我們目前對.NET的理解大部分可以歸納為：起初它是Java平臺（注意是平臺，不要跟Java語言搞混淆）的一個克隆品，後來慢慢演變，有了自己的特性。由於Java平臺最顯著的特點就是“平臺獨立性”（或者說不知道誰發明的Write once，Run anywhere這個話）。理論上，你可以寫一個程式編譯完後，跑在任何一個安裝有JVM的作業系統上。大部分人認為.NET的出現是效仿Sun公司的這個偉大的概念——平臺獨立性，從而與Java抗衡。再後來又有一些人不知道從哪得出的結論說，就算有像Mono這樣的非Windows平臺.NET CLR，也有好多.NET程式不能移植到其他作業系統中，比如Winform幾乎不能通過Mono移植到Linux上去，因此得出一個駭人聽聞的結論：微軟連模仿都沒模仿完整，居然是偽跨平臺。
以上就是目前我見過的最多的結論：.NET致命的弱點，就是它不是真正的跨平臺。為此，我有以下幾點說明：
（1）.NET平臺出現的意義不是支援跨平臺，它出現的目的只是優化傳統的Windows開發模式，使Windows開發更加方便快捷。它解決了COM時代的Dll Hell問題（.Net程式集版本控制），整合了多種語言（方便各種各樣的程式設計師），每種語言編寫的元件（程式集）之間可以毫無障礙地通訊，集合Object-Oriented和Component-Oriented於一體，你可以從一個元件（dll）中派生出一個新的型別而不需要該型別的所有原始碼（這個UnManaged時代不可能有），真正的實現了二進位制相容性（你改動程式集中的某一個公開成員，如果使用這個程式集的客戶端程式沒有使用到這個公開成員，那麼客戶端完全不需要重新編譯），提供C++中沒有的記憶體管理，支援異常處理等等。嚴格來說，微軟釋出.NET的第一天就是為了它的Windows，就沒打算讓你寫的程式跑在其他作業系統之上（微軟到目前為止還沒有釋出官方的非Windows平臺的.NET CLR）。
（2）再說Java平臺和.NET兩者追求的目標，前者從出現開始就認為：在網際網路世界中，我要讓一種語言跑在任何一個作業系統中；而後者則認為：在網際網路世界中，我要讓所有的語言都跑在同一個作業系統中（Windows）。兩個平臺從一開始設計的目的就不一樣。
（3）兩者強調的重點不同：
如上圖，紅色部分都是其他人擴充套件出來的功能。
（4）上面3中所述，兩者平臺結構類似，我不清楚微軟到底有沒有剽竊Java，但可以肯定的是如果兩者東家原意，兩個平臺都是可以做到“跨平臺”和“支援多語言”的。 至於為什麼說使用Mono還不能把有些.NET程式移植到Linux，這個很容易解釋，微軟本來就沒打算將.NET程式移植到其他平臺，.NET中包含的一些豐富框架都是與Windows緊密相關的，你使用了這些框架，是很難再把它們翻譯成非Windows平臺中可以執行的程式碼。而且，Java也並不是完全的跨平臺，跟你開發實際用到的框架有關。出現以上不能移植的情況，關鍵有兩個地方，一個是你開發時使用的框架，一個是CLR（或者JVM），要看後者到底有沒有能力把前者翻譯成對應平臺的可執行程式碼。
綜上，兩個平臺的側重點不同。
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2014年11月17日更新：
以上是之前寫的一篇部落格。就目前微軟決定.NET開源後，並支援多平臺。那麼3）中那幅圖左邊紅色部分不再是意淫出來的產物。
以上一點拙見，話題較敏感，勿噴。