2020.10.27【GWAS】丨使用vcftools繪製pi（θπ） 選擇消除分析圖

這兩天在整理GWAS流程，發現繪製θπ選擇消除分析圖在網上只能找到計算π的程式碼，但是沒有繪圖程式碼，於是自己搞了一下，供大家參考。

vcftools --vcf AxiomGT1.calls.vcf --window-pi 1000 --window-pi-step 1000 --out GT1_pi

生成兩個檔案

GT1_pi.windowed.pi

GT1_pi.log

使用GT1_pi.windowed.p檔案通過R進行繪圖

library(ggplot2)
data<-read.table("GT1_pi.windowed.pi",header=T)
pdf("pi_result.pdf",width=15,height=3)
p <- ggplot(sc3,aes(x=BIN_END/1000000,y=PI,color='N_VARIANTS')) + geom_line(size=0.5) + xlab("Chromosome1 (Mb)")+ ylab("Pi")
p + theme_bw()
dev.off()

資料的‘N_VARIANTS’應該是有兩個因子（1,2），所以實際應該對應兩條折線，我也使用過color=‘factor(N_VARIANTS)’,還是隻畫出了一條線，如果有大神能指點一二我將不勝感激。

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