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綜合資料庫 

★ INSD,國際核酸序列資料庫（International Nucleotide Sequence Databank）。由日本的DDBJ、歐洲的EMBL和美國的GenBank三家各自建立和共同維護。 

★ EMBL庫，歐洲分子生物學實驗室的DNA和RNA 序列庫。  http://www.ebi.ac.uk/embl.html  

★ GenBank ，美國國家生物技術資訊中心 （NCBI）所維護的供公眾自由讀取的、帶註釋的DNA序列的總資料庫。 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Web/Genbank/  

★ DNA Databank of Japan (DDBJ) ，日本核酸資料庫。  http://www.ddbj.nig.ac.jp/  

★ GSDB是由美國國家基因組資源中心（NCGR）維護的DNA序列關聯式資料庫（Genome Sequence DataBase）。  http://www.ncgr.org/gsdb/  

★ TIGR DATAbase,是世界上最大的cDNA資料庫，還有大量的EST序列和人類基因索引（HGI）。  http://www.tigr.org/tdb/hcd/overview.html  




DNA序列資料庫 

包括與DNA的複製、轉錄、修復等有密切關係的蛋白質因子。 
★BioSino是中國自主開發的核酸序列公共資料庫。 
http://www.biosino.org/  
★CUTG,MM子使用頻度表。 
http://www.dna.affrc.go.jp/~nakamura/CUTG.html  
http://www.kazusa.or.jp/codon/  
http://www.dna.affrc.go.jp/~nakamura/CUTG.html  
★EPD,真核生物啟動子資料庫（Eukaryotic Promotor Database）。 
http://www.epd.isb-sib.ch/  
★TRANSFAC,真核生物基因表達調控因子的資料庫。 
http://transfac.gbf.de/TRANSFAC  
★ TRRD.真核生物基因組轉錄調控區資料庫。 
http://www.mgs.bionet.nsc.ru/mgs/dbases/trrd4/  
★OOTFD,轉錄因子和基因表達資料庫。 
http://www.ifti.org/  
★RepBase,真核生物DNA中重複序列資料庫。 
http://www.girinst.org/~server/repbase.html  
★ MicroSatellite,微衛星重複序列資料庫。 
http://nmnhgoph.si.edu/gopher-menus/MicroSatelliteDatabase.html  
★ALU資料庫是人及其他靈長類代表性的Alu重複片段。 
http://ncbi.nlm.nih.gov(/pub/jmc/alu/)  
★ Simple Repeats,簡單重複序列庫。 
http://ncbi.nlm.nih.gov  
★COMPEL,複合元件資料庫。 
ftp://ftp.gbf-braunschweig.de(/pub/compel/)  
★MPDB,分子探針資料庫。 
http://www.biotech.ist.unige.it/interlab/mpdb.html  
★HvrBase,靈長類mtDNA調控區序列庫，主要是人的HVI和HVII兩個高變異區的序列。 
http://monolith.eva.mpg.de/hvrbase/  
★PlantCARE,植物順式作用(cis-acting)調控因子資料庫。 
http://sphinx.rug.ac.be:8080/PlantCare/  
★PLACE是從文獻中搜集的植物順式作用調控元件DNA模體的資料庫,只涉及維管植物。 
http://www.dna.affrc.go.jp/htdocs/PLACE/  
ftp://ftp.dna.affrc.go.jp(/pub/dna_place/place.seq) 
★Mendel資料庫,蒐集植物STS和EST序列。  
http://jiio6.jic.bbsrc.ac.uk/  
★HOX Pro同源異型盒(homeobox)基因資料庫。 
http://spirov.iephb.nw.ru/hox_pro/hox-pro00.html  
★OPD,寡核苷酸探針資料庫(Oligonucleotide Probe Database)。 
http://www.cme.msu.edu/OPD/  
★dbSTS,序列標記位點(Sequence Tagged Sites)資料庫。 
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/dbSTS/  
ftp://ncbi.nlm.nih.gov(/repository/dbSTS)  
★dbEST.這是GenBank的重要組成部分,它包含若干物種的已表達的序列標記資訊.  

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/dbEST/  
ftp://ncbi.nlm.nih.gov(/repository/dbEST)  
★AmmtDB,後生動物線粒體DNA多序列聯配資料庫,蒐集了脊椎動物線粒體中編碼蛋白質和tRNA的多DNA序列對比資料,以及哺乳動物mtDNA主調控區序列聯配資料.  
www.ba.cnr.it:8000/BioWWW/#AMMTDB" target="_blank"> www.ba.cnr.it:8000/BioWWW/#AMMTDB>http://bio- www.ba.cnr.it:8000/BioWWW/#AMMTDB  
★HOVERGEN,脊椎動物同源基因資料庫(HOmologous VERtebrate GENes)。 
http://acnuc.univ-lyon1.fr/  
ftp://ftp.infobiogen.fr(/pub/db/acnuc/hovergen)  
★ DNA結構引數庫.  
ftp://transfac.gbf.de(/pub/structure_library)  
★ NUCLEOSOME資料庫,收集實驗測定的核小體資料,用於預測DNA中與組蛋白八聚體結合的位點.  
ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/nucleosomal_dna/  
★ SELEX_DB,隨機化序列庫.  
http://www.mgs.bionet.nsu.ru/mgs/systems/selex/  
★ ASDB,交替剪接基因的資料庫.  
http://hattrick.lbl.gov:8888/  
★Intronerator,秀麗線蟲內含子和交替剪接資料庫。 
http://www.cse.ucse.edu/~kent/intronerator/  
★IDB和IEDB前者是內含子序列資料庫，後者是內含子演化資料庫。 
http://numeg.bio.indiana.edu/intron/index.html  
★EID,外顯子、內含子資料庫。 
http://mcb.havard.edu/gilbert/EID/  
★ExInt,外顯子、內含子資料庫。 
http://intron.bic.nus.edu.sg/rint/exint.html  
★NDB,核酸晶體結構資料庫。 
ftp://ndbserver.rutgers.edu/  
http://dnbserver.rutgers.edu/NDB/ndb.html  
★VectorDB,載體資料庫。 
http://vectordb.atcg.com/  
★Vector和Vector-ig,包分子生物學常用的許多載體的註釋和序列資訊。 
ftp://ncbi.nlm.nig.gov(/repository/vetcor-ig)  
ftp://ncbi.nlm.nig.gov(/repository/vector)  


