如何使用robex處理MRI大腦圖片+後續工作疑問

.在昨天到今天下午，一直很煩惱如何去使用robex對MRI照片進行處理（剝離腦殼），剛剛終於知道應該如何處理。

我在robex軟體的討論區發現了配準模板在ref_vols資料夾下，將其中的壓縮檔案中的nii照片在matlab中讀取並檢視以後，發現模板是一組的二維切面（3D volume）。分析和檢視nii格式照片的工具包在https://ww2.mathworks.cn/matlabcentral/fileexchange/8797-tools-for-nifti-and-analyze-image?requestedDomain=zh下載。

檢視nii檔案的Matlab程式碼為nii = load_nii(‘檔案’); view_nii(nii)。

使用robex對的步驟如下：

1. 將資料資料夾中的T1照片（.dcm格式）成組地轉化為一個nii檔案，即把一組二維的T1照片轉變為三維的照片

首先在Help->preferences中設定中輸出等設定，

然後選擇File->DICOM2NIfTI，選中要轉化的一個病人的一組T1的slice（二維切面），生成了一個在slice檔案（.dcm字尾）目錄下的nii檔案。

1. 然後使用robex生成剝離腦殼的經處理nii檔案（並不是用matlab使用reslice_nii命令處理後的nii檔案，而是直接由mricron軟體即步驟1產生的nii檔案。步驟1生成的檔案無法使用matlab展示，需使用resilce_nii(‘old_file_position’,’new_file_position’)處理後生成的檔案檢視）。

命令是runROBEX.bat inputFile strippedFile [outputMaskFile] [seed] 引數1是DICOM2NIfTI處理後的三維檔案，引數2是自己命名的輸出檔案（命令輸入前可不存在）

剩餘問題：

1. 如何批量將成組T1 slice（即多個病人的T1 slice）轉化成nii的三維檔案

2. 如何用原始的照片減去robex剝離腦殼的照片得到腦殼。

3. 使用unex、vnex及這兩種網路的變種訓練資料。