window下使用sratoolkit將sra檔案轉換成fastq

window下使用sratoolkit將sra檔案轉換成fastq

並將fastq轉換成fasta檔案

1.ncbi下載sra檔案

ftp://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/SRR/SRR002/SRR002644/SRR002644.sra

ftp://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/SRR/SRR003/SRR003161/SRR003161.sra


2.下載sra裝fastq檔案：
http://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?view=software

3.sra裝fastq檔案
window下：
開啟cmd
d:
再cd到目錄
執行：
fastq-dump SRR002644
和
fastq-dump SRR003161

轉換時間很長，特別是第二個


fastq=》fasta：
awk '{if(FNR%4==1) print ">",$0; else if(FNR%4==2) print $0;}' a.fastq >a.fasta

4.下載