生物資訊大資料&資料庫（NCBI、EBI、UCSC、TCGA）
生物資訊大資料&資料庫（NCBI、EBI、UCSC、TCGA）
想系統的學習生信資料庫可以先看一下北大的公開課，有一章專門講的資料庫與軟體：
1-生物資訊學：導論與方法 北大\10 生物資訊資料庫及軟體資源
一個優秀的生信開發者能夠解決如下問題：
- 如何鑑定一個重要的且沒有被解決的生物學問題？
- 如何將該問題轉化為一個可計算的問題？
- 如何提出一個解決此問題的演算法？
- 如何實現該演算法？
- 如何評估演算法？
生信工具使用者需要解決如下問題：
- 每個方法解決的是哪個生物學問題？
- 該方法有哪些基本的假設？
- 每個引數是什麼意思，都是用來幹什麼的？
- 準確度評估，sensitivity and specificity，tradeoff，應該追求哪一個？
- 生物學問題和方法的侷限性？
生信資源的分類：
- 集中資源&獨立資源
- 資料庫&軟體工具
- 原始資料庫&二級資料庫
- 命令列工具&網頁伺服器工具
UCSC Genome Browser：基因組瀏覽器，表達調控、變異資料，track，ENCODE 非編碼元件（計劃）
集中資源
|
|
NCBI |
EBI |
UCSC |
|
連結 |
|||
|
Tools |
BLAST |
BLAST、Exonerate、ClustalW2 |
BLAT、In-Silico PCR |
|
Data Repository |
GenBank、GEO、SRA |
ArrayExpress、ENA、PDBe |
ENCODE |
|
DNA/Genome |
Genome |
Ensembl、Genomes |
Ideogram、Recombination Rate、GC Content |
|
DNA/Gene |
Gene |
Ensembl |
UCSC Genes、GENCODE、RefSeq Genes |
|
RNA |
RefSeq |
Ensembl |
mRNAs、ESTs、UniGene |
|
Proteins |
Protein, RefSeq、Conserved Domain |
UniProt、InterPro、PRIDE |
|
|
Expression |
UniGene |
Expression、Atlas |
Affy Exon Array、Caltech RNA-seq、Allen Brain |
|
Regulation |
|
|
Transcription、TFBS、Epigenetics、DNaseI HS |
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Literature |
PubMed |
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|
|
Ontology |
|
Gene Ontology |
|
|
Comparative Genomics |
Taxonomy、HomoloGene |
*Ensembl |
Conservation、Neandertal |
|
Variation |
dbSNP、dbVar |
*Ensembl |
SNPs、DGV、RepeatMasker |
|
Disease |
OMIM、MeSH、dbGaP、ClinVar |
|
GAD、COSMIC、ClinVar、GWAS Catalog、QTLs |
獨立資源
癌症
DNAnexus Reanalyzes Cancer Genome Atlas Data
DNAnexus完成世界上最大的泛癌症資料的重分析(附資料下載） - 基因慧
DNANexus：DNANexus專注於建立一個雲端計算伺服器中的DNA資料庫，然後以服務方式將該資料庫提供給研究者和科學家。DNAnexus和谷歌開展技術合作，提供最為全面的DNA資料庫，它可通過美國國家生物技術資訊中心（NCBI）下SRA的網站訪問到這些DNA資料（2011年2月，NCBI曾宣佈由於聯邦政府削減經費支援逐步淘汰SRA）。
Cancer Genome Atlas：泛癌症基因組
The Cancer Genome Atlas：就是 TCGA 的全稱，Atlas 古希臘的一個神
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