景之下,我們也不得不承認,由人工智慧進行設計,且能夠在實驗中證實自身潛力的分子,還非常少見。

《自然》子刊:AI助力從靶點到候選分子僅需3周!藥明康德協助研究藥明康德AI相關閱讀:人工智慧遇上新藥研發,它能給醫藥行業帶來什麼?這正是本篇論文的一大亮點所在。在研究中,科學家們首先將DDR1設為目標靶點。這是一種在上皮細胞中表達的酪氨酸激酶,參與到了組織纖維化(fibrosis)的程式之中。為了尋找到潛在的DDR1抑制劑,研究人員們開發了一種機器學習演算法,用於設計新藥分子。

《自然》子刊:AI助力從靶點到候選分子僅需3周!藥明康德協助研究▲本研究的演算法示意圖(圖片來源:參考資料[1])

具體來看,這個演算法的訓練用到了多個不同的資料庫。其中最大的一個資料庫裡包含海量的分子結構,其他的資料庫則分別為已知的DDR1抑制劑及其3D結構、具有激酶抑制劑活性的常見分子(作為正對照)、無法靶向激酶結構的分子(作為負對照)、以及已被醫藥企業申請專利的分子。

在對資料庫進行優化之後,研究人員們使用了強化學習的方法,初步得到了大約3萬個不同的結構。隨後,他們又根據反應基團與化學空間等指標,對所得到的結構做了進一步的篩選。完成這些潛在新藥分子的篩選時,距離最初確認DDR1為目標靶點,僅僅過去了21天!

接下來,就是實際檢驗這些分子的成藥潛力了。從篩選結果中,研究人員們隨機挑選出了40個結構,其中39個具有新穎性。從中,科學家們根據合成的難易程度,挑選出了6個分子,用作後續的體外與體內實驗。

《自然》子刊:AI助力從靶點到候選分子僅需3周!藥明康德協助研究▲對候選分子進行藥代動力學分析和作用機理探索(圖片來源:參考資料[1])體外實驗結果表明,其中的2個化合物對於DDR1具有很高的抑制性。在細胞系中,這兩個化合物同樣展現了可喜的DDR1抑制能力,且能有效降低與纖維化程式有關的標誌物。最後,研究人員們選擇1號化合物進行動物實驗。結果表明,無論是通過靜脈注射,還是通過口服,它的藥代動力學特性均令人滿意。

值得一提的是,在人工智慧技術與研發人員的協同下,在選定靶點的46天後,新篩選出的分子就完成了初步的生物學驗證。此外,科學家們也決定公開該演算法的原始碼,供產業更多研發人員使用。

《自然》子刊:AI助力從靶點到候選分子僅需3周!藥明康德協助研究▲選定靶點的46天后,新篩選出的分子就完成了初步的生物學驗證(圖片來源:參考資料[1])在論文的最後,研究人員們也指出,在邁入臨床試驗之前,由人工智慧設計出的分子還有進一步優化的空間。但考慮到新藥研發週期之漫長,能在早期新藥發現過程中縮短時間,已是一個喜人的進步。我們也期待在人工智慧的助力下,未來能夠更多新藥的研發得到加速,最終造福全球病患!

本文題圖來自Pixabay。

參考資料:

[1] Alex Zhavoronkov et al., (2019), Deep learning enables rapid identification of potent DDR1 kinase inhibitors, Nature Biotechnology, DOI: https://doi.org/10.1038/s41587-019-0224-x

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