RNA序列和核糖體資料庫

★1993年成立的RNA學會，在出版RNA刊物同時，還維護著兩個資訊網頁： 
http://www.pitt.edu/~rna1/  
http://www.cup.org/Journals/JNLSCAT/rRNA/rna.html  
★snoRNA,小核仁RNA資料庫。 
http://www.bio.umass.edu/biochem ... noRNA-DataBase.html  
★Small RNA資料庫。 
http://mbcr.bcm.tmc.edu/smallRNA/smallrna.html  
★RNAse P資料庫，包含RNA水解酶P的RNA亞基序列、聯配、二級結構和三維模型 
。 http://jwbrown.mbio.ncsu.edu/RNAseP/home.html  
★tmRNA網點。包含 tmRNA序列、公認蛋白質水解標記、序列聯配、確定新tmRNA的導引，以及簡要綜述等。 
http://www.indiana.edu/~tmrna/  
★tmRDB.已經聯配好的、加有註釋的、按親緣關係排列的tmRNA序列資料。 
http://psyche.uthct.edu/dbs/tmRDB/tmRDB.html  
★gRNA,導引RNA資料庫。 
http://www.biochem.mpg.de/~goeringe/  
★SRPDB,訊號識別粒子資料庫。 
http://psyche.uthct.edu/dbs/SRPDB/SRPDB.html  
★TransTerm,信使RNA的組分和翻譯控制訊號資料庫。 
http://biochem.otago.ac.nz/Transterm/  
l 類病毒和類病毒樣RNA資料庫。 
http://www.callisto.si.usherb.ca/~jpperra/  
★UTRdb和UTRsite。UTRdb是真核生物mRNA的5’端和3’端非翻譯區序列的非冗餘資料庫，UTRsite蒐集這些非翻譯區序列中的功能片段。 
http://bigarea.area.ba.cnr.it:8000/EmbIT/UTRHome/  
★ncRNA,似mRNA的非編碼RNA資料庫。 
http://www.man.poznan.pl/5Sdata/ncRNA/index.html  
★RNAmods,RNA修飾資料庫。 
http://www-medlib.med.utah.edu/RNAmods/RNAmods.html  
ftp://medlib.med.utah.edu(/library/RNAmods)  
★AARSDB,醯氨基tRNA合成酶資料庫。 
http://rose.man.poznan.pl/aars/index.html  
★tRNA序列和基因、結構與功能資料庫。 
http://www.uni-bayreuth.de/departments/biochemie/trna/  
★PLMItRNA基於FastA的綠色植物線粒體tRNA分子和tRNA基因的資料庫。 
www.ba.cnr.it:8000/srs6/" target="_blank"> www.ba.cnr.it:8000/srs6/>http://bio- www.ba.cnr.it:8000/srs6/  
http://www.ebi.ac.uk/services/  
★16SMDB、16S-likeMDB 、16SMDBexp 、23SMDB、 23S-likeMDBexp資料庫，是一批16S和23S核糖體RNA突變資料庫。 
http://www.fandm.edu/departments/biology/databasee/rna.html  
ftp://acad.fandm.edu(/nar/)  
★RNA www,RNA二級結構網頁，也有16S RNA和23S RNA的資料。 
http://pundit.colorado.edu:8080/RNA/  
★uRNADB,已經聯配好的、加有註釋的、按親緣關係排列的uRNA序列資料。 
http://psyche.uthct.edu/dbs/uRNADB/uRNADB.html  
★U-insertion/deletion,編輯序列資料庫，包含5個無脊椎動質體目物種的線粒體基因和編輯後的mRNA序列。 
http://www.lifesci.ucla.edu/RNA/trypanosome/database.html  
★PseudoBase,假扭結資料庫。 
http://www.bio.leidenuniv.nl/~Batenburg/PKB.html  
★RDP,核糖體資料庫計劃。包含小亞基和大亞基的兩部分rRNA,由已聯配的RNA序列以及親緣樹組成。 
http://www.cme.smu.edu/RDP/ 
http://rdpwww.life.uiuc.edu/  
http://rdp.life.uiuc.edu(/pub/)  
★SSU rRNA歐洲核糖體小亞基RNA結構資料庫。 
http://rrna.uia.ac.be/ssu/  
★LSU rRNA歐洲核糖體大亞基RNA結構資料庫。 
http://rrna.uia.ac.be/lsu/  
★5S rRNA資料庫。 
http://rose.man.poznan.pl/5Sdata/index.html  
★DRC,核糖體交鏈資料庫。 
http://www.mpimg-berlin-dahlem.mpg.de/~ag_ribo/ag_brimacombe/drc/  
★ACTIVITY,DNA和RNA中功能位點資料庫。 
http://www.mgs.bionet.nsu.ru/systems/Activity/  
★RNA非正則配對資料庫。 
http://prion.bchs.uh.edu/bp_type/  


基因圖譜資料庫

★Rhdb,輻射雜交資料庫。 
http://www.ebi.ac.uk/RHdb  
http://corbra.ebi.ac.uk/Rhdb/species/HUMAN/gm99.html  
ftp://ftp.ebi.ac.uk(/pub/databases/RHdb)  

★Mouse RH資料庫。 
http://www-genome.wi.mit.edu/mouse_rh/  

★GDB,人類基因組資料庫。 
http://www.gdb.org/  
ftp://ftp.gdb.org  

★GeneMap’99,人類基因圖譜1999年版。 
http://www.ncbi.nih.gov/genemap/  

★HuGeMap,人類基因遺傳圖譜和物理圖譜的分散式整合資料庫。 
ftp://ftp.ebi.ac.uk(/pub/databases/RHdb/gm99.map)

 

人類基因組測序中心: 
★HUGO是人類基因組組織的縮寫。 
http://hugo.gdb.org/ 

★HUGO Pacific GENOME Newsletter 是HUGO在太平洋部分，其中反映中國情況的短文在： 
http://hugo-pacific.genome.ac.jp/3_2contents/china.html 

★美國能源部支援的人類基因組計劃 
http://www.er.doe.gov/production/ober/hug_top.html 

★美國國家衛生署對人類基因組計劃的支援，通過NHGRI即國家人類基因組研究所（National Human Genome Research Institute）體現。 
http://www.nhgri.nih.gov/ 

★英國Wellcome Trust是人類基因組計劃的另一個主要資助者。 
http://www.wellcome.ac.uk/ 

★百慕大原則：測序的中間和最終結果都必須迅速的公開。 
http://www.gene.ucl.ac.uk/hugo/bermuda.html 

★世界上主要人類基因組測序中心的名單。 
http://www-hgc.lbl.gov/inf/Hgcenters.html 

http://www.ornl.gov/hgmis/centers.html 

★NCBI的GenBank資料庫從1999年10月起，建立了智人基因組子目錄，其下按染色體編號設子目錄。 
http://ncbi.nlm.nih.gov/genbank/genomes/H_sapiens/ 

★英國的Sanger中心的人類基因組計劃網頁，不僅有它們負責測序的染色體資料，還有到其他染色體資料的連結。  
http://www.sanger.ac.uk/HGP/ 
★日本的DDBJ和資訊生物學中心（CIB）聯合建立了一個Human Genomics Studio，可以按染色體編號檢索和查詢基因序列。 
http://studio.nig.ac.jp/ 

★ Sanger 中心是世界上最大的DAN測序中心之一。承擔人類基因組計劃的三分之一，集中在1、6、9、10、13、20、22和X。 
http://www.sanger.ac.uk/HGP/stats.html 

★ LBNL，Lawrence Berkeley 國家實驗室。 
http://www-hgc.lbl.gov/GenomeHome.html 

★LLNL，Lawrence Livermore 國家實驗室。 
http://www-bio.llnl.gov/bbrp/genome/genome.html 

★LANL，美國洛斯阿拉莫斯國家實驗室。 
http://www-ls.lanl.gov/index.html 

★JGI，由美國能源部支援的，依託LBNL、LLNL和LANL三個國家實驗室的人類基因組研究部門建的聯合基因組研究所（Joint Genome Institute）。 
http://jgi.doe.gov/ 

★UWGC，華盛頓大學基因中心，是國際上最活躍的測序中心之一。 
http://www.genome.washington.edu/ 

ftp://ftp.genome.washington.edu/ 

★SHGC，史丹佛大學人類基因中心，主要做高解析度輻射雜交圖譜，以及人類第四號染色體BAC克隆的測序。 
http://www-shgc.stanford.edu/ 

★DOGS，基因組尺寸資料庫。 
http://www.cbs.dtu.dk 

★GenBank的/genomes/子目錄： 
ftp://ftp.cbi.pku.edu.cn(/pub/databases/genband/genomes/) 

