概念
簡介
在電腦科學裡, 字尾陣列（英語：suffix array）是一個通過對字串的所有字尾經過排序後得到的陣列。此資料結構被運用於全文索引、資料壓縮演算法、以及生物資訊學。
字尾字串
- 字尾字串：從後往前依次遞增擷取的字串。長度為 n 的字串有 n 個字尾
字尾陣列和rank陣列
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字尾陣列：排名和原下標的對映。把字串的n個字尾子串按照字典序從小到大排列，形成的陣列，在陣列中記錄字尾的起始下標。是排名到下標的對映。
sa[m]=n表示排名是m的字尾字串在原字串的起點是n如：sa[0]=5 表示排名是0位的字尾字串在原字串的起點是5
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rank陣列：給定字尾的下標,返回其字典序。是下標到排名的對映。
rk[n]=m表示字尾在原字串起點是n的字串的排名是m如：rk[5]=0 表示字尾在原字串起點是5的字串排名為0位
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顯然，字尾陣列和rank陣列是互補的
sa[rk[i]] = rk[sa[i]] = i
思路分析
字尾陣列主要用於字串匹配的查詢。
有一個顯而易見的基本概念：字串的子串一定是某個字尾的字首
如果給定一個字串，想看它是不是母串的子串，那麼我們可以先構造母串的字尾陣列，然後使用二分查詢，根據字典序查詢出與該字串最匹配的字尾，然後遍歷字尾，如果該字串是該字尾的字首，那麼就說明該字串是母串的子串；否則不是。
如何求字尾陣列以及進行字串匹配
樸素法
獲取所有字尾放入陣列，然後使用Arrays.sort() 按照字典序排序。
注意：不僅要獲取字尾，字尾在母串的起點下標也需要獲取，也就是說字尾和其在母串的起點下標是一體，不可分割的，為了解決這個問題，需要把字尾字串和其起點下標封裝成物件，並且實現Comparable介面。
//求字尾陣列
public static Suff[] getSa(String src) {
int strLength = src.length();
/*sa是排名到下標的對映,即sa[i]=k說明排名為i的字尾是從k開始的*/
Suff[] suffixArray = new Suff[strLength];
for (int i = 0; i < strLength; i++) {
String suffI = src.substring(i);//擷取字尾
suffixArray[i] = new Suff(i, suffI);
}
Arrays.sort(suffixArray);//依據Suff的比較規則進行排序
return suffixArray;
}
//封裝字尾和起點下標
class Suff implements Comparable<Suff> {
String str; //字尾內容
int index;//字尾的起始下標
public Suff(int index, String str) {
this.index = index;
this.str = str;
}
@Override
public int compareTo(Suff o2) {
return this.str.compareTo(o2.str);
}
@Override
public String toString() {
return "Suff{" +
"str='" + str + '\'' +
", index=" + index +
'}';
}
}
- 時間複雜度：快排
O(nlogn)，字串一一匹配還需乘O(n)，所以總的時間複雜度是O(n^2·logn)
倍增法
倍增演算法的主要思路是：用倍增的方法對每個字元開始的長度為2^k的子字串進行排序，求出排名，即rank值。k 從О開始，每次加1，當2^k大於n以後，每個字元開始的長度為2^k的子字串便相當於所有的字尾。並且這些子字串都一定已經比較出大小，即rank值中沒有相同的值，那麼此時的rank值就是最後的結果。每一次排序都利用上次長度為2^(k-1)的字串的rank值，那麼長度為2^k的字串就可以用兩個長度為2^(k-1)的字串的排名作為關鍵字表示，然後進行快速排序，便得出了長度為2^k的字串的rank值。
這裡和羅穗騫論文裡的排序思路略有不同，採用快速排序簡化程式碼幫助理解。
用rank陣列記錄sa陣列中每個index的排名。
修改一下Suff類：
class Suff implements Comparable<Suff> {
public char c;//字尾內容
private String src;
public int index;//字尾的起始下標
public Suff(char c, int index, String src) {
this.c = c;
this.index = index;
this.src = src;
}
@Override
public int compareTo(Suff o2) {
return this.c - o2.c;
}
@Override
public String toString() {
return "Suff{" +
"char='" + src.substring(index) + '\'' +
", index=" + index +
'}';
}
}
改進的求字尾陣列方法：
public static Suff[] getSa(String src) {
int n = src.length();
Suff[] sa = new Suff[n];
for (int i = 0; i < n; i++) {
sa[i] = new Suff(src.charAt(i), i, src);//存單個字元,接下來排序
}
Arrays.sort(sa); //單個字元使用快排
/*rk是下標到排名的對映*/
int[] rk = new int[n]; //rank陣列
rk[sa[0].index] = 1; //排名從1開始
for (int i = 1; i < n; i++) {
rk[sa[i].index] = rk[sa[i - 1].index]; //下標所指字元相同則排名相同
