最近剛開始學習amber軟體，看網上的教程勉強知道怎麼操作這個amber了。就暫時跑了個分子動力學，其他的啥也沒處理。先把我的操作過程記錄下來吧，免得日後忘記。其實和其他的分子動力學軟體的操作大同小異，主要都是構建結構和力場輸入檔案的時候麻煩。
一、構建kcl.pdb結構
利用GaussView構建結構，其實很簡單，就分別選擇K和Cl，然後在視窗點兩下，儲存成kcl.pdb。
二、利用xleap獲得sander的輸入.top拓撲檔案和.crd座標檔案
①開啟xleap，在命令列輸入xleap
②匯入spce水的leaprc檔案，這個檔案包含一些基本的離子的引數，我這裡使用的是spce水。amber還自帶有其他的水模型檔案，在$AMBERHOME/dat/leap/cmd下面。
source leaprc.water.spce
kcl = loadpdb kcl.pdb
edit kcl
③修改kcl的原子型別和電荷
滑鼠選擇兩個原子，然後Edit-Edit selected atoms，修改原子型別為K+、Cl-，這是因為第②匯入的力場裡面K、Cl的原子型別就是K+和Cl-。修改完之後儲存
④設定盒子以及溶劑化
set kcl box { 30 30 30 }
solvatebox kcl TIP3PBOX 0
⑤儲存amber拓撲和座標檔案
saveamberparm kcl kcl-water-box.top kcl-water-box.crd
savepdb kcl kcl-water-box.pdb
三、跑能量最小化
最小化檔案enmin.in如下，引數控制在&cntrl ... /裡面，註釋符號是啥我暫時還沒搞清楚
Minimize
&cntrl
imin=1,
ntx=1,
irest=0,
maxcyc=2000,
ncyc=1000,
ntpr=100,
ntwx=0,
cut=8.0,
/
執行的指令，我寫了個指令碼，提交到課題組的伺服器叢集上面計並行算。MPIRUN和EXEC是相應的目錄
MPIRUN=/opt/intel/impi/5.0.2.044/intel64/bin/mpirun
EXEC=/home/lkq/mysoft/amber18/bin/sander.MPI
TOP=kcl-water-box.top
${MPIRUN} -np ${nprocs} ${EXEC} -O -i enmin.in -p ${TOP} -c kcl-water-box.crd -o kcl-min.out -r kcl-min.rst
四、跑npt系綜，收縮盒子
npt系綜的檔案npt.in如下
kcl: 100ps npt run
&cntrl
imin = 0,
irest = 0,
ntx = 1,
ntb = 2,
ntp = 1,
cut = 10,
ntc = 2,
ntf = 2,
tempi = 300.0,
temp0 = 300.0,
ntt = 3,
gamma_ln = 1.0,
nstlim = 50000, dt = 0.002
ntpr = 100, ntwx = 1000, ntwr = 1000
/
END
END
執行命令
${MPIRUN} -np ${nprocs} ${EXEC} -O -i npt.in -p ${TOP} -c kcl-min.rst -o kcl-npt.out -r kcl-npt.rst -x kcl-npt.mdcrd