把sra資料移動到我們工作目錄後，我們開始sra轉faq。
正式執行程式碼之前，必須先拿一個樣品測試下程式碼能否執行成功，這點很關鍵，因為這步就算成功執行也特別慢，要是程式碼再出錯了就更浪費時間了。

拿第一個樣品做測試

ls SRR5315196.sra |fastq-dump -gzip --split-3 -O ./ SRR5315196.sra

sra-tools 裡的 fastq-dump工具可以將SRR檔案轉換為FASTQ格式，–split-3參數列示如果是雙端測序就自動拆分，如果是單端不受影響。也就是說，–split-3引數可以將PE的sra檔案解壓後的fastq檔案拆分成_1.fastq和_2.fastq，如果示例資料集是SE測序，不會進行拆分。–gzip轉換fastq為壓縮檔案，節省空間。
單個測試成功，那我們就寫迴圈進行批量轉換格式。

cat >sra.sh #寫指令碼 ls SRR* |while read id; do (fastq-dump -gzip
–split-3 -O ./ $id)1>./${id}.sra.log 2>&1;done #多個迴圈 nohup bash sra.sh & #掛後臺執行

這步一定一定記得掛後臺執行（nohup cmd &）因為特別慢，不掛後臺你一掉線就功虧一簣了。
我們解讀下這個寫入指令碼里面的迴圈命令：
ls SRR* 是為了能夠把當前資料夾下所有從NCBI上下載的SRR資料列出來
fastq-dump -gzip --split-3 -O ./ ${id} 這條命令是告訴系統，我要轉換成fastq格式並且要壓縮的；而且表示如果是雙端測序就自動拆分，如果是單端不受影響；-O ./ $id表示輸出（output）到當前文件夾下，文件名前綴不變（這樣的話輸出張這樣SRR5315196.fastq.gz）1>./${id}.sra.log 2>&1 （0.標準輸入；1.標準輸出；2.標準錯誤）這個命令是說，重定向標準輸出到當前檔案下SRR5315197.sra.sra.log檔案，且標準輸出、標準錯誤到一個檔案中（2>&1）
製作config檔案
製作config檔案的作用: 從NCBI上下載SRA資料，之後再轉成 fastq.gz格式，在此過程中把原本的檔名（SRR號）改成在跑流程時可以區分各樣本的檔名，生信分析中 檔案命名很重要，生成fastq檔案時，如果不進行更改操作就會直接生成 SRR****.fastq.gz ，我們不能這樣，只有這些SRR號我們根本不知道這些樣品是些什麼，生信分析很重要的一點就是從檔名上我們就要知道這是個什麼資料。
首先還去NCBI下載SRA資料的那個介面下載個 txt 檔案
下載到自己的電腦上後，匯入到伺服器上
匯入成功後，使用命令：
$ head -1 SraRunTable.txt | tr ‘\t’ ‘\n’|cat -n
檢視該檔案的第一行（表頭）把它轉化成列，並加上行號。