★ EuGenes,真核生物基因綜合知識庫，目前包括果蠅、人、小鼠、擬南芥、線蟲、酵母、和斑馬魚的資料。 
http://iubio.bio.indiana.edu/eugenes 

 

原核生物基因組

★細菌基因組計劃的進展情況，可從以下網站查詢： 
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/PMGifs/Genomes/bact.html 

★MOT ，歐洲生物資訊研究所EBI的基因組測序進展表。 
http://www.ebi.ac.uk/~sterk/genome-MOT/ 

★GIB，日本DDBJ設立的Genome Information Broker for microbial genomes 的縮寫。 
http://mol.genes.nig.ac.jp/gib/ 

★MAGPIE測序計劃清單也可以參考。 
http://www-fp.mcs.anl.gov/~gaasterland/genomes.html 

★EMGLib,增補微生物基因組庫。 
http://pbil.univ-lyon1.fr/emglib/emglib.html 

★大腸桿菌K12菌株的完全基因組序列，可由GenBank的子目錄/genomes/獲取，或從華盛頓大學大腸桿菌基因組中心，即Blattner實驗室的網頁讀取： 
http://www.genetics.wisc.edu/pub/sequence/ 

★ECDC,大腸桿菌菌株K12的基因序列庫，包括基因、讀框、調控區、啟動子、終止子、tRNA和rRNA等。 
http://susi.bio.uni-giessen.de/ecdc/ecdc.html 

ftp://ftp.ebi.ac.uk)/pub/databases/ecdc) 

★EcoGene和EcoWeb,大腸桿菌K12菌株基因組資料庫，包括基因、蛋白質、基因間蛋白質組資訊。 
http://bmb.med.miami.edu/EcoGene/EcoWeb/ 

★RegulonDB,大腸桿菌轉錄調控和操作子資料庫。 
http://www.cifn.unam.mx/Computational_Biology/regulondb/ 

★NRSub,非冗餘枯草芽孢桿菌DNA資料庫，包括完全基因組、MM子使用表、基因圖譜和基因家族。 
http://acnuc.univ-lyon1.fr/nrsub/nrsub.html 

ftp://ftplnig.ac.jp(/pub/db/nrsub) 

★HIDB,流感嗜血菌完全基因組的原始資料庫。 
http://www.tigr.org:80/tdb/mdb/hidb/hidb.html 

ftp://ftp.tigr.org/pub/data/h_influenzae 

★HIDC,流感署血菌基因序列庫。 
http://susi.bio.uni-giessen.de/ecdc/hidc.html 

★CyanoBase,藍細菌資料庫，實際上是集胞藍細菌的基因組資料庫。藍細菌具有氧化和光合作用所需的全套基因。 
http://www.kazusa.or.jp/cyano/cyano.html 

★MJDB,詹氏甲烷球菌基因組資料庫。 
ftp://ftp.tigr.org(/pub/data/m_jannaschii) 

http://www.tigr.org/tdb/mdb/mjdb/mjdb.html 

★MycDB,分枝桿菌資料庫。 
http://www.biochem.kth.se/MycDB.html 

★PGI,疫黴屬基因預研究計劃的資料庫。 
http://www.ncgr.org/pgi/ 

 

真菌基因組

★SGS,釀酒酵母基因組資料庫。 
www.standford.edu/Saccharomyces/" target="_blank"> www.standford.edu/Saccharomyces/>http://genome- www.standford.edu/Saccharomyces/ 

ftp://genome-ftp.stanford.edu(/pub/yeast) 

★LISTA,LISTA-HOP和LISTA-HON是釀酒酵母基因組中蛋白質編碼序列及其同源性的資料庫。 
http://www.ch.embnet.org/ 

ftp://bioftp.unibas.ch 

★MYGD,酵母基因組、蛋白質和同源關係的資料庫。 
http://www.mips.biochem.mpg.de/proj/yeast/ 

★YIDB,酵母內含子資料庫。 
http://www.EMBL-Heidelberg.DE/ExternalInfo/seraphin/yidb.html 

★MNCDB,由德國MIPS所維護的粗糙鏈孢黴基因組資料庫。 
http://www.mips.biochem.mpg.de/desc/neurospora/ 

★真菌基因組資源的網址： 
http://fungus.genetics.uga.edu:5080/main.html 

★FGSC,真菌遺傳學資訊中心。 
http://www.fgsc.net/ 

原生生物和線蟲基因組: 
★歐洲生物資訊研究所EBI的原生生物網頁： 
http://www.ebi.ac.uk/Projects/Protozoa/ 

★ AceDB,線蟲綜合資料庫。 
ftp://sanger.ac.uk(/pub/acedb) 

ftp://ncbi.nlm.nih.gov(repository/acedb) 

ftp://lirmm.lirmm.fr(/pub/acedb) 

★關於線蟲發育特別是化學感覺神經的研究。 
http://devbio-mac1.ucsf.edu/ 

 

昆蟲基因組

★史丹佛大學的果蠅基因組中心。 
http://www.fruitfly.org/ 

★FlyBase,果蠅胚胎髮育過程中基因相互作用的WWW資料庫。 
http://www-biol.univ-mrs.fr/~lgpd/GIFTS_home_page.html 

★哈佛大學的果蠅網頁。 
http://morgan.harvard.edu/ 

★MsqDB,蚊子基因資料庫。 
http://klab.agsci.colostate.edu/acedb/MsqDB-acedb.html 

ftp://klab.agsci.colostate.edu 

 

魚類資料庫

★ 美國國家衛生署1997年建立的斑馬魚網頁。 
http://www.nih.gov/science/models/zebrafish/ 

★ ZFIN,斑馬魚基因組、發育突變和野生種系資料庫。 
http://zfish.uoregon.edu/ZFIN/ 

★ Fugu是河豚的資料庫。 
http://fugu.hgmp.mrc.ac.uk/ 

★RainMap彩虹鱒魚基因圖譜資料庫。 
http://locus.jouy.inra.fr/ 

★ 另一個鱒魚科基因資料庫在美國華盛頓州立大學： 
http://www.wsu.edu:8000/~thorglab/DATA.html 

齧齒動物基因組(主要是有關家鼠的資料庫): 
★ M.Musculus基因組庫。 
ftp://ncbi.nlm.mih.gov(/genbank/genomes/M_muslulus) 

★ MGD,家鼠基因組庫，現在又稱MGI即家鼠基因組資訊庫。 
http://www.informatics.jax.org/mgd.html 

ftp://ftp.informatics.jax.org/ 

★ Cre轉基因家鼠系的資料庫。 
http://www.chinainfo.gov.cn/periodical/yc/yc9903/990314html 

★ RatMap,大鼠基因圖譜資料庫。 
http://ratmap.gen.gu.se/

 

 

細胞器資料庫

主要是線粒體和葉綠體基因的資料。 
★ MitoNuc 
http://megasun.bch.umontreal.ca/gobase/ 
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http://megasun.bch.umontreal.ca/gobase/ 
★ MitBASE,線粒體DNA資料庫，整合所有已知線粒體基因資訊。 
http://www3.ebi.ac.uk/Research/Mitbase/mitbase.pl/ 

★ 人類線粒體資料庫。 
www.ba.cnr.it8000/Tutorials/MitBASE/" target="_blank"> www.ba.cnr.it8000/Tutorials/MitBASE/>http://bio- www.ba.cnr.it8000/Tutorials/MitBASE/ 

