如果已經在系統上植入了檔案，有一些很好的方法可用手隱藏它們，以阻止或遲滯檢測。諸如Windows之類的作業系統提供了許多能夠隱藏檔案系統中資訊的方法，包括檔案屬性和備用資料流。
檔案屬性是作業系統的一個功能，它允許將檔案標記為具有某些屬性(如隱藏)。標記為隱藏的檔案不會自動顯示在常規的目錄列表或檔案管理程式(如 Windows資源管理器）中。雖然用這種方式隱藏檔案並不能提供完整保護，因為更高階的檢測技術可以發現用這種方式隱藏的檔案。另外，只需要進行幾次單擊操作，很多檔案管理器會自動顯示隱藏的檔案。
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