來自6分新貴雜誌的生信資料分析

《柳葉刀》旗下雜誌，居然也收生信分析文章...

《EbioMedicine》是由臨床四大期刊之一的《The Lancet》和CNS 期刊《Cell》 聯合支援的開源期刊，旨在促進基礎醫學向臨床醫學的轉化。起點非常之高，但直到今年才獲得影響因子JIF=6.183，而且能夠預感在未來幾年影響力都會比較強勢。

今天講的這篇文章，是剔除水刊之外為數不多的生信高分文章，思路很好，但分析方法卻並不複雜，文章裡的圖表也是典型的生信分析結果展示。今天為大家簡單介紹一下。

一.文章部分結果展示

根據差異基因分析結果繪製的火山圖

根據基因表達水平排序，並用R包pheatmap生成熱圖

cytoscape生成的基因與miRNA互作關係圖是很多非生信工作者最喜歡的，但其實並不複雜，圖中中心點代表miRNA，紅色代表上調，綠色代表下調

差異甲基化位點的分佈統計

差異甲基化分別在Island和gene promoters表達熱圖

二.技術路線

資料選取

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差異基因分析

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生成表達火山圖

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生成差異基因熱圖

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KEGG通路富集分析

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根據表達值進行分組，然後進行Wilcoxcon秩和檢驗

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miRNA和基因的相關性分析

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通過皮爾森相關係數分析mRNA-miRNA互作關係

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差異甲基化分析和甲基化位點分佈統計

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生成差異甲基化分別在Island和gene promoters的表達熱圖

三.總結

想要與作者交流的話可以加微信聯絡

反思一下。之前來簡書的目的很簡單，就是發一些稍微有用的東西順便打廣告，我發的內容也都是先在社群首發的。

但其實我們現在也不是很缺專案，人啊，不能太貪心，以後會少放廣告，儘量還給大家有用的內容，當然同樣希望有人能到社群關注我。

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