目前有沒有好用的RNASeq的pipeline呢?

有沒有那種把Tophat、Cufflinks、Samtools以及找差異表達基因這些功能整合在一起的RNASeq的pipeline呢，我到GALAXY和GENEPATTERN上找過，好像都沒有一個能完整地完成初步
分析RNASeq流程的pipeline。

給你推薦一篇protocol，可以參閱以下。
Differential gene and transcript expression analysis of RNA-seq experiments with TopHat and Cufflinks

 

目前沒有一個完整的pipeline，因為物種、測序方法以及實驗目的和需求都是不同的。你可以根據自己的分析目的，寫個指令碼把你需要的分析軟體串起來（那也可以發個小文章了）。比如質量處理的fastx-toolkit、bowtie、tophat、cufflinks等。

 

2012  

你需要做什麼，就在sh指令碼里把什麼寫成管道不就行了，目前最好的軟體就是tophat和cufflinks組合了，就算有其他好點的pipeline也是整合的這兩個軟體，差點的就很老了也不適合分析現在的高通量資料

比如你要分析差異表達，就tophat <argument>... | cufflinks <argument>... | cuffmerge <argument>...| cuffdiff <argument>...自己寫個pipeline也不怎麼費事吧

 

2013

1.GALAXY
NGS: QC and manipulation中根據sequencing platform進行：QC，Trim，Groom
NGS: RNA Analysis中：用tophat進行mapping，cuffmerge（可跳過），cuffdiff

2.Linux
tophat進行mapping，cuffmerge（可跳過），cuffdiff

以上是非常常用的pipeline，但是在具體操作時需要根據sequenicng的質量及所研究的問題來調整引數，如：是否需要trim reads，可以允許幾個錯配，是否允許gap，是否允許非特異性mapping；需要挑選mapping的database；需要拼接還是完全根據已annotate的refseq。。。