資料探勘聚類之k-medoids演算法實現
程式碼如下：
package com.winning.dm.pathway;
import java.io.BufferedReader;
import java.io.File;
import java.io.FileReader;
import java.io.IOException;
import java.util.ArrayList;
import java.util.HashMap;
import java.util.Map;
import com.winning.dm.test.util.StringUtils;
public class NewKmeans {
// 儲存聚類之後的資料
public ArrayList<ArrayList<String>> groupby;
// 儲存中心
public ArrayList<String> alcenter;
// 迭代後的中心
public ArrayList<String> alnewcenter;
// 計算幾個類的輪廓係數
public ArrayList<Double> adoutline;
private static Logger logger = Logger.getLogger(NewKmeans.class);
/**
*
* @作者: liusen
* @時間: 2017-1-6 下午4:35:55
* @描述: 計算資料的漢明距離
* @param x
* 字串x
* @param y
* 字串y
* @return
* @備註:
*/
public int distance(String x, String y) {
int distance;
if (x.length() != y.length()) {
distance = -1;
} else {
distance = 0;
for (int i = 0; i < x.length(); i++) {
if (x.charAt(i) != y.charAt(i)) {
distance++;
}
}
}
return distance;
}
/**
*
* @作者: liusen
* @時間: 2017-1-6 下午4:43:43
* @描述: 聚類中心的迭代方法
* @param list
* @return
* @備註:
*/
public String centerIteration(ArrayList<String> list) {
int size = list.size();
int[] array = new int[size];
for (int i = 0; i < size; i++) {
for (int j = 0; j < size; j++) {
array[i] = array[i] + distance(list.get(i), list.get(j));
}
}
return list.get(findMinIndex(array));
}
/**
*
* @作者: liusen
* @時間: 2017-1-6 下午5:04:49
* @描述: 找到陣列中的最小值對應的下標
* @param array
* 陣列
* @return 下標
* @備註:
*/
public int findMinIndex(int[] array) {
int index = 0;
int size = array.length;
int min = array[0];
for (int i = 0; i < size; i++) {
if (min > array[i]) {
min = array[i];
index = i;
}
}
return index;
}
/**
*
* @作者: liusen
* @時間: 2017-1-11 上午11:13:00
* @描述: 計算最小值的下標
* @param array
* 目標陣列
* @return 下標
* @備註:
*/
public int findMinIndex(ArrayList<Double> array) {
int index = 0;
int size = array.size();
double min = array.get(0);
for (int i = 0; i < size; i++) {
if (min > array.get(i)) {
min = array.get(i);
index = i;
}
}
return index;
}
/**
*
* @作者: liusen
* @時間: 2017-1-6 下午5:16:24
* @描述: 把標號與ghdjid進行匹配
* @return 標號與ghdjid的匹配
* @throws IOException
* @備註:
*/
public ArrayList<String> findItem(String outputcsv, int xms)
throws IOException {
File file = new File(outputcsv);
BufferedReader br = new BufferedReader(new FileReader(file));
ArrayList<String> al = new ArrayList<String>();
String itemindex = null;
while ((itemindex = br.readLine()) != null) {
String[] st = itemindex.split(",");
int length = st.length;
StringBuilder sb = new StringBuilder();
for (int i = 1; i < xms + 1; i++) {
for (int j = 0; j < length; j++) {
if (i == Integer.valueOf(st[j])) {
sb.append('1');
j = length - 1;
continue;
}
if (Integer.valueOf(st[j]) > i) {
sb.append('0');
j = length - 1;
continue;
}
if (Integer.valueOf(st[length - 1]) < i) {
sb.append('0');
j = length - 1;
continue;
}
}
}
// System.out.println(sb.toString());
al.add(sb.toString());
}
return al;
}
/**
*
* @作者: liusen
* @時間: 2017-1-10 下午4:42:29
* @描述: 建立中心,選取患者作為中心
* @param k
* 建立中心的數量
* @return 建立的中心
* @備註:
*/
public ArrayList<Integer> createCenter(int k, int zrs) {
ArrayList<Integer> result = new ArrayList<Integer>();
