老曹的作業本之sra轉fastq

玉樹林峰發表於2019-03-07
AST

如何讓sra 轉fastq快一點

由於之前下載的資料比較大，轉fastq從財務跑了一趟回來還沒轉完一半，想著有沒有快點的辦法，人老了，心浮氣躁。後來找到這個,2018年6月出來，這麼久了我還沒更新，可見我真的懶了很久了。
於是下下來試一下,
這邊的機子是Ubuntu，就下那個吧。以前centos 和小紅帽等都用過，怎麼安裝載入路徑這裡我就不說了，下次出個集合。

ls *.sra |while read id ; do fasterq-dump --split-3 -e 20 -p $id ;done

快到不要不要的快到不要不要的
大多數的焦慮無非是難忍當下的苟且卻又無力改變現狀，by 小林。我現在就是這種狀態

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