【MATLAB生信分析】MATLAB生物資訊分析工具箱（二）

AlignMultipleSequencesExample.m

蛋白質序列-多重比對

AlignQuerySequenceToProfileUsingHMMModelAlignmentExample.m

HMM模型實現使用者序列-比對
AUCNormalizationExample.m

質譜曲線下面積 (AUC) 進行歸一化

BuildPhylogeneticTreefromPairwiseDistancesExample.m

序列成對距離法-構建系統發育樹

BuildPhylogeneticTreeusingNeighborJoiningMethodExample.m

鄰接法-構建系統發育樹

CalculateAffymetrixProbeAffinitiesExample.m

計算 Affymetrix 探針親和力

CalculateAffymetrixProbeAffinitiesExample.m

計算有向圖中的最大流

CalculateRangeOfGeneExpressionProfilesExample.m

計算基因表達譜的範圍

CalculateSequenceProfilefromPartofAlignmentCountingAllGaExample.m

計算序列譜

CalculateTheAtomicCompositionOfAProteinExample.m

計算蛋白質的原子組成

Calculate variance of gene expression profiles

計算蛋白質的原子組成

CalculateVarianceOfGeneExpressionProfilesExample.m

基因表達的方差
ChangeReferenceSequenceOfBioMapObjectExample.m

改變BioMap物件的參考序列

CharacterizeGenesInvolvedInTheYeastDiauxicShiftExample.m

表徵酵母雙峰轉換中基因表達

CleaveASequenceExample.m

胰蛋白酶切割序列
ComputeTheNumberOfReadsMappedToRefSeqExample.m

計算對映到參考序列區域讀段數量

ConstructABioIndexedFileObjectAndAccessItsGOExample.m

構建生物索引檔案並訪問其基因本體論（GO）條目
ConstructABioMapObjectExample.m

從 SAM 檔案以及其結構檔案構建 BioMap 物件
ConstructAnExptDataObjectExample.m

構造包含一個 DataMatrix 物件的 ExptData 物件

ConstructBioReadObjectfromFASTQFileExample.m

從 FASTQ 檔案構建 BioRead 物件

ConstructBioReadObjectfromMATLABStructureExample.m

從 MATLAB結構體 構建 BioRead 物件
ConstructBioReadObjectfromMATLABWorkspaceVariablesExample.m