for (int i = 0; i < k; i++) {
int a = (int) (Math.random() * zrs);
if (i == 0) {
result.add(a);
}
for (int j = 0; j < i; j++) {
if (a == result.get(j)) {
i--;
} else {
result.add(a);
}
}
}
return result;
}
/**
*
* @作者: liusen
* @時間: 2017-1-11 上午9:24:23
* @描述: 對資料進行分組
* @param gradedata
* 標號原始資料
* @param center
* 中心
* @return
* @備註:
*/
public ArrayList<ArrayList<String>> groupBy(ArrayList<String> gradedata,
ArrayList<String> center) {
ArrayList<ArrayList<String>> groupby = new ArrayList<ArrayList<String>>();
int zrs = gradedata.size();
int centernum = center.size();
for (int i = 0; i < centernum; i++) {
ArrayList<String> aset = new ArrayList<String>();
groupby.add(aset);
}
for (int i = 0; i < zrs; i++) {
int[] distance = new int[centernum];
for (int j = 0; j < centernum; j++) {
distance[j] = distance(gradedata.get(i), center.get(j));
}
groupby.get(findMinIndex(distance)).add(gradedata.get(i));
}
return groupby;
}
/**
*
* @作者: liusen
* @時間: 2017-1-11 上午10:47:45
* @描述: 計算輪廓係數之和
* @param groupby
* @return
* @備註:
*/
public double outline(ArrayList<ArrayList<String>> groupby) {
// 計算每一個人的s(i)
int size = groupby.size();
double sums = 0;
for (int i = 0; i < size; i++) {
int num = groupby.get(i).size();
for (int j = 0; j < num; j++) {
double a = counta(groupby.get(i).get(j), groupby.get(i));
double b = countb(i, groupby.get(i).get(j), groupby);
double max = 0;
max = (a > b) ? a : b;
sums = sums + (b - a) / max;
}
}
return sums;
}
/**
*
* @作者: liusen
* @時間: 2017-1-11 上午10:54:50
* @描述: 計算簇內距離
* @param target
* 目標值
* @param group
* 簇
* @return
* @備註:
*/
public double counta(String target, ArrayList<String> group) {
int size = group.size();
double result = 0;
for (int i = 0; i < size; i++) {
result = result + distance(target, group.get(i));
}
result = result / size;
return result;
}
/**
*
* @作者: liusen
* @時間: 2017-1-11 上午10:55:21
* @描述: 計算簇間距離
* @param target
* @param group
* @return
* @備註:
*/
public double countb(int grade, String target,
ArrayList<ArrayList<String>> groupby) {
int size = groupby.size();
ArrayList<Double> result = new ArrayList<Double>();
for (int i = 0; i < size; i++) {
if (i == grade) {
continue;
} else {
int num = groupby.get(i).size();
double sum = 0;
for (int j = 0; j < num; j++) {
sum = sum + distance(target, groupby.get(i).get(j));
}
sum = sum / num;
result.add(sum);
}
}
return result.get(findMinIndex(result));
}
/**
*
* @作者: liusen
* @時間: 2017-1-11 下午1:26:59
* @描述: 判斷最大值的索引
* @param array
* 目標集合
* @return
* @備註:
*/
public int findMaxIndex(ArrayList<Double> array) {
int index = 0;
int size = array.size();
double max = array.get(0);
for (int i = 0; i < size; i++) {
if (max < array.get(i)) {
max = array.get(i);
index = i;
}
}
return index;
}
/**
*
* @作者: liusen
* @時間: 2017-1-11 下午1:58:05
* @描述: 根據輪廓係數找到簇的個數
* @param gradedata
* 原始資料
* @return 簇的個數
* @備註:
*/
public int findGroupNum(ArrayList<String> gradedata) {
adoutline = new ArrayList<Double>();
for (int i = 2; i < 4; i++) {
// 隨機進行迭代,多次迭代求平均的輪廓係數
double sumoutline = 0;
for (int t = 0; t < 10; t++) {
// 隨機生成序號
ArrayList<Integer> center = createCenter(i, gradedata.size());
alcenter = new ArrayList<String>();