★ MitBASE Pilot,酵母線粒體中核基因資料庫。 
http://www3.ebi.ac.uk/Research/Mitbase/mitbase.pl/ 

★ 植物和藻類線粒體資料庫。 
http://www3.biologie.uni-ulm.de/ ... e/plant_mt_gene.gif 

http://tomic.ebi.ac.uk:8889/mitb ... .pla_show_qry_opts/ 

★ 原生生物線粒體資料庫。 
www.ba.cnr.it:8000/Tutorials/MitBASE/protist_table.html" target="_blank"> www.ba.cnr.it:8000/Tu>http://bio- www.ba.cnr.it:8000/Tu ... /protist_table.html 

★ 脊椎動物線粒體資料庫。 
www.ba.cnr.it:8000/Tutorials/MitBASE/vertebrate.html" target="_blank"> www.ba.cnr.it:8000/Tutorials/MitBASE/vertebrate.html>http://bio- www.ba.cnr.it:8000/Tutorials/MitBASE/vertebrate.html 

擬南芥基因組: 
★ MATDB,國際擬南芥基因組計劃的資料彙總。 
http://www.mips.biochem.mrg.de/desc/thal/ 

★ AtDB,擬南芥基因組資料庫。 
www.stanford.edu/Arabidopsis/" target="_blank"> www.stanford.edu/Arabidopsis/>http://genome- www.stanford.edu/Arabidopsis/ 

ftp://genome-ftp.stanford.edu(/pub/arabidopsis) 

★ DatA,擬南芥基因組註釋庫。 
http://luggagefast.Stanford.edu/group/arabprotein/ 

★ TAIR,擬南芥資訊資源。 
http://www.arabidopsis.org/ 

★ AGR,擬南芥基因組資源。 
http://synteny.nott.ac.uk/agr/agr.html 

★ TIGR-AT，TIGR研究所的似南芥EST和基因序列資料庫。 
http://www.tigr.org/tdb/at/at.html 

 

病毒資料庫

★ICTVdB,病毒資料庫。 
http://life.anu.edu.au/viruses/ICTVdB/ictvdb.html 

★VIDEdB,病毒鑑定交換資料庫。 
http://biology.anu.edu.au/research-groups/MES/vide/ 

★RDV,水稻矮縮病毒基因組資料庫。 
http://www.cbi.pku.edu.cn/rdv/ 

 

蛋白質序列資料庫

★SWISS-PROT是對資料人工審讀很嚴格的庫。 
http://www.expasy.ch/sprot/ 

★TrEMBL是從EMBL庫中的核酸序列翻譯出來的氨基酸序列，已經完成了自動註釋。 
http://www.ebi.ac.uk:5000 

★PIR是蛋白質資訊資源的縮寫。 
http://www-nbrf.georgetown.edu/pir/ 

http://www.mips.biochem.mpg.de/proj/protseqdb/ 

★GenBank是由GenBank中的DNA序列翻譯得到的蛋白質序列，與TrEMBL相似、但沒有像後者那樣經專家審讀。 
http://www.infobiogen.fr/srs/ 

★PROSITE,由專家根據生物知識審編的SWISS-PROT蛋白質序列中有生物意義的位點、模式和輪廓的資料庫。  
http://www.expasy.ch/prosite/ 

★PrositeScan伺服器，根據使用者填表提交的蛋白質序列搜尋PROSITE模式。 
http://www.isrec.isb-sib.ch/software/PSTSCAN_form.html 

★PSD,蛋白質序列資料庫，是PIR的主體。 
http://pir.georgetown.edu/pirwww/dbinfo/texpsd.html 

★PATCHX,PIR的子庫之一，收入尚未納入PIR庫的蛋白質序列。  
http://pir.georgetown.edu/pirwww/dbinfo/patchx.html 

★ARCHIVE,PIR的子庫之一，儲存PIR庫中條目的原始文獻或最初提交的序列。 
http://pir.georgetown.edu/pirwww/dbinfo/achive.html 

★ProClass,蛋白質類資料庫，是根據PROSITE庫和PIR庫中超家族的關係組織起來的非冗餘蛋白質庫。  
http://pir.georgetown.edu/gsfserver/prolclass.html 

http://diana.uthct.edu/proclass.html 

★PIR-ASDB,PIR的註釋和相似性資料庫。 
http://www-nbrf.georgetown.edu/por/ 

★KIND,瑞典斯德哥爾摩生物資訊中心維護的非冗餘蛋白質序列庫。 
ftp://ftp.mbb.ki.se(/pub/KIND) 

★ENZYME,基於命名系統的酶資料庫。 
http://www.expasy.ch/enzyme/ 

★BRENDA,這是一個內容廣泛的酶的資訊庫。  
http://www.brenda.uni-koeln.de/ 

★OWL,蛋白質序列庫，是由SWISS-PROT，PIR，GenBank翻譯序列和PDB等資料庫產生的非冗餘的蛋白質序列庫。 
http://bmbsgi11.leeds.ac.uk/bmb5dp/owl.html 

★GeneCards,由以色列魏茨曼科學研究所維護的關於基因及其產物，以及它們的生物醫學應用的文獻庫。 
http://bioinfo.weizmann.ac.il/cards 

★SWISS-2DPAGE,由二維聚丙烯醯胺凝膠電泳所確定的蛋白質的參考圖譜資料庫，包括文字和圖象資訊，通向其他2D-PAGE資料庫的連結等。 
http://www.expasy.ch/ch2d/ 

★HDB,組蛋白資料庫，包括聯配好的組蛋白序列以及已確認包含有組蛋白摺疊模體的非蛋白序列，以及所有已知組蛋白和組蛋白質摺疊的結構，同時指出不同資料庫中類似序列的差異。 
http://genome.nhgri.nih.gov/histones/ 

★HOBACGEN資料庫，包含按家族組織的所有細菌的蛋白質序列，有助於從各種細菌選取同源家族，作多序列聯配和構建親緣樹。 
http://pbil.univ-lyon1.fr/databases/hobacgen.html 

★MITOP,線粒體蛋白質組資料庫，包括線粒體有關的基因、蛋白質和疾病資訊。 
http://www3.ebi.ac.uk/Research/Mitbase/mitbase.pl/ 

★MITOMAP,人類線粒體基因組資料庫。 
http://www.gen.emory.edu/mitomap.html 

★REBASE,限制性內切酶和甲基化酶資料庫。  
http://www.neb.com/rebase 

★ProtoMap,蛋白質分類資料庫。 
http://www.protomap.cs.huji.ac.il/ 

★ISSD蛋白質序列資料庫。 
http://www.protein.bio.msu.su/issd/ 

★PRF,日本蛋白質研究基金會維護著三個蛋白質和多肽資料庫：PRF/LITDB文獻庫、PRF/SEQDB序列庫及PRF/SYNDB合成產物庫。 
http://prfsun2.prf.or.jp/ 

