Linux學習教程-我的電腦在哪？

開啟Windows，首先看到的是桌面；不愛整理檔案的我，桌面的東西已經多到需要2個螢幕才能顯示的完。另外一個常用的就是我的電腦，然後開啟D盤，依次點開對應的資料夾，然後點開檔案。

Linux的檔案系統組織方式與Windows略有不同，登入進去就是家目錄，可視為Windows下的桌面。在這個目錄下，我們可以新建檔案、新建資料夾，就像在桌面上的操作一樣。
注：
這裡我們假設所有用到的檔案和資料夾都放置於家目錄下
Linux的家目錄嚴格來說可能類似於Windows下的C:\Users\ct
如果想檢視當前目錄下都有什麼內容，輸入 命令 ls，回車即可 (ls可以理解為單詞list的縮寫)。當前目錄下什麼也沒有，所以沒有任何輸出。

ct@ehbio:~$ ls

如果錯把l看成了i，輸入了is，則會出現下面的提示未找到 命令。如果輸入的是Linux基本命令，出現這個提示，基本可以判定是命令輸入錯了，瞪大眼睛仔細看就是了。 在敲完命令回車後，注意檢視終端的輸出，以判斷是否有問題。

ct@ehbio:~$ is
-bash: is: 未找到命令
# 大小寫敏感
ct@ehbio:~$ lS
-bash: lS: 未找到命令

當前目錄下只有一個檔案，看不出效果，我們可以新建幾個檔案和資料夾，來檢視下。
mkdir是新建一個目錄 (make a directory)；data是目錄的名字。 如果目錄存在，則會出現提示，”無法建立已存在的目錄”。這時可以使用引數-p忽略這個錯誤。

ct@ehbio:~$ mkdir data
ct@ehbio:~$ mkdir ls
data
ct@ehbio:~$ mkdir data
mkdir: 無法建立目錄"data" : 檔案已存在
ct@ehbio:~$ mkdir -p data

cat是一個命令，主要用來檢視檔案；在這與< <1end連用用於讀入大段資料。輸入cat <1<1end之後，回車，會看到終端出現一個大於號，大於號後面可以輸入內容，再回車，繼續輸入內容，直到我們輸入end="" (大寫的，與上面一致)，輸入過程結束，我們輸入的內容都顯示在了螢幕上。="" ct@ehbio:~$ mkdir data ct@ehbio:~$ cat < a > bc > END a bc `>`是一個重定向符號，即把前面命令的輸出寫入到`>`後面的檔案中。如下所示，新建了一個`Fasta`格式的檔案。 `ls -l`列出檔案的詳細資訊；`-l`表示命令列引數，是程式預留的一些選項，保證在不更改程式的情況下獲得更靈活的操作。可使用`man ls`檢視`ls`所有的命令列引數, 上下箭頭翻頁，按`q`退出檢視。(man: manual, 手冊)

```bash
ct@ehbio:~$ cat <data/test.fa
> >SOX2
> ACGTCGGCGGAGGGTGGSCGGGGGGGGAGAGGT
> ACGATGAGGAGTAGGAGAGAGGAGG
> >OCT4
> ACGTAGGATGGAGGAGAGGGAGGGGGGAGGAGAGGAA
> AGAGTAGAGAGA
> >NANOG
> ACGATGCGATGCAGCGTTTTTTTTTGGTTGGATCT
> CAGGTAGGAGCGAGGAGGCAGCGGCGGATGCAGGCA
> ACGGTAGCGAGTC
> >mYC HAHA
> ACGGAGCGAGCTAGTGCAGCGAGGAGCTGAGTCGAGC
> CAGGACAGGAGCTA
> end
> END
## 注意命令和引數之間的空格
ct@ehbio:~/data$ ls-l
-bash: ls-l: 未找到命令
ct@ehbio:~$ ls -l
總用量 4
## d: dir; 表示data是個目錄
## rwx：表示目錄的許可權，暫時忽略，或自己線上搜尋
drwxrwxr-x 2 ct ct 4096 6月   8 14:52 data
ct@ehbio:~$ ls -l data
總用量 4
## 開頭的`-`表示test.fa是個檔案
-rw-rw-r-- 1 ct ct 284 6月   8 14:48 test.fa

檢視寫入的檔案的內容，cat 檔名；需要注意的是檔案所在的目錄，預設是當前目錄；如下面第一個命令，會提示cat: test.fa: 沒有那個檔案或目錄，是因為當前目錄下不存在檔案test.fa。(注意檔案末尾的end)

ct@ehbio:~$ cat test.fa
cat: test.fa: 沒有那個檔案或目錄
ct@ehbio:~$ cat data/test.fa 
>SOX2
ACGTCGGCGGAGGGTGGSCGGGGGGGGAGAGGT
ACGATGAGGAGTAGGAGAGAGGAGG
>OCT4
ACGTAGGATGGAGGAGAGGGAGGGGGGAGGAGAGGAA
AGAGTAGAGAGA
>NANOG
ACGATGCGATGCAGCGTTTTTTTTTGGTTGGATCT
CAGGTAGGAGCGAGGAGGCAGCGGCGGATGCAGGCA
ACGGTAGCGAGTC
>mYC HAHA
ACGGAGCGAGCTAGTGCAGCGAGGAGCTGAGTCGAGC
CAGGACAGGAGCTA
end

test.fa在目錄data下，可以先進入data目錄，然後再檢視檔案。類比於Windows下先點開一個資料夾，再點開下面的檔案。

cd (change dir)切換目錄。

head檢視檔案最開始的幾行，預設為10行，可使用-n 6指定檢視前6行。

ct@ehbio:~$ cd data
ct@ehbio:~/data$ head -n 6 test.fa 
>SOX2
ACGTCGGCGGAGGGTGGSCGGGGGGGGAGAGGT
ACGATGAGGAGTAGGAGAGAGGAGG
>OCT4
ACGTAGGATGGAGGAGAGGGAGGGGGGAGGAGAGGAA
AGAGTAGAGAGA

另外less和more也可以用來檢視檔案，尤其是檔案內容特別多的時候。

ct@ehbio:~/data$ less test.fa 
# q: 退出
# 上下箭頭、空格翻頁

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