for (int j = 0; j < i; j++) {
// 把序號轉成標號資料
alcenter.add(gradedata.get(center.get(j)));
}
groupby = groupBy(gradedata, alcenter);
if (StringUtils.isEmpty(groupby)) {
t--;
continue;
}
// 檢視第一次是不是有空的集合
double avgdistance = 20;
while (avgdistance > 5) {
// 按照中心對資料進行分組,多次迭代求平均輪廓係數
groupby = groupBy(gradedata, alcenter);
alnewcenter = new ArrayList<String>();
for (int j = 0; j < i; j++) {
// 迭代求出新的中心
alnewcenter.add(centerIteration(groupby.get(j)));// 中心迭代的時候出現空的陣列
}
// 計算新的中心與舊的中心之間的距離
int sumdistance = 0;
for (int j = 0; j < i; j++) {
// 計算兩個中心之間的距離
sumdistance = sumdistance
+ distance(alcenter.get(j), alnewcenter.get(j));
}
avgdistance = (double) sumdistance / (double) i;
alcenter = alnewcenter;
}
// 根據分組計算輪廓係數
sumoutline = sumoutline + outline(groupby);
}
adoutline.add(sumoutline);
}
// k為最終的分類數量
int k = 2 + findMaxIndex(adoutline);
return k;
}
/**
*
* @作者: liusen
* @時間: 2017-1-11 下午2:35:09
* @描述: 找到分組的中心,分組的中心就是路徑
* @param k
* 簇的個數
* @param gradedata
* 原始資料
* @return 返回最佳中心
* @備註:
*/
public ArrayList<String> findCenter(int k, ArrayList<String> gradedata) {
// 儲存中心和對應的患者
Map<String, ArrayList<String>> result = new HashMap<String, ArrayList<String>>();
// 多次隨機生成中心防止得到區域性最優
ArrayList<ArrayList<String>> aals = new ArrayList<ArrayList<String>>();
// 儲存輪廓係數
ArrayList<Double> outline = new ArrayList<Double>();
for (int t = 0; t < 10; t++) {
// 隨機生成序號
ArrayList<String> alcenter = new ArrayList<String>();
ArrayList<Integer> center = createCenter(k, gradedata.size());
for (int j = 0; j < k; j++) {
// 把序號轉成標號資料
alcenter.add(gradedata.get(center.get(j)));
}
aals.add(alcenter);
double avgdistance = 20;
while (avgdistance > 5) {
// 按照中心對資料進行分組,多次迭代求平均輪廓係數
groupby = groupBy(gradedata, alcenter);
for (int j = 0; j < k; j++) {
// 迭代求出新的中心
alnewcenter.add(centerIteration(groupby.get(j)));
}
// 計算新的中心與舊的中心之間的距離
int sumdistance = 0;
for (int j = 0; j < k; j++) {
// 計算兩個中心之間的距離
sumdistance = sumdistance
+ distance(alcenter.get(j), alnewcenter.get(j));
}
avgdistance = (double) sumdistance / (double) k;
alcenter = alnewcenter;
}
// 根據分組計算輪廓係數
outline.add(outline(groupby));
}
return aals.get(findMaxIndex(outline));
}
/**
*
* @作者: liusen
* @時間: 2017-1-11 下午4:10:54
* @描述: 根據聚類中心進行聚類
* @return 聚類中心和對應的集合
* @備註:
*/
public Map<String, ArrayList<String>> findCenterMap(
ArrayList<String> center, ArrayList<String> gradedata) {
Map<String, ArrayList<String>> map = new HashMap<String, ArrayList<String>>();
ArrayList<String> alnewcenter=new ArrayList<String>();
double avgdistance = 20;
int size = center.size();
while (avgdistance > 5) {
// 按照中心對資料進行分組,多次迭代求平均輪廓係數
groupby = groupBy(gradedata, center);
for (int j = 0; j < size; j++) {
// 迭代求出新的中心
alnewcenter.add(centerIteration(groupby.get(j)));
}
// 計算新的中心與舊的中心之間的距離
int sumdistance = 0;
for (int j = 0; j < size; j++) {
// 計算兩個中心之間的距離
sumdistance = sumdistance
+ distance(center.get(j), alnewcenter.get(j));
}
avgdistance = (double) sumdistance / (double) size;
center = alnewcenter;
}
for (int i = 0; i < size; i++) {
map.put(center.get(i), groupby.get(i));
}
return map;
}
}
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