★MEROPS,肽酶資料庫。 
http://www.bi.bbsrc.ac.uk/Merops/Merops.html 

★PKR,蛋白激酶資訊庫。 
http://www.sdsc.edu/Kinases/pkr/pkk_catalytic/pk_cat_list.html 

★Wnt基因網頁。  
http://vonbaer.ana.ed.ac.uk/rnusse/wntwindow.html 

★PhosphoBase,磷酸化位點資料庫。  
http://www.cbs.dtu.dk/databases/PhosphoBase/ 

★SYSTERS,蛋白質集團資料庫。 
http://www.dkfz-heidelberg.de/tbi/services/cluster/ 

★DIP蛋白質相互作用資料庫 
http://URLdip.doe-mbi.ucla.edu/ 

★DexH/D資料庫。 
http://www.columbia.edu/~ej67/dbhome.htm 

★ Homeodomain,同源異形結構域資料庫。 
http://genome.nhgri.gov/homeodomain/ 

★InBase,新英格蘭生物實驗公司的蛋白質剪接資料庫。 
http://www.neb.com/neb/inteins.html 

★LGICdb,配體門控離子通道資料庫。  
http://www.pasteur.fr/recherche/banques/LGIC/LGIC.html 

★SENTRA,訊號傳遞蛋白質資料庫。  
http://wit.mcs.anl.gov/WIT2/Sentra/ 

★ICN,離子通道網路，是由美國神經科學資料庫中心等單位聯合建立的一個內容豐富的網頁。 
http://pain.med.umn.edu/csn/ 

★Aaindex,氨基酸索引資料庫。 
http://www.genome.ad.jp/aaindex/ 

 

蛋白質結構和分類資料庫

★ PDB,蛋白質結構資料庫。 
http://www.rcsb.org/pdb/ 

★ RCSB,結構生物資訊學資訊學合作研究組織。 
http://www.rcsb.org/ 

★PDBNEW,下一版PDB庫正式釋出前收到的全新或更新條目。 
http://www.pdb.bnl.gov/ 

★ PDBFinder,在PDB、DSSP、HSSP、基礎上建立的二級庫，包含PDB序列、作者、R因子、解析度、二級結構等。 
http://www.sander.embl-heidelberg.de/pdbfinder/ 

ftp://swift/embl-heidelberg.de(/pdbfinder) 

★ PDB at a Glance清單。 
http://cmm.info.nih.gov/modeling/pdb_at_a_glance.html 

★ PDBselect資料庫。 
http://swift.embl-heidelberg.de/pdbsel/ 

★ PDBsum是PDB庫中資料的更便於閱讀的總結和分析，以及一些衍生資料。 
http://www.biochem.ucl.ac.uk/bsm/pdbsum/index.html 

★ BioMagResBank簡稱BMRB，是關於多肽、蛋白質和核酸的核磁共振資料庫。 
http://www.bmrb.wisc.edu/ 

★ CSD,劍橋結構資料庫。 
http://www.ccdc.cam.ac.uk/prods/csd.html 

★ NRL-3D,三維結構已經確定的蛋白質序列庫。 
http://www.gdb.org/Dan/proteins/nr13d.html 

★ FAMBASE,,是每個蛋白質家族的代表序列的集合，它有助於加速同源性搜尋。 
http://pir.georgetown.edu/pirwww/dbinfo/fambase.html 

★ ProtFam,蛋白質超家族的序列聯配資料庫。 
http://www.mips.biochem.mpg.de/proj/protfam/protfam/ 

★ SCOP,蛋白質結構分類資料庫。 
http://www.ipc.pku.edu.cn/scop/ 

★ CATH,蛋白質結構與功能關係分類資料庫。 
http://www.biochem.ucl.ac.uk/bsm/cath/ 

★ PIR-ALN,蛋白質序列聯配資料庫。 
http://www-nbrf.georgetown.edu/pir/alndb.html 

★ 3Dee,蛋白質結構域定義的資料庫。 
http://circinus.ebi.ac.uk:8080/3Dee/ 

★ ProTherm,蛋白質及其變異體熱力學資料庫。 
http://www.rtc.riken.go.jp/protherm.html 

★ ASTRAL是基於SCOP資料庫的一組分析蛋白質結構和蛋白質序列的資料庫和工具。 
http://astral.stanford.edu/ 

★ RESID,蛋白質翻譯後修飾情況的資料庫。 
http://pir.georgetown.edu/pirwww/search/textresid.html 

★ SMART是簡單模組構架搜尋工具的縮寫。 
http://SMART.embl-heidelberg.de/ 

★ PROMISE資料庫。 
http://bmbsgi11.leeds.ac.uk/bmbknd/promise/MAIN.html 

★ MMDB蛋白質分子模型資料庫。 
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/ 

★ VAST向量聯配搜尋工具。 
http://swift.embl-heidelberg.de/dssp/ 

★ DSSP,PDB庫中所有蛋白質條目的二級結構歸屬資料庫。 
http://swift.embl-heidelberg.de/dssp/ 

★ HSSP,按同源性匯出的蛋白質二級結構資料庫。 
http://www.sander.embl-heidelberg.de/hssp/ 

★ Dali/FSSP,基於PDB資料庫中現有蛋白質三維結構，用自動結構對比程式Dali逐一比較而形成的摺疊單元和家族分類庫。 
http://www.embl-ebi.ac.ul/dali/ 

http://croma.ebi.ac.uk/dali/fssp/ 

★ 3d_ali資料庫，蒐集彼此相關的蛋白質序列和結構資料。 
http://www.embl-heidelberg.de/argos/ali/ali.html 

★ DEF蛋白質摺疊類的預測資料庫。 
http://zeus.cs.uoi.gr/neural/biocomputing/def.html 

★ INFOGENE,Sanger中心計算基因組學小組維護的、各基因組測序計劃所提供的序列中已知的蛋白質和預測出的基因與蛋白質的資料庫。 
http://genomic.sanger.ac.uk/inf/infodb.html 

★ TMBase,跨膜蛋白資料庫。 
ftp://ulrec3.unil.ch(/pub/tmbase) 

★ PRESAGE是關於結構基因組學的一個資料庫，它為庫中每個蛋白質蒐集了反映當前實驗狀況、結構、模型和研究建議的註釋。 
http://presage.stanford.edu/ 

★ SBASE,帶有註釋的蛋白質序列片、即蛋白質結構域的資料庫，由ICGEB建立和維護。 
http://www.icgeb.trieste.it/sbase/ 

★ InterPro,整合的蛋白質結構域和功能位點資料庫。 
http://www.ebi.ac.uk/interpro/ 

★ HITS,瑞士新近建立的一個蛋白質結構域資料庫。 
http://www.isrec.isb-sib.ch/cgi-bin/hits/hits_index 

★ BLOCKS,蛋白質分類與同源性資料庫，包含蛋白質家族中保守區域的組塊多序列聯配的資料。 
http://www.blocks.fhcrc.org/ 

★ BLOCKS+資料庫。 
http://www.blocks.fhcrc.org/ 

★ PFAM高質量的蛋白質結構域家族資料庫。 
http://www.sanger.ac.uk/Sorfware/Wise2/ 

★ PRINTS資料庫最近改名為PRINTS-S，這是一個蛋白質家族的指紋和模體資料庫。 
http://www.bioinfo.man.ac.uk/dbbrowser/PRINTS/ 

