生物資訊學中常用的linux系統命令

在生物資訊學中，linux系統伸手大家喜歡，整理了一下相關的操作命令(包括命令+選項+引數），以供參考。

1.touch(建立一個空白檔案或者更新已有的檔案，還可以用來更新檔案的時間）

for example:touch abc.txt (註釋：touch .abc.txt 建立隱藏檔案)

2.ls(瀏覽當期目錄的內容)

引數 -a 顯示所有檔案，包括隱藏檔案、-l顯示檔案資訊，包括時間，檔案大小等

3.cd(進入某一目錄)

such as：cd /home/user/python

cd.. 進入上一級目錄

4.pwd(檢視目錄所在的位置)

5.mkdir(新建一個目錄，mkdirs可用來遞迴建立目錄）

6.cat(檢視檔案內容)

7.less(檢視比較大的檔案)

8.cp(複製檔案)

9.mv(移動檔案)

for example：mv /home/user/python /home/user/ok

10.rm(刪除檔案)

11.vi(檔案編輯工具 :命令列模式 wq儲存退出 q!強制退出不儲存)

12.chomd(修改檔案許可權，其中檔案許可權可分為rwx)

13.head(檢視檔案前幾行)

14.tail(檢視檔案的後幾行)

15.grep(文字搜尋命令)

such as grep -i(忽略字元大小）-v(顯示不包含文字的行) “搜尋條件” file

16.wc(統計並輸出檔案的位元組數，字數行為 -c位元組數 -w單字數 -l行數)

17.sort(檔案排序)

18.管道|(前一個文字輸出——>後一個輸入)

19.重定向>

20.man(檢視指定的使用方法)

21.find(指定目錄下查詢檔案)

22.作業管理(&後臺符 kill終止指定程式 ps檢視任務執行情況)

另外介紹序列比對的工具：

1.建庫

make blastdb -in file -dbtype nucl/prot -title -

2.比對

blastall -i file -d file -p blastn -e 10(exp) -b5 -v5