Linux學習教程-我的電腦在哪?
開啟Windows,首先看到的是桌面;不愛整理檔案的我,桌面的東西已經多到需要2個螢幕才能顯示的完。另外一個常用的就是我的電腦,然後開啟D盤,依次點開對應的資料夾,然後點開檔案。 |
的檔案系統組織方式與Windows略有不同,登入進去就是家目錄,可視為Windows下的桌面。在這個目錄下,我們可以新建檔案、新建資料夾,就像在桌面上的操作一樣。
注:
這裡我們假設所有用到的檔案和資料夾都放置於家目錄下
Linux的家目錄嚴格來說可能類似於Windows下的C:\Users\ct
如果想檢視當前目錄下都有什麼內容,輸入
ls,回車即可 (ls可以理解為單詞list的縮寫)。當前目錄下什麼也沒有,所以沒有任何輸出。
ct@ehbio:~$ ls
如果錯把l看成了i,輸入了is,則會出現下面的提示未找到 。如果輸入的是Linux基本命令,出現這個提示,基本可以判定是命令輸入錯了,瞪大眼睛仔細看就是了。 在敲完命令回車後,注意檢視終端的輸出,以判斷是否有問題。
ct@ehbio:~$ is -bash: is: 未找到命令 # 大小寫敏感 ct@ehbio:~$ lS -bash: lS: 未找到命令
當前目錄下只有一個檔案,看不出效果,我們可以新建幾個檔案和資料夾,來檢視下。
mkdir是新建一個目錄 (make a directory);data是目錄的名字。 如果目錄存在,則會出現提示,”無法建立已存在的目錄”。這時可以使用引數-p忽略這個錯誤。
ct@ehbio:~$ mkdir data ct@ehbio:~$ mkdir ls data ct@ehbio:~$ mkdir data mkdir: 無法建立目錄"data" : 檔案已存在 ct@ehbio:~$ mkdir -p data
cat是一個命令,主要用來檢視檔案;在這與< <1end連用用於讀入大段資料。輸入cat <1<1end之後,回車,會看到終端出現一個大於號,大於號後面可以輸入內容,再回車,繼續輸入內容,直到我們輸入end="" (大寫的,與上面一致),輸入過程結束,我們輸入的內容都顯示在了螢幕上。="" ct@ehbio:~$ mkdir data ct@ehbio:~$ cat < a > bc > END a bc `>`是一個重定向符號,即把前面命令的輸出寫入到`>`後面的檔案中。如下所示,新建了一個`Fasta`格式的檔案。 `ls -l`列出檔案的詳細資訊;`-l`表示命令列引數,是程式預留的一些選項,保證在不更改程式的情況下獲得更靈活的操作。可使用`man ls`檢視`ls`所有的命令列引數, 上下箭頭翻頁,按`q`退出檢視。(man: manual, 手冊)
```bash ct@ehbio:~$ cat <data/test.fa > >SOX2 > ACGTCGGCGGAGGGTGGSCGGGGGGGGAGAGGT > ACGATGAGGAGTAGGAGAGAGGAGG > >OCT4 > ACGTAGGATGGAGGAGAGGGAGGGGGGAGGAGAGGAA > AGAGTAGAGAGA > >NANOG > ACGATGCGATGCAGCGTTTTTTTTTGGTTGGATCT > CAGGTAGGAGCGAGGAGGCAGCGGCGGATGCAGGCA > ACGGTAGCGAGTC > >mYC HAHA > ACGGAGCGAGCTAGTGCAGCGAGGAGCTGAGTCGAGC > CAGGACAGGAGCTA > end > END ## 注意命令和引數之間的空格 ct@ehbio:~/data$ ls-l -bash: ls-l: 未找到命令 ct@ehbio:~$ ls -l 總用量 4 ## d: dir; 表示data是個目錄 ## rwx:表示目錄的許可權,暫時忽略,或自己線上搜尋 drwxrwxr-x 2 ct ct 4096 6月 8 14:52 data ct@ehbio:~$ ls -l data 總用量 4 ## 開頭的`-`表示test.fa是個檔案 -rw-rw-r-- 1 ct ct 284 6月 8 14:48 test.fa
檢視寫入的檔案的內容,cat 檔名;需要注意的是檔案所在的目錄,預設是當前目錄;如下面第一個命令,會提示cat: test.fa: 沒有那個檔案或目錄,是因為當前目錄下不存在檔案test.fa。(注意檔案末尾的end)
ct@ehbio:~$ cat test.fa cat: test.fa: 沒有那個檔案或目錄 ct@ehbio:~$ cat data/test.fa >SOX2 ACGTCGGCGGAGGGTGGSCGGGGGGGGAGAGGT ACGATGAGGAGTAGGAGAGAGGAGG >OCT4 ACGTAGGATGGAGGAGAGGGAGGGGGGAGGAGAGGAA AGAGTAGAGAGA >NANOG ACGATGCGATGCAGCGTTTTTTTTTGGTTGGATCT CAGGTAGGAGCGAGGAGGCAGCGGCGGATGCAGGCA ACGGTAGCGAGTC >mYC HAHA ACGGAGCGAGCTAGTGCAGCGAGGAGCTGAGTCGAGC CAGGACAGGAGCTA end
test.fa在目錄data下,可以先進入data目錄,然後再檢視檔案。類比於Windows下先點開一個資料夾,再點開下面的檔案。
cd (change dir)切換目錄。
head檢視檔案最開始的幾行,預設為10行,可使用-n 6指定檢視前6行。
ct@ehbio:~$ cd data ct@ehbio:~/data$ head -n 6 test.fa >SOX2 ACGTCGGCGGAGGGTGGSCGGGGGGGGAGAGGT ACGATGAGGAGTAGGAGAGAGGAGG >OCT4 ACGTAGGATGGAGGAGAGGGAGGGGGGAGGAGAGGAA AGAGTAGAGAGA
另外less和more也可以用來檢視檔案,尤其是檔案內容特別多的時候。
ct@ehbio:~/data$ less test.fa # q: 退出 # 上下箭頭、空格翻頁
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