★ ProDom自動產生的蛋白質結構域家族資料庫。 
http://www.toulouse.inra.fr/prodom.html 

★ DOMO,蛋白質結構域資料庫。 
http://www.infobiogen.fr/services/domo/ 

★ GRBase,這是參與基因調控的蛋白質的資料庫。  
http://www.access.digex.net/~regulate/ 

★ PMD,蛋白質突變體資料庫。  
http://pmd.ddbj.nig.ac.jp/ 

★ GLYCBASE,蛋白質糖基化位點資料庫。 
http://www.cbs.dtu.dk/databases/OGLYCBASE/ 

★ ORDB嗅覺受體蛋白質序列資料庫。 
http://ycmi.med.yale.edu/senselab/ordb/ 

★ CarbBank亦稱CCSD，複雜碳水化合物結構資料庫，通常與蛋白質結構資料庫歸在一起。 
http://www.ccrc.uga.edu 

★ SWISS-3DIMAGE,蛋白質三維圖象和PDB瀏覽器。  
http://www.expasy.ch/sw3d/ 

★ IMB,大分子三維圖象庫。 
http://www.imb-jena.de/IMAGE.html 

★ BioImage,多維生物學資料庫。 
http://www-embl.bioimage.org/ 

★ MolMovDB,耶魯大學的生物資訊學研究室維護的分子運動資料庫。 
http://bioinfo.mbb.yale.edu/MolMovDB/ 

★ ModBase,蛋白質結構模型比較資料庫。 
http://pipe.ruckefeller.edu/modbase/ 

 

比較基因組學和蛋白質組學資料庫

★COG直系同源聚類資料庫。 
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/COG/ 

★GeneCensus,耶魯大學生物資訊學研究室維護的各物種基因組的比較資料庫，著重於摺疊單元的結構對比。 
http://ncbi.nlm.nih.gov/XREFdb/ 

★XREFdb,哺乳動物和模式生物的基因和遺傳學交叉引用資料庫。 
http://ncbi.nlm.nih.gov/XREFdb/ 

★YPD,釀酒酵母蛋白質組資料庫。 
http://www.proteome.com/YPDhome.html 

★WormPD,線蟲蛋白質組學資料庫。 
http://www.proteome.com/YPDhome.html 
基因表達資料庫: 
★Flyview,果蠅基因表達資料庫。 
http://flyview.uni-muenster.de/ 

★Flybrain,果蠅神經系統圖譜和資料庫。 
http://flybrain.uni-freiburg.de/ 

★NEXTDB,線蟲基因表達模式資料庫。 
http://watsom.genes.nig.ac.jp:8080/db/ 

★MAGEST資料庫，其名字來自Maboya Gene Expression patters and Sequence Tags 短語的縮寫。 
http://star.scl.kyoto-u.ac.jp/magest/ 

★BodyMap,人類和家鼠基因表達資料庫。  
http://bodymap.ims.u-tokyo.ac.jp/ 

★Axeldb,非洲爪蟾基因表達資料庫。 
http://www.dkfz-heidelberg.de/abt0135/axeldb.html 

★XMMR,非洲爪分子標記資源。 
http://vize222.zo.utexas.edu/ 

★TRIPLES,酵母基因功能資料庫，設在耶魯大學醫學院的基因組分析中心。 
http://ygac.med.yale.edu/triples/ 

★MGEIR,整合的家鼠基因表達資訊資源。 
http://genex.hgu.mrc.ac.uk/ 

★GXD,家鼠基因表達資料庫。 
http://www.informatics.jax.org/searches/gxdindex_form.html 

★EpoDB,脊椎動物紅細胞生成基因表達分析資料庫。 
http://cbil.humgen.upenn.edu/epodb/ 

★KidneyDB,腎臟發育資料庫。 
http://www.ana.ed.ac.uk/anatomy/kidbase/kidhome.html 

★ToothExp,牙齒基因表達資料庫。 
http://honeybee.helsinki.fi/toothexp/toothexp.html

 

 

基因突變、病理和免疫資料庫

★HGMD人類基因突變資料庫，可用於預測基因疾病。
http://uwcm.web.cf.ac.uk/uwcm/mg/hgmd0.html

★Marfan人類FBN1基因突變資料庫及分析軟體。
http://uwcm.web.cf.ac.uk/uwcm/mg/hgmd0.html

★Collagen人類膠原資料庫。
http://www.le.ac.uk//genetics/collagen/

★人類PAX2等位基因變異資料庫。
http://www.hgu.mrc.ac.uk/Softdata/PAX2/

★人類PAX6等位基因突變資料庫。
http://www.hgu.mrc.ac.uk/Softdata/PAX6/

★Androgen雄激素受體突變資料庫，包含與男性性器官發育不良、前列腺癌等有關圖譜，密度、頻度以及基因型和表現型關聯資料。
http://www.mcgill.ca/androgendb/

★ALFRED為Allele FREquency Database 的縮寫。這是由耶魯大學K.K.Kidd實驗室維護的一個針對人口多樣性和DNA多型性的等位基因資料庫。
http://alfred.med.yale.edu/alfred/

★CD40LBASE,CD40L基因突變資料庫。
http://www.expasy.ch/cd40lbase/

★KMDB由日本慶應義塾大學醫學院建立的一組與人類疾病有關的基因突變資料庫。
http://mutview.dmb.med.keio.ac.jp/

★KMeyeDB人類疾病和眼病基因突變人類心臟病基因突變資料庫。
http://mutview.dmb.med.keio.ac.jp/mutview3/kmeyedb/

★KMearDB人類耳病基因突變資料庫。
http://mutview.dmb.med.keio.ac.jp/

★KMbrainDB人類腦病基因突變資料庫。
http://mutview.dmb.med.keio.ac.jp/

★KMcancerDB人類癌症基因突變資料庫。 
http://mutview.dmb.med.keio.ac.jp/

★OMIA是一大批動物的孟德爾遺傳、疾病、基因型和表現型的資料庫。
http://wwwlangis.su.oz.au/BIRX/omia/omia_form.html

★Atlas法國建立的針對腫瘤學和血液學的遺傳與細胞遺傳互動資料庫。
http://www.infobiogen.fr/services/chromcancer/

★HAMSTeRS凝血因子VIII結構和突變位點資料庫。
http://europium.mrc.rpms.ac.uk/

★HaemB,B型血友病凝血因子IX點突變和短插入或刪除序列的資料庫。 
http://www.umsd.ac.uk/molgen/haemBdbatabase.html

★TTMD轉基因動物和靶突變資料庫。
http://tbase.jax.org/

★FIMM功能分子免疫學資料庫。
http://sdmc.krdl.org.sg:8080/fimm/

MTB家鼠腫瘤生物學資料庫。
http://tumor.informatics.jax.org/

★BCGD人類乳腺癌基因資料庫。
http://condor.bcm.tmc.edu/ermb/bcgd/bcgd.html

★PAH是導致人類苯丙酮尿症的苯丙氨酸羥化酶特異位點資料庫。
http://www.mcgill.ca/pahdb/

★CFTR,囊性纖維變跨膜調控子突變資料庫。
http://genet.sickkids.on.ca/cftr/

★NRR核受體資源計劃，包括糖類皮酯激素、礦質腎上腺皮質激素、甲狀腺激素、維生素D受體、類固醇受體等資訊的資料庫。 
http://nrr.georgetown.edu/nrr/nrr.html

★IMGT1989年建立的國際免疫遺傳學資料庫。
http://imgt.cines.fr:8104/

★HIG,Anthony Nolan 骨髓和白血病基金會的人類白細胞抗體HLA住處30年前由E.A.Kabat建立的具有免疫學意義的蛋白質序列資料庫。
http://www.anthonynolan.com/HIG/

★PEDB前列腺表達資料庫。
http://www.mbt.washington.edu/PEDB/

★HIV,愛滋病分子免疫學資料庫。
http://hiv-web.lanl.gov/immunology/immuno-main.html

★史丹佛大學的HIV RT資料庫，包含幾乎全部已發表的HIV　ＲＴ和蛋白酶序列，是研究抗HIV藥物靶分子演化和與藥物有關變化的原始資料。
http://hivdb.stanford.edu.hiv/

