win10和Mac上安裝Freesurfer

Daily365發表於2020-11-07
Win10Mac

接連在Mac和win10上面安裝了Freesurfer，中間碰到了不少問題（我只怕電腦被我玩壞了），回顧一下發現其實也挺簡單，趁我還能記得的時候趕緊記錄一下安裝過程，也希望大家能少走點彎路～

Mac安裝Freesurfer

軟體下載地址

可以根據官方給出的demo視訊一步一步下載

Mac上安裝Freesurfer比較方便，直接下載dmg檔案安裝即可，注意安裝之後可以按照官網提示在Terminal（終端）裡面完成相關配置（有很多freesurfer的功能需要通過命令列實現)，還有就是要使用freesurfer還需要一個license，官網註冊就能申請，會傳送附件到註冊郵箱，下載附件license並把它放到freesurfer的安裝資料夾下面

Mac配置官方指南
注意以下操作需要在bash環境進行 如何在mac下切換bash和zsh

$ export FREESURFER_HOME=/Applications/freesurfer/7.1.0 %這一步是指明freesurfer所在位置，如果安裝的時候沒有改變安裝地址，一般都是在這個路徑下，注意最後的版本號，根據自己安裝的版本更改
$ source $FREESURFER_HOME/SetUpFreeSurfer.sh %這一步是啟動script配置freesurfer（不慌，這個是官方寫好的，按照路徑配置就可以了）
$ export SUBJECTS_DIR=$FREESURFER_HOME/subjects  %指明subject的位置，我只用到了mri_convert，但是發現用官方給的路徑沒辦法執行，可能是沒有許可權隨意更改freesurfer資料夾，所以後面我用了其他自定義的位置才成功

之後就可以使用命令列操作freesurfer了，官方示例：
在這裡插入圖片描述

win10上面執行Freesurfer

freesurfer需要在Linux系統上執行，如果直接有linux的伺服器或者電腦就可以參考類似於mac的安裝方法，但是如果只有win10的話也可以藉助ubuntu實現，過程稍稍有些複雜

  1. WSL&Xming
    官網給出的win10的安裝指南
    可以根據這個配置好WSL並完成xming的安裝,另外還有兩篇部落格寫得也不錯
    Windows10內建Linux子系統初體驗
    WSL for win10
    （第二個連結裡面的WSL2我沒有配置成功，最後還是用了WSL1）

  2. Ubuntu
    直接在軟體商店裡面搜尋Ubuntu，下載安裝18.04（20.04太高了，目前freesurfer好像還不支援）

  3. 安裝xfce

sudo apt update
sudo apt upgrade
sudo apt-get install xfce4
xfce4-session

之後報錯了。。。
在這裡插入圖片描述
我在 https://github.com/Microsoft/WSL/issues/1800 上面找到了解決辦法

解決方法如下：
開啟xlaunch，注意以下配置

在這裡插入圖片描述

在這裡插入圖片描述
其他的預設就好，之後在ubuntu的命令列中輸入

export DISPLAY=:0.0
startxfce4

即可執行xfce介面

  1. 安裝Freesurfer
    配置過程和mac的差不多，就是要注意一下路徑問題，也可以參考下面的這篇部落格
    FreeSurfer和FSL的安裝和使用

歡迎大家積極討論～

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