要從 GEO（Gene Expression Omnibus）資料庫下載 SRA（Sequence Read Archive）檔案，可以使用以下步驟：
1. 查詢 GEO 資料集
首先，訪問 GEO 資料庫的 GEO 網站 並搜尋你感興趣的資料集。通常資料集的 ID 以 "GSE" 開頭，例如 GSE12345。
2. 找到 SRA 訪問連結
在資料集頁面上，你可以找到與 SRA 相關的資訊。通常在資料集的 "Sample" 或 "Series" 資訊中，會列出 SRA 訪問號（SRR），你可以從中獲取 SRA 的 ID。
3. 使用 SRA Toolkit 下載 SRA 檔案
要下載 SRA 檔案，你需要使用 SRA Toolkit。你可以從 SRA Toolkit 下載頁面 下載並安裝 SRA Toolkit。
安裝完成後，你可以使用 prefetch 命令下載 SRA 檔案。例如，假設你的 SRA ID 是 SRR123456，你可以在命令列中執行：
prefetch SRR123456
這將把 SRA 檔案下載到預設的目錄中。
4. 轉換 SRA 檔案（可選）
如果你想將 SRA 檔案轉換為 FASTQ 格式，可以使用 fastq-dump 命令。例如：
fastq-dump --split-files SRR123456
示例步驟
以下是一個完整的示例，假設你已經找到了 SRA ID：
# 下載 SRA 檔案
prefetch SRR123456
# 轉換為 FASTQ 格式
fastq-dump --split-files SRR123456
注意事項
- 確保在下載和轉換過程中有足夠的磁碟空間。