本地blast的使用及SRA轉fastq，解決sra轉換成fastq後bwa無法識別的問題

BLAST instaliiation

直接下載編譯好的balst，加入 PATH

匯入PATH，使其在任何terminal中均可使用

export PATH=$PATH:your directory/ncbi-blast-2.9.0+/bin

cd ~
vim ~/.bash_profile
source ~/.bash_profile

使用命令

建立資料庫

makeblastdb -in SRR5799563.fasta -out SRR9563db -parse_seqids -dbtype nucl
makeblastdb -in all.contig -out kpn_contigdb -dbtype nucl 

進行blast

引數

• -query：輸入序列名稱
• -out：輸出結果名稱
• -outfmt：以格式6輸出結果，後面自定義輸出的條目
• -max_target_seqs：每條序列最多匹配多少個結果
• -num_thread：用多少執行緒

blastn -db ./database/SRR9563db -query hrpt.fa -out hrpt.blastt -outfmt 6 -max_target_seqs 1000000 -num_threads 15

blastn -db kpn_contigdb -query kpc2.fa -out kpc2.blast -evalue 0.01 -num_threads 15 -outfmt "6 qsedid qacc sseqid sacc evalue qstart qend sstart send length pident qcovhsp"

NCBI SRAtools

• 下載和解壓工具

wget ftp://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/current/sratoolkit.current-centos_linux64.tar.gz
tar -xzf sratoolkit.current-centos_linux64.tar.gz 
cd sratoolkit.2.9.6-centos_linux64/
cd bin

• 下載sra檔案並生成fastq reads檔案

引數

• -split-files：把pair-end測序分成兩個檔案輸出
• -I ：列印read 1和2 的字尾（Produces two fastq files (–split-files) containing “.1” and “.2” read suffices (-I) for paired-end data.）
• -fasta 只輸出fasta格式

./prefetch -p 1 SRR5799563 # 下載sra檔案
~/sratoolkit.2.9.6-centos_linux64/bin/fastq-dump -I --split-files SRR390728 #

 ~/sratoolkit.2.9.6-centos_linux64/bin/fastq-dump --fasta  SRR5799563.sra

SRA fastq 編輯用於 BWA MEM 比對

sra 生成的read1和reads2字尾可能bwa不能識別，需要修改序列名字

awk 'BEGIN{OFS=FS="."}{if (FNR%4==1) print $1":"$2; else print $0}' s1test4k_1.fq >s1_awk_1.fq

awk ‘BEGIN{OFS=FS="."}{if (FNR%4==1) print $1":"$2; else print $0}' SRR6037659_2.fastq>../mapping/s1/s1_awk_2.fq