簡單的概括一下
InnoDB：
支援事務處理等
不加鎖讀取
支援外來鍵
支援行鎖
不支援FULLTEXT型別的索引
不儲存表的具體行數，掃描表來計算有多少行
DELETE 表時，是一行一行的刪除
InnoDB 把資料和索引存放在表空間裡面
跨平臺可直接拷貝使用
InnoDB中必須包含AUTO_INCREMENT型別欄位的索引
表格很難被壓縮
MyISAM：
不支援事務，回滾將造成不完全回滾，不具有原子性
不支援外來鍵
支援全文搜尋
儲存表的具體行數,不帶where時，直接返回儲存的行數
DELETE 表時，先drop表，然後重建表
MyISAM 表被存放在三個檔案 。frm 檔案存放表格定義。 資料檔案是MYD (MYData) 。 索引檔案是MYI (MYIndex)引伸
跨平臺很難直接拷貝
MyISAM中可以使AUTO_INCREMENT型別欄位建立聯合索引
表格可以被壓縮
選擇：
因為MyISAM相對簡單所以在效率上要優於InnoDB.如果系統讀多，寫少。對原子性要求低。那麼MyISAM最好的選擇。且MyISAM恢復速度快。可直接用備份覆蓋恢復。
如果系統讀少，寫多的時候，尤其是併發寫入高的時候。InnoDB就是首選了。
兩種型別都有自己優缺點，選擇那個完全要看自己的實際類弄。