鏈特異性測序及在IGV中的可視結果

1. 介紹

與鏈特異性測序相對的是傳統的非鏈特異性文庫。

通過鏈特異性測序，我們可以清楚的知道得到的 reads 跟轉錄本是同向的還是反向的。其中常見的鏈特異性測序的方法是dUTP方法。dUTP方法是先利用隨機引物合成RNA的一條cDNA鏈，在合成第二條鏈的時候用dUTP代替dTTP，加adaptor後用UDGase處理，將有U的第二條cDNA降解掉。這樣最後的insert DNA fragment都是來自於第一條cDNA，也就是dUTP叫fr-firststrand的原因。

2. 正反鏈

DNA 的正鏈和負鏈，就是那兩條反向互補的鏈。參考基因組給出的那個鏈就是所謂的正鏈（forword），另一條鏈是反鏈（reverse）。但是這正反一定不能和正義鏈（sense strand）反義鏈（antisense strand）混淆，兩條互補的DNA鏈其中一條攜帶編碼蛋白質資訊的鏈稱為正義鏈，另一條與之互補的稱為反義鏈。

3. IGV視覺化

IGV視覺化read時候有多項可以選

• Read strand

• First-of-pair strand
  圖示按照igv 顏色選項中的read strand 方向進行區分，可以看到所有紅色read都是在正鏈方向（注意正鏈不是正義鏈），而所有藍色的read都是負鏈方向。

  
  
  

如果這個時候把顏色選項改為按照first of pair of strand來區分，會出現下圖的變化。

鏈特異性文庫的IGV視覺化

如果對非鏈特異性文庫使用的first of pair of strand視覺化會出現下面的情況

非鏈特異性的IGV視覺化

可以看到同一個gene相關的read顏色還是混雜的，因為它並不是鏈特異性文庫，所以不能分開first strand和second strand。