組裝
名詞解釋
Graph：將小片段的基因序列進行連線，形成一個非常大的圖。
構建Graph的方法：
- OCL(overlap Layout Consensus)
演算法
- reads 兩兩比對，找到序列相連的path
- reads比對上path，
- 將reads比對上path,根據權重對鹼基進行calling
軟體：Newbler,Celera Assemble
- de Bruijn Graph
nodes的Kmer序列
-
String Graph
GCE：基因組評估軟體
基因組組裝的軟體
- Newbler
- IDBA
- SOAPdenovo
較大基因組組裝
- ALLPATHS-LG
公認二代組裝比較好的軟體
- MaSuRCA
細菌基因組
- DBG2OLC
對二代和三代資料混合組裝
- HGAP
純ParBio資料
- Canu
支援ParBio和Nanopore,輸出的檔案out.contigs.fasta
- FALCON
Falcon最關鍵的步驟在於fc_run.cfg配置檔案
image.png
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