InnoDB和MyISAM是在使用MySQL最常用的兩個表型別，各有優缺點，視具體應用而定。基本的差別為：MyISAM型別不支援事務處理等高階處理，而InnoDB型別支援。MyISAM型別的表強調的是效能，其執行數度比InnoDB型別更快，但是不提供事務支援，而InnoDB提供事務支援已經外部鍵等高階資料庫功能。
MyIASM是IASM表的新版本，有如下擴充套件：
1. 二進位制層次的可移植性。
2. NULL列索引。
3. 對變長行比ISAM表有更少的碎片。
4. 支援大檔案。
5. 更好的索引壓縮。
6. 更好的鍵嗎統計分佈。
7. 更好和更快的auto_increment處理。
以下是一些細節和具體實現的差別：
1.InnoDB不支援FULLTEXT型別的索引。
2.InnoDB 中不儲存表的具體行數，也就是說，執行select count(*) from table時，InnoDB要掃描一遍整個表來計算有多少行，但是MyISAM只要簡單的讀出儲存好的行數即可。注意的是，當count(*)語句包含 where條件時，兩種表的操作是一樣的。
3.對於AUTO_INCREMENT型別的欄位，InnoDB中必須包含只有該欄位的索引，但是在MyISAM表中，可以和其他欄位一起建立聯合索引。
4.DELETE FROM table時，InnoDB不會重新建立表，而是一行一行的刪除。
5.LOAD TABLE FROM MASTER操作對InnoDB是不起作用的，解決方法是首先把InnoDB表改成MyISAM表，匯入資料後再改成InnoDB表，但是對於使用的額外的InnoDB特性（例如外來鍵）的表不適用。
另外，InnoDB表的行鎖也不是絕對的，如果在執行一個SQL語句時MySQL不能確定要掃描的範圍，InnoDB表同樣會鎖全表，例如update table set num=1 where name like “%aaa%”
任何一種表都不是萬能的，只用恰當的針對業務型別來選擇合適的表型別，才能最大的發揮MySQL的效能優勢。