生物資訊大資料&資料庫（NCBI、EBI、UCSC、TCGA）

想系統的學習生信資料庫可以先看一下北大的公開課，有一章專門講的資料庫與軟體：

1-生物資訊學：導論與方法  北大\10 生物資訊資料庫及軟體資源

一個優秀的生信開發者能夠解決如下問題：

• 如何鑑定一個重要的且沒有被解決的生物學問題？
• 如何將該問題轉化為一個可計算的問題？
• 如何提出一個解決此問題的演算法？
• 如何實現該演算法？
• 如何評估演算法？

生信工具使用者需要解決如下問題：

• 每個方法解決的是哪個生物學問題？
• 該方法有哪些基本的假設？
• 每個引數是什麼意思，都是用來幹什麼的？
• 準確度評估，sensitivity and specificity，tradeoff，應該追求哪一個？
• 生物學問題和方法的侷限性？

生信資源的分類：

• 集中資源&獨立資源
• 資料庫&軟體工具
• 原始資料庫&二級資料庫
• 命令列工具&網頁伺服器工具

NCBI

EBI

UCSC Genome Browser：基因組瀏覽器，表達調控、變異資料，track，ENCODE 非編碼元件（計劃）

集中資源

	NCBI	EBI	UCSC
連結	Database、Tools、Resource List（A-Z）	by topic  by name	Table Browser  Genome Browser
Tools	BLAST	BLAST、Exonerate、ClustalW2	BLAT、In-Silico PCR
Data Repository	GenBank、GEO、SRA	ArrayExpress、ENA、PDBe	ENCODE
DNA/Genome	Genome	Ensembl、Genomes	Ideogram、Recombination Rate、GC Content
DNA/Gene	Gene	Ensembl	UCSC Genes、GENCODE、RefSeq Genes
RNA	RefSeq	Ensembl	mRNAs、ESTs、UniGene
Proteins	Protein, RefSeq、Conserved Domain	UniProt、InterPro、PRIDE
Expression	UniGene	Expression、Atlas	Affy Exon Array、Caltech RNA-seq、Allen Brain
Regulation			Transcription、TFBS、Epigenetics、DNaseI HS
Literature	PubMed
Ontology		Gene Ontology
Comparative Genomics	Taxonomy、HomoloGene	*Ensembl	Conservation、Neandertal
Variation	dbSNP、dbVar	*Ensembl	SNPs、DGV、RepeatMasker
Disease	OMIM、MeSH、dbGaP、ClinVar		GAD、COSMIC、ClinVar、GWAS Catalog、QTLs

獨立資源

 

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癌症

DNAnexus Reanalyzes Cancer Genome Atlas Data

DNAnexus完成世界上最大的泛癌症資料的重分析(附資料下載） - 基因慧

DNANexus：DNANexus專注於建立一個雲端計算伺服器中的DNA資料庫，然後以服務方式將該資料庫提供給研究者和科學家。DNAnexus和谷歌開展技術合作，提供最為全面的DNA資料庫，它可通過美國國家生物技術資訊中心（NCBI）下SRA的網站訪問到這些DNA資料（2011年2月，NCBI曾宣佈由於聯邦政府削減經費支援逐步淘汰SRA）。

Cancer Genome Atlas：泛癌症基因組

The Cancer Genome Atlas：就是 TCGA 的全稱，Atlas 古希臘的一個神

TCGA 官網   User Guides and Help