從MATLAB工作空間中的變數 構造 BiRoad 物件

ConvertADNASequenceToAnRNASequenceExample.m

將 DNA 序列轉換成 RNA 序列
ConvertAlignedSequencesToCIGARStringsExample.m

將比對序列轉換成 CIGAR 字串
ConvertAnAminoAcideSequenceToANucleotideSequenceExample.m

將氨基酸序列轉換成核苷酸序列

ConvertAnAminoAcidSequenceToSingleletterOrThreeletterExample.m

將氨基酸序列轉換成單字母或三字母縮寫

ConvertANucleotideSequenceToItsComplementarySequenceExample.m

將核苷酸序列轉換成其互補序列

ConvertARandomAminoAcidSequenceExample.m

將氨基酸序列轉換為整數編碼表示

CountAminoAcidsInASequenceExample.m

DNA序列中密碼子的計數

CountNucleotidesInASequenceExample.m

DNA序列中核苷酸計數

CountTheNumberOfReadsMappedToGenomicFeaturesExample.m

計算對映到基因組特徵的讀取數量

CreateABiographObjectAndCalculateNodePositionExample.m

建立一個 BioGraph 物件並計算節點位置和邊的軌跡

CreateABiographObjectExample.m

建立一個 BioGraph 物件
CreateAPhylogeneticTreeExample.m

建立系統進化樹
CreateABioMapObjectDisplayInNGSBrowserExample.m

建立一個 BioMap 物件並將其匯入NGS瀏覽器中
CreateBiographObjSpecifyAccessItsPropsExample.m

建立一個 BioGraph 物件並指定其屬性
CreatePCAPlotOfMicroarrayDataExample.m

建立微陣列資料的主成分分析圖
CreateQualityControlPlotsForSequenceAndQualityDataExample.m

為序列和質量資料的建立質量控制圖
DetermineImportantFeaturesFromFisherIrisDataExample.m

以Fisher鳶尾花資料為例確定資料的重要特徵
DisplayASequenceLogoForAlignedAASeqExample.m

為比對好的氨基酸序列顯示序列 LOGO
DisplayBoxPlotsForMicroarrayDataExample.m

建立微陣列資料的箱圖

DisplayCNVDataAlginedToChromosomeIdeogramExample.m

對齊 染色體表意圖 下的拷貝數變異

DisplaySequenceLogoForNucleotideSeqExample.m

為比對好的核苷酸序列顯示序列 LOGO

DisplayTheFrequencyOfCNAExample.m

顯示拷貝數變異的頻率圖

EstimateSynonymousAndNonsynonymousSubRatesExample.m

估計兩個核苷酸序列的同義和非同義替換率
EstimateSynonymousAndNonsynonymousSubRatesMLExample.m

最大似然法估計兩個核苷酸序列的同義和非同義替換率

FilterNextgenerationSequencingDataExample.m

濾除下一代測序資料中具有低質量鹼基的序列

FilterOutGeneswithAbsoluteExpressionLevelsthatareLowerThExample.m

使用使用者定義閾值篩選出低絕對錶達水平的基因

FilterOutGeneswithLowAbsoluteExpressionLevelsExample.m

篩選出低絕對錶達水平的基因

FilterOutGeneswithLowAbsoluteExpressionLevelsUsingaLogicExample.m

使用邏輯向量篩選出低絕對錶達水平的基因
GenerateAnIndexStructFromBAMFileExample.m

從BAM索引檔案生成索引結構
GenerateSpatialImageForMicroarrayDataExample.m

生成微陣列資料的空間影象
MaximumIntensityNormalizationExample.m

質譜資料中歸一化每個譜線的離子強度

NormalizeAffymetrixDataExample.m

歸一化 Affymetrix 資料
NormalizeMicroarrayDataExample.m

歸一化 Microarray 資料

OpenAndViewABiologicalSequenceExample.m

開啟並顯示生物學序列

PerformCBSOnCGHDataExample.m

比較基因組雜交資料執行環形二分割

PerformHierarchicalClusteringOnGeneExpressionDataExample.m

對基因表達資料進行層次聚類

PerformUnpairedHypothesisTestForShortreadCountDataExample.m

對短讀段計數資料進行非配對假設檢驗

PlotAHeatmapOfDataMatrixExample.m

繪製 熱點圖

PlotASetOfMassSpectraDataExample.m

繪製 質譜圖
PlotChromosomeIdeogramsExample.m

繪製 染色體表意圖

QuantileNormalizationExample

質譜資料 分位數歸一化

ReadCytogeneticBandingInformationFromAFileExample.m

從檔案讀取 染色體帶 資訊

ReadDataFromGPRFileExample.m

讀取和顯示 GPR 檔案

ReadSequenceDataFromFASTAFilesExample.m

從 FASTA 檔案中讀取序列

ReadSequenceInformationFromEMBLFileExample.m

從 EMBL 檔案中讀取序列

ResampleMassSpectrometryDataExample.m

質譜資料的重新取樣

RetrieveAlignmentRecordsThatAlignToTwoRefSeqExample.m

檢索比對到參考序列的比對記錄

RetrieveBLOSUMScoringMatrixExample.m

檢索BLOSUM得分矩陣

RetrieveExonsFromAGTFformattedFileExample.m

從 GTF格式檔案 檢索外顯子

RetrieveGenesFromAGTFformattedFileExample.m

從 GTF格式檔案 檢索基因

RetrieveInfoAboutBAMFileExample.m

檢索 BAM格式檔案 中的資訊

RetrieveSegmentsFromAGTFformattedFileExample.m

從 GTF格式檔案 中檢索片段

RetrieveTranscriptsFromAGTFformattedFileExample.m

從 GTF格式檔案 檢索轉錄本

SendRasMolScriptCommandsToMoleculeViewerAppExample.m

向 分子檢視器 傳送 RasMol指令碼

SmoothMassSpectrometryDataExample.m

最小二乘多項式方法平滑質譜資料

SplitMergedPairedendSequencesIntoSeparateFilesExample.m

將合併的 末端配對序列 分割成單獨的檔案

SplitSequencesIntoSeparateFilesBasedOnBarcodesExample.m

基於條形碼分割成序列檔案

TrimSequencesInAFASTQFileExample.m

修剪 FASTQ檔案 中的序列

Update SAM flag values of BioMap object

更新 BioMap 物件的 SAM 標誌

View3DStructureOfAMoleculeExample.m

視覺化分子的三維結構

ViewAMultipleSequenceAlignmentFileExample.m

視覺化序列 多重比對檔案
ViewAPhylogeneticTreeExample.m

視覺化系統發育樹