MyISAM是MySQL的預設資料庫引擎（5.5版之前），由早期的ISAM（Indexed Sequential Access Method：有索引的順序訪問方法）所改良。雖然效能極佳，但卻有一個缺點：不支援事務處理（transaction）。不過，在這幾年的發展下，MySQL也匯入了InnoDB（另一種資料庫引擎），以強化參考完整性與併發違規處理機制，後來就逐漸取代MyISAM。
InnoDB，是MySQL的資料庫引擎之一，為MySQL AB釋出binary的標準之一。InnoDB由Innobase Oy公司所開發，2006年五月時由甲骨文公司併購。與傳統的ISAM與MyISAM相比，InnoDB的最大特色就是支援了ACID相容的事務（Transaction）功能，類似於PostgreSQL。目前InnoDB採用雙軌制授權，一是GPL授權，另一是專有軟體授權。
MyISAM與InnoDB的區別是什麼？
1、 儲存結構
MyISAM：每個MyISAM在磁碟上儲存成三個檔案。第一個檔案的名字以表的名字開始，副檔名指出檔案型別。.frm檔案儲存表定義。資料檔案的副檔名為.MYD (MYData)。索引檔案的副檔名是.MYI (MYIndex)。
InnoDB：所有的表都儲存在同一個資料檔案中（也可能是多個檔案，或者是獨立的表空間檔案），InnoDB表的大小隻受限於作業系統檔案的大小，一般為2GB。
2、 儲存空間
MyISAM：可被壓縮，儲存空間較小。支援三種不同的儲存格式：靜態表(預設，但是注意資料末尾不能有空格，會被去掉)、動態表、壓縮表。
InnoDB：需要更多的記憶體和儲存，它會在主記憶體中建立其專用的緩衝池用於高速緩衝資料和索引。
3、 可移植性、備份及恢復
MyISAM：資料是以檔案的形式儲存，所以在跨平臺的資料轉移中會很方便。在備份和恢復時可單獨針對某個表進行操作。
InnoDB：免費的方案可以是拷貝資料檔案、備份 binlog，或者用 mysqldump，在資料量達到幾十G的時候就相對痛苦了。
4、 事務支援
MyISAM：強調的是效能，每次查詢具有原子性,其執行數度比InnoDB型別更快，但是不提供事務支援。
InnoDB：提供事務支援事務，外部鍵等高階資料庫功能。 具有事務(commit)、回滾(rollback)和崩潰修復能力(crash recovery capabilities)的事務安全(transaction-safe (ACID compliant))型表。
5、 AUTO_INCREMENT
MyISAM：可以和其他欄位一起建立聯合索引。引擎的自動增長列必須是索引，如果是組合索引，自動增長可以不是第一列，他可以根據前面幾列進行排序後遞增。
InnoDB：InnoDB中必須包含只有該欄位的索引。引擎的自動增長列必須是索引，如果是組合索引也必須是組合索引的第一列。
6、 表鎖差異
MyISAM：只支援表級鎖，使用者在操作myisam表時，select，update，delete，insert語句都會給表自動加鎖，如果加鎖以後的表滿足insert併發的情況下，可以在表的尾部插入新的資料。
InnoDB：支援事務和行級鎖，是innodb的最大特色。行鎖大幅度提高了多使用者併發操作的新能。但是InnoDB的行鎖，只是在WHERE的主鍵是有效的，非主鍵的WHERE都會鎖全表的。
7、 全文索引
MyISAM：支援 FULLTEXT型別的全文索引
InnoDB：不支援FULLTEXT型別的全文索引，但是innodb可以使用sphinx外掛支援全文索引，並且效果更好。
8、 表主鍵
MyISAM：允許沒有任何索引和主鍵的表存在，索引都是儲存行的地址。
InnoDB：如果沒有設定主鍵或者非空唯一索引，就會自動生成一個6位元組的主鍵(使用者不可見)，資料是主索引的一部分，附加索引儲存的是主索引的值。
9、 表的具體行數
MyISAM：儲存有表的總行數，如果select count(*) from table;會直接取出出該值。
InnoDB：沒有儲存表的總行數，如果使用select count(*) from table；就會遍歷整個表，消耗相當大，但是在加了wehre條件後，myisam和innodb處理的方式都一樣。
10、 CURD操作
MyISAM：如果執行大量的SELECT，MyISAM是更好的選擇。
InnoDB：如果你的資料執行大量的INSERT或UPDATE，出於效能方面的考慮，應該使用InnoDB表。DELETE 從效能上InnoDB更優，但DELETE FROM table時，InnoDB不會重新建立表，而是一行一行的刪除，在innodb上如果要清空儲存有大量資料的表，最好使用truncate table這個命令。
11、 外來鍵
MyISAM：不支援
InnoDB：支援
通過上述的分析，基本上可以考慮使用InnoDB來替代MyISAM引擎了，原因是InnoDB自身很多良好的特點，比如事務支援、儲存 過程、檢視、行級鎖定等等，在併發很多的情況下，相信InnoDB的表現肯定要比MyISAM強很多。另外，任何一種表都不是萬能的，只用恰當的針對業務型別來選擇合適的表型別，才能最大的發揮MySQL的效能優勢。如果不是很複雜的Web應用，非關鍵應用，還是可以繼續考慮MyISAM的，這個具體情況可以自己斟酌。
儲存引擎選擇的基本原則
採用MyISAM引擎
- R/W > 100:1 且update相對較少
- 併發不高
- 表資料量小
- 硬體資源有限
採用InnoDB引擎
- R/W比較小，頻繁更新大欄位
- 表資料量超過1000萬，併發高
- 安全性和可用性要求高
採用Memory引擎
- 有足夠的記憶體
- 對資料一致性要求不高，如線上人數和session等應用
- 需要定期歸檔資料