統計分析柱狀圖繪製工具GraphPad Prism 9

mac58發表於2022-07-28

GraphPad Prism 9是優秀的統計分析軟體,其強大的統計繪圖功能可以快速直觀的給出統計的結果,節省時間,提高工作效率,Prism專案檔案不僅包含資料、分析和圖形。Prism檔案可以是您實驗的完整記錄。每個檔案可以包含任意數量的資料表、資訊頁面、分析結果、圖表和頁面佈局。

一、示例資料

雖然這個和軟體功能沒有什麼太大的關係,但是還是不得不提這個人性化的版塊。

此次更新最驚喜的還是開啟介面後,雖然和之前的版本沒有太大出入,但是,每種型別 Graph 下,都有 tutorial data set,就是演示資料集。

如果你要做某一類資料畫圖,可以先用演示資料集看看資料結構和操作,這對於學習軟體有很大的幫助,上手更快!

二、自動新增差異分析顯著性結果

以前我們常規的操作是輸入資料,分析結果,畫圖,然後在圖上畫線,標記 * 號或者 p 值來表示資料之間的顯著性,就需要不停的畫線,以及在統計結果頁面與畫圖頁面不斷切換,非常不方便。

那時,多麼想要一個自動化的功能啊,Graphpad Prism9「人性化」地解決了這個問題。

接下來,以一組資料畫柱狀圖為例展示這個功能。

首先建立 [data table],我們選在 [group],輸入資料,方法和之前版本一樣!

點選選單欄 [Analysis-Analyze] ,選擇 [One way ANOVA] 進行統計學分析,接著點選 [new graph] ,選擇需要呈現的圖形畫圖,如下圖。

點選 [選單欄-Draw] 的黑色星號,然後點選圖形需要新增的位置,就直接新增了。

而且線段的長短都是按照圖形間距自動設定的,不同手動去畫,星號數目、形式等都可以自己選擇,不用手動輸入了。

然而,這個操作還不是太自動化,想要一鍵顯示所有顯著結果(一勞永逸),點選 [選單欄-Draw] 下紅色星號就可以實現了。

它會根據之前的分析結果,將每個組之間的比較結果新增到圖形上。

可是這個圖並不怎麼好看,需要自己細微的調整,那麼就雙擊圖上新增的星號,在彈出來的對話方塊中調整新增線的顏色,粗細等等,還可以選擇顯示 p 值。

如果要選擇性的展示自己需要觀察的組織間的對比,其他的顯著性不想展示,則可以點選 [Comparisons on graph] ,取消勾選不想顯示的比較的組,則可以去掉。

三、氣泡圖

很多人可能會問了,氣泡圖有什麼好說的,確實沒什麼好說的,但是架不住它好看啊,主要在於怎麼去用,用的對則會發揮更好的效果。

這裡我們要提到的是 GO 或者 KEGG 富集分析結果的視覺化,最常見的是柱狀圖形式的,可能大家都看膩了,高分文章則在不斷創新(秀技能),呈現出好看的結果。

接下來,我們也試一次。

首先,準備一個 GO 或者 KEGG 分析的結果文件!

選擇 Prism9 中 [Multiple variables] ,匯入資料。

點選 [creat new graph] ,選擇氣泡圖,按自己要求設定座標軸,這裡我們將-LOG10(P)設定為 x 軸,Count 設定為縱軸,用 Count 反映泡泡大小,GO term 用不同的顏色顯示,點選確定。

生成的圖形如下:

如果要調整圖形,雙擊圖片或者圓圈,可以變換座標軸,圈圈的顏色、大小等等引數,總之達到目的就可!

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