if (sa[i].c != sa[i - 1].c) rk[sa[i].index]++; //字元不同，則排名加一
}
//倍增法
for (int k = 2; rk[sa[n - 1].index] < n; k *= 2) { //外層O(logn)
final int kk = k;
Arrays.sort(sa, (o1, o2) -> {
//不是基於字串比較,而是利用之前的rank
int i = o1.index;
int j = o2.index;
if (rk[i] == rk[j]) {//如果第一關鍵字相同
if (i + kk / 2 >= n || j + kk / 2 >= n)
return -(i - j); //如果某個字尾不具有第二關鍵字,那肯定較小,索引靠後的更小
return rk[i + kk / 2] - rk[j + kk / 2];
} else {
return rk[i] - rk[j];
}
});
/*---排序 end---*/
// 更新rank
rk[sa[0].index] = 1;
for (int i = 1; i < n; i++) {
int i1 = sa[i].index;
int i2 = sa[i - 1].index;
rk[i1] = rk[i2];
try { //兩個字串不相同，排名加一
if (!src.substring(i1, i1 + kk).equals(src.substring(i2, i2 + kk)))
rk[i1]++;
} catch (Exception e) { //i1+kk越界了，則說明i1字串比i2字串短，且原先排名在i2之後，所以排名加一
rk[i1]++;
}
}
}
return sa;
}
- 時間複雜度：快排複雜度
O(nlogn)，外層迴圈logn層，所以總的時間複雜度是O(n(logn)^2)
更好的優化
內部字串比較的時候使用基數排序O(n)可以時總的時間複雜度降低到O(nlogn)
還有時間複雜度為O(n)級別的DC3和SA-IS方法，可自行查閱資料，已放在文末。
二分法匹配字串
private static void match(String s, String p) { //s是母串，p是模式串
Suff[] sa = getSa(s); //獲取字尾陣列
int l = 0;
int r = s.length() - 1;
//二分查詢,nlog(m)
while (r >= l) {
int mid = l + ((r - l) >> 1);
//居中的字尾
Suff midSuff = sa[mid];
String suffStr = s.substring(midSuff.index); //獲取字尾
int compareRes;
//將字尾和模式串比較,O(n)
if (suffStr.length() >= p.length()) //字尾字串長度大於等於模式串，擷取字尾字串的字首與模式串比較
compareRes = suffStr.substring(0, p.length()).compareTo(p);
else //字尾字串長度小於模式串，直接進行比較
compareRes = suffStr.compareTo(p);
//相等了,輸出字尾的起始位置
if (compareRes == 0) {
System.out.println(midSuff.index);
break;
} else if (compareRes < 0) { //字尾小於模式串，左指標右移
l = mid + 1;
} else { //字尾大於模式串，右指標左移
r = mid - 1;
}
}
}
高度陣列
概念
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高度陣列：（height）是字尾陣列中每兩個相鄰字串元素的最長公共字首的長度的集合
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LCP：（longestCommonSubString）最長公共字首
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height[i] = LCP(sa[i],sa[i-1])
思路和實現
如果已經知道字尾陣列中i與i+1的lcp為h，那麼i代表的字串與i+1代表的字串去掉首字母后的lcp為h-1.
根據這個我們可以發現，如果知道i與字尾陣列中在它後一個的lcp為k，那麼它去掉首字母后的字串與其在字尾陣列中的後一個的lcp大於等於k-1.
即height[rk(i+1)] >= height[rk(i)]-1
例如對於字串abcefabc，我們知道abcefabc與abc的lcp為3.
那麼bcefabc與bc的lcp大於等於3-1.
利用這一點就可以O(n)求出高度陣列。
public static int[] getHeight(String src, Suff[] sa) {
int strLength = src.length();
int[] rk = new int[strLength];
//將rank表示為不重複的排名即0~n-1
for (int i = 0; i < strLength; i++) {
rk[sa[i].index] = i;
}
int[] height = new int[strLength];
int k = 0;
for (int i = 0; i < strLength; i++) {
int rk_i = rk[i]; //i字尾的排名
if (rk_i == 0) {
height[0] = 0;
continue;
}
int rk_i_1 = rk_i - 1;
int j = sa[rk_i_1].index;//j是i串字典序靠前的串的下標
if (k > 0) k--;
for (; j + k < strLength && i + k < strLength; k++) {
if (src.charAt(j + k) != src.charAt(i + k))
break;
}
height[rk_i] = k;
}
return height;
}