R語言：KEGG富集、視覺化教程，附程式碼

皮蛋笔记發表於2024-06-14
R語言視覺化

上篇筆記分享了使用R語言進行GO分析的機械化操作，本篇內容將會分享如何用R語言作通路分析。

緊接上篇筆記內容，作KEGG富集分析用的檔案是id.txt檔案，即基因ID檔案。

1.安裝以下所需要的包

install.packages("colorspace")                ##安裝所需要的包
install.packages("stringi")
source("Bioconductor - Help")
biocLite("DOSE")
biocLite("clusterProfiler")
biocLite("pathview")

2.載入所需包
library("colorspace")    ##載入所需要的包
library("stringi")
library("DOSE")
library("clusterProfiler")
library("org.Hs.eg.db")
library("enrichplot")
library("ggplot2")

3.設定工作路徑並載入“clusterProfiler”包

setwd("C:\\Users\\31791\\Desktop\\KEGG")
library("clusterProfiler")

4.匯入id.txt檔案，執行以下程式碼

rt=read.table("id.txt",sep="\t",header=T,check.names=F)
rt=rt[is.na(rt[,"entrezID"])==F,]
geneFC=rt$logFC
gene=rt$entrezID
names(geneFC)=gene

5.執行以下程式碼進行KEGG富集分析，得到KEGG.txt檔案

kk <- enrichKEGG(gene = gene, organism = "hsa", pvalueCutoff =0.05, qvalueCutoff =0.05)
write.table(kk, file="KEGG.txt",sep="\t",quote=F,row.names = F)

6.進行視覺化繪製氣泡圖和柱狀圖

#柱狀圖
tiff(file="barplot.tiff",width = 20, height = 20, units ="cm",compression="lzw",bg="white",res=600)
barplot(kk, drop = TRUE, showCategory = 20)
dev.off()
#點圖
tiff(file="dotplot.tiff",width = 20, height = 20, units ="cm",compression="lzw",bg="white",res=600)
dotplot(kk, showCategory = 20)
dev.off()

7.通路圖 (利用pathview查閱代謝通路圖並匯出)

library("pathview")
keggxls=read.table("KEGG.txt",sep="\t",header=T)
for(i in keggxls$ID){
  pv.out <- pathview(gene.data = geneFC, pathway.id = i, species = "hsa", out.suffix = "pathview")
}

8.結果如下

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