代謝途徑和細胞調控資料庫

★ WIT是Ｗhat Is There的縮寫。是美國阿貢國家實驗室的一個整合的重構代謝途徑和模型的系統。
http://www.cme.msu.edu/WIT/

★ EMP是酶與代謝途徑的縮寫。
http://biobase.com/emphome.html/

★ MPW代謝途徑資料庫，是EMP庫的一個子集。
http://www.cme.msu.edu/MPW/

★ PUGA原是單細胞生物代謝途徑親緣聯配資料庫。
http://www.msc.anl.gov/home/compbio/PUMA/

★ EcoCyc資料庫和MetaCyc資料庫。 
http://ecocyc.panbio.com/ecocyc/

★ PathDB,代謝途徑資料庫。
http://www.ncgr.org/Software/pathdb/

★ KEGG,京都基因與基因組百科全書，它包含核酸分子、蛋白質序列、基因表達、基因組圖譜、代謝途徑圖等。
http://www.genome.ac.jp/kegg/

★ 由Boehringer Mannheim公司提供的代謝途徑圖，懸掛在許多生化實驗室的牆壁上。
http://www.expasy.ch/cgi-bin/search-biochem-index/

★ SMILES是一個輔助性資料庫，它蒐集與代謝途徑有關的化合物名稱。
http://www.daylight.com/dayhtml/smiles/

★ LIGAND,酶反應化學資料庫，由日本京都大學化學研究所維護。
http://www.genome.ad.jp/htbin/show_man?ligand

★ CSNDB細胞中訊號網路的資料庫。
http://geo.nihs.Go.jp/csndb/

★ Biocatalysis/Biodegradation生物催化和生物降解資料庫。 
http://dragon.labmed.umn.edu/~lynda/index.html

★美國農業部國家農業圖書館基因組資訊系統，它本身的伺服器基於AceDB。
http://probe.nalusda.gov:8000/

★ARS農業研究服務處新設立在康奈爾大學的USDA-ARS生物資訊學和比較基因組學中心，ARS是Agricultural Research Service的縮寫。
http://ars-genome.cornell.edu/

★AgDB農業資料庫和資訊資源總清單。
http://www.agnic.org/agdb/

★設在英國愛丁堡的Roslin研究所的生物資訊組，發展了名為“方舟”的系統來蒐集和比較各種動物基因圖譜。
http://www.ri.rrsrc.ac.uk/cgi-bi ... swer.sh?species=pig

★INRA法國國家農業研究所。
http://locus.joun.inra.fr/

★美國得克薩斯A&M大學是牛類基因圖譜資料庫的原始網址和綿羊、馬資料庫的鏡象點：
http://bos.cvm.tamu.edu

★美國衣阿華州立大學有豬和雞基因圖譜資料庫的鏡象點：
http://www.genome.iastats.edu

 

農作物

★UK CropNet英國農作物植物生物資訊網路。
http://synteny.nott.ac.uk/

★INE水稻基因資料庫。
http://www.staff.or.jp/giot/INE.html

★我國水稻基因組計劃針對水稻的秈稻亞種。
http://www.ncgr.ac.cn/

★美國TIGR研究所維護著幾個與水稻基因組有關的資料庫，包括基因組註釋庫、重複序列庫，以及基因索引。
http://www.tigr.org/tdb/rice/

★RiceGenes是美國康奈爾大學的水稻基因組資料庫。
http://ars-genome.cornell.edu/ricd/

★GrainGenes是美國農業部和國家農業圖書館的植物基因組計劃支援的麥、燕麥和甘蔗遺傳資料庫。
http://ars-genome.cornell.edu/

★關於世界範圍的水稻生產和市場等情況。
http://www.riceweb.org/

★ WHEAT小麥基因圖譜資料庫。 
http://wheat.pw.usda.gov/

★KOMUGI日本小麥網。是由6所大學和研究所聯合維護。
http://www.shigen.nig.ac.jp/wheat/top.html

★MaizeDB玉米基因組資料庫。
http://www.agron.misouri.edu/top.html

★ZmDB玉米基因組資料庫。
http://zmdb.iasstate.edu/

★ILDIS國際豆科植物資料庫和資訊服務。 
http://www.ildis.org/LegumeWeb/

★豆類基因圖譜：
http://scaffold.biologie.uni-kl.de/Beanref/

★MGI,NCGR和Samuel Roberts Noble基金會聯合開展的豆科苜蓿屬植物Medicago truncatula的基因組研究，在2000年４月已經提交15000多條EST。
http://www.ncgr.org/research/mgi/

★cottonDB美國南方平原農業研究中心所維護的棉花資料庫。
http://algodon.tamu.edu/

★TreeGenes樹木遺傳圖譜資料庫。
http://probe.nalusda.gov:8000/plant/abouttreegenes.html

 

 

基因組資訊分析 

1．基因組序列資訊的提取和分析  
dbEST  http://www.ncbi.nlm.nih.gov/dbEST/index.html 
UniGene  http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entr ... arch&DB=unigene 
Transcription factor database http://transfac.gdb.de/TRANSFAC/) 
基因組資訊分析 
2．功能基因組相關資訊分析 
NCBI http://www.ncbi.nlm.nih.gov/ 
Entrez http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Entrez 
OMIM http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=OMIM) 

蛋白質組學相關資訊分析  
SWISS-2DPAGE  http://us.expasy.org/ch2d/ 
SIENA-2DPAGE http://www.bio-mol.unisi.it/2d/2d.html 
Human 2D-PAGE Databases http://proteomics.cancer.dk/ 
PROSITE http://us.expasy.org/prosite/ 
PRINTS http://bioinf.man.ac.uk/dbbrowser/PRINTS/ 
Pfam（http://  www.sanger.ac.uk/Software/Pfam/ 
Blocks(http://  www.blocks.fhcrc.org/) 
SWISS-PROT蛋白質序列庫 http://us.expasy.org/sprot/) 

大分子結構模擬和藥物設計生物資訊分析  
PDB  http://www.rcsb.org/pdb/); 
SCOP  http://scop.mrc-lmb.cam.ac.uk/scop/) 
CATH http://www.biochem.ucl.ac.uk/bsm/cath/); 
SWISS-3DIMAGE http://us.expasy.org/sw3d/) 
DSSP  http://www.sander.ebi.ac.uk/dssp/) 

PDBsum http://www.biochem.ucl.ac.uk/bsm/pdbsum/) 

 

核酸序列的預測分析  

1. 重複序列分析  
CENSOR http://www.girinst.org/ 
RepeatMasker http://ftp.genome.washington.edu/cgi-bin/RepeatMasker 
XBLAST程式 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/ 

核酸序列的預測分析  
2. 資料庫搜尋 
NCBI的BLAST http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/ 

　3. 編碼區統計特性分析: 
GRAIL http://compbio.ornl.gov/Grail-1.3/ 
GenMARK www.genmarkag.com/ 
tRNAscan-SE http://www.genetics.wustl.edu/eddy/tRNAscan-SE/ 
GENSCAN http://genes.mit.edu/GENSCAN.html 
蛋白質結構和功能的預測分析  
預測蛋白質的物理性質  
ExPASy http://www.expasy.ch/tools/ 
PROPSEARCH http://www.embl-heidelberg.de/prs.htm 
SAPS http://www.isrec.isb-sib.ch/software/SAPS_form.html 
蛋白質結構和功能的預測分析 
蛋白質二級結構預測 : 
NnPredict http://www.cmpharm.ucsf.edu/~nomi/nnpredict.html 
PredictProtein（國內映象）： http://www.cbi.pku.edu.cn/predictprotein/ 

