1.現實應用fat32和ntfs的區別
ntfs多用於桌上型電腦F電腦、筆記本及平板電腦、行動硬碟等使用各種大中型空間容量的磁碟。
而fat32卻是在隨身碟、記憶體卡等小型磁碟上使用比較多。
NTFS主要是針對傳統機械硬碟而設計的。NTFS分割槽是採用“日誌式”的檔案系統，這種格式會對隨身碟這種快閃記憶體儲介質會造成較大的負擔，容易損壞。
2.磁碟分割槽容量區別
FAT32在WIN2000和XP系統中最大分割槽容量限制為2TB的容量。(2TB也就是2千兆)
NTFS目前來說似乎沒容量限制，只要硬碟空間容量有多大，那麼就NTFS就可以分到多大。
3.單個檔案容量區別
FAT32在實際執行中不支援單個檔案大於4GB的檔案，一旦超過容量限制那麼系統就會提示磁碟空間不足。
NTFS就目前來說已經突破了單個檔案4GB的容量限制，現已經差不多完全替代fat32分割槽格式了，已在xp/win7/win8系統中廣泛運用。
目前來說似乎沒容量限制，只要硬碟空間容量有多大，那麼就NTFS就可以分到多大。
4.安全方面區別
相比fat32的磁碟分割槽格式，而ntfs分割槽格式可以針對電腦使用者對該格式下所有的資料夾、檔案進行加密、修改、執行、讀取目錄及寫入許可權的設定，
而fat32卻沒有這種功能。
如：病毒傳播方面就以CIH病毒為例，就無法在ntfs格式的電腦中進行傳播。
fat32檔案安全設定：不支援
ntfs檔案安全設定：支援
5.磁碟配額的區別
可以設定不同的使用者擁有不同的磁碟空間容量大小，
FAT32磁碟配額：不支援
NTFS磁碟配額：支援
6.系統檔案壓縮的區別
在ntfs磁碟分割槽中任意檔案中右鍵屬性，可以設定給資料夾或文件壓縮，壓縮後可一定程度上節省磁碟容量。
FAT32系統檔案壓縮：不支援
NTFS系統檔案壓縮：支援
7.檔案加密的區別
在ntfs磁碟分割槽下任意資料夾或檔案上右鍵屬性，可編輯屬性許可權保護資料即可做到加密。
FAT32檔案加密系統：不支援
NTFS檔案加密系統：支援