答讀者問(1):非模式物種找marker;如何根據marker定義細胞型別

TOP生物資訊發表於2021-07-23

下午花了兩個小時回答讀者的疑問,覺得可以記錄下來,也許能幫到一部分人。

第一位讀者做的是非模式物種的單細胞。

一開始以為是想問我非模式物種的marker基因在哪兒找,讀者朋友也提到了blast

研究的主要細胞型別的marker是有的

讓讀者朋友困惑的是一張表,cluster乘樣本的表,每一個值表示表達這個marker基因的細胞數目。這個表其實沒有多少資訊,且容易給人誤導。應該直接從小提琴圖看。


解答完了這個問題,另一個問題還是回到“非模式物種如何找marker”。找同源基因是一個思路,甚至都不用自己比對,這類資訊網上資料庫應該就有;再一個就是多看同一領域的文獻,實驗、bulk RNA-seq都做了那麼多了,幾個marker基因還是有的吧。

因水平有限,有錯誤的地方,歡迎批評指正!

相關文章