Tmpred  http://www.ch.embnet.org/software/TMPRED_form.html 
SignalP http://www.cbs.dtu.dk/services/SignalP/ 
蛋白質結構和功能的預測分析 
蛋白質三維結構預測 : 
SWISS-MODEL http://www.expasy.ch/swissmod/SWISS-MODEL.html 
PSI-BLAST  http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/

 

 

家畜和家禽

★ChickGBASE雞基因圖譜計劃，蒐集全世界雞基因圖譜資訊。 
http://www.ri.bbsrc.ac.uk/chickmap/chickgbase/manager.html 

★Swimemap豬基因圖譜計劃，飲食店染色體圖譜和標記。 
http://sol.marc.usda.gov/genome/swine/swine.html 

★PiGBASE,豬基因圖譜資訊庫。 
http://www.ri.bbsrc.ac.uk/pigmap/arkpig/ 

★SheepBase已發表的綿羊基因位點資料庫。 
http://dirk.invermay.cri.nz/ 

★Goatmap,山羊基因圖譜資料庫。 
http://locus.jouy.inra.fr/ 

★HorseMap馬基因圖譜資料庫。 
http://locus.jouy.inra.fr/ 

★Bovmap法國的牛基因圖譜資料庫。 
http://locus.jouy.inra.fr/cgi-bin/bovmap/intro.pl 

★BovBase英國的牛基因圖譜資料庫。 
http://www.ri.bbsrc.ac.uk/bovmap/arkbov/ 

★BovGBASE美國農業部的家畜基因組圖譜計劃中的牛基因資料庫。 
http://probe.nalusda.gov:8000/animal/aboutbovgbase.html 

★Buffmap水牛基因圖譜資料庫。 
http://locus.jouy.inra.fr/ 

★DogMap狗基因圖譜資料庫。  
http://ubeclu.unibe.ch/itz/dogmap.html 

★CatMap貓基因圖譜資料庫。 
http://www.ri.bbsrc.ac.uk/catmap/ark/ 

 

生物醫學文獻資料庫 

★MEDLINE是美國國家醫學圖書館的文獻摘要庫，反映美國及其他國家3800多種醫學和生物期刊的作者摘要和引用情況。 
http://www.nlm.nih.gov/dtabases/medline.html 
★最為方便的查詢MEDLINE的方式，是通過NCBI的PubMed服務： 
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/PubMed/ 
★SeqAnalRef這是由A.Bairoch個人維護的有關序列分析的文獻目錄。 
http://www.espasy.ch/seqanalref/ 
★SCI是設在美國費城的科學資訊研究所所提供的文獻引用情況的檢索服務。 
http://webofscience.com/ 
★CancerWeb癌症網頁： 
http://www.graylab.ac.uk/cancerweb.html 
★HUMAT人體解剖學資料庫。 
http://ed.ac.uk/anatomy/database/humat/ 
★KeyNet按生物序列功能組織的基因和蛋白質名稱關鍵字型檔。 
http://www.ba.cnr.it/keynet.html/ 
★BioABACUS生物學與生物技術以及電腦科學縮寫字表。 
http://www.nmsu.edu/~molbio/bioABACUShome.html 
 

其他資料庫

★ Taxonomy分類學資料庫。 
http://www3.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/tax.html 

★ ETI世界生物多樣性資料庫設在荷蘭的分類鑑定專家中心。 
http://www.eti.uva.nl/ 

★ 位於美國麻省的Woods Hole海洋生物研究室有一個海洋動物資料庫。 
http://www.mbl.edu/ 

★ TAED適應性演化資料庫。 
http://www.sbc.su.se/~liberles/TAED.html

 

 

★Integrated Database Retrieval Systems 

★Entrez  
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Entrez/default.htm  

★Sequence Retrieval System (SRS)  
http://www.seqnet.dl.ac.uk/srs/srsc    

★The Institute for Genomic Research (TIGR), Human Gene Index (HGI) Sequence Search  
4-1-2-DDPDE/USA  
http://www.tigr.org/tdb/hgi/searching/hgi_seq_search.html  
Search for nucleotides and peptides.  

★TIGR HGI Reports  
3-1-2-DDcW/USA  
http://www.tigr.org/tdb/hgi/searching/hgi_info.html  
Retrieve sequences identified by EST ID, GenBank number etc.  

★TIGR HGI Gene Expression Data  
4-2-1-DDcW/USA  
http://www.tigr.org/tdb/hgi/searching/hgi_xpress_search.html  
Search for tissue specific transcripts e.g. "lung". cDNA libraries can also be searched.  


★TIGR HGI Name Search  
5-1-2-DDW/USA  
http://www.tigr.org/tdb/hgi/searching/hgi_name_search.html  
Search for a sequence by the name of a gene product e.g. insulin.  

★Genome Database (GDB)  
http://hgmp.mrc.ac.uk/gdb or  http://gdbwww.gdb.org/default.htm  
Funding for this project has been withdrawn. This valuable database will remain online, but it should be noted that no new entries will be recorded after 31st July 1998.  


序列列線 
★Analysis and Annotation Tool for Finding Genes in Genomic Sequences  
5-3-2-DcDPDFWE/USA  
http://genome.cs.mtu.edu/aat.html  
Identifies genes in a DNA sequence by comparing it to cDNA and protein sequence databases (including those at HGI, TIGR, dbEST, Swiss-Prot and nr).  

★Pairwise Sequence Alignment  
3-4-2-DcUPUFWE/USA  
http://genome.cs.mtu.edu/align/align.html  
Computes the global alignment between two sequences. Compare DNA with DNA, cDNA or protein. For DNA and cDNA, settings (gap open penalty, gap extension etc.) can be defined.  

★Multiple Sequence Alignemnt with MAP  
4-3-2-DcUPUFWE/USA  
http://genome.cs.mtu.edu/map/map.html  
Calculates the global alignment of DNA or protein sequences using an algorithm which computes the best overlapping alignment without penalising terminal gaps. Long internal gaps in short sequences are not penalised.  

★Network Protein Sequence Analysis  
5-4-1-PUW/France  
http://pbil.ibcp.fr/NPSA/npsa_clustalw.html  
ClustalW multiple sequence alignment.  

★ALIGN  
5-1-1-DUPUWE/France  
http://www2.igh.cnrs.fr/bin/align-guess.cgi or  http://genome.eerie.fr/fasta/align-query.html  
Applies the BLOSUM50 matrix to deduce the optimal alignment between two sequences.  

★Multiple Sequence Alignment with Hierarchial Clustering  
5-5-3-PUW/France  
http://www.toulouse.inra.fr/multalin.html  
Sequence alignment with a colour output where differing or similar amino acids in the alignment can be highlighted.  

★Colour INteractive Editor for Multiple Alignments (CINEMA)  
http://www.biochem.ucl.ac.uk/bsm/dbbrowser/CINEMA2.1/default.htm  
A comprehensive and popular site. Allows the user to visualise and manipulate aligned protein sequences.  
Makes use of Java. I recommend you access this site from a fast workstation!  

★VSNS BioComputing Division Multiple Alignment Resource Page  
http://www.techfak.uni-bielefeld.de/bcd/Curric/MulAli/default.htm  
An excellent, comprehensive resource for multiple sequence alignment, software and tutorials.  


新序列傳送: 

★EMBL  
http://www.ebi.ac.uk/subs/emblsubs.html  

★BankIt (GenBank)  
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/default.htm