9-7 ~ 9-27做論文全過程的反思

實驗是在八月底做完的，之後9.6週日的晚上和導師彙報，導師說可以開始寫論文了，於是便開始了整理文獻、憋論文、latex排版編輯的過程。本來預計一週寫，一週改，然後交給付費編輯潤色，就可以投出去了；結果卻是花了一週的時間寫，兩週的時間改，剛剛才交付給編輯潤色，寫文章花了足足三週時間，超出了預期。

這裡對做一篇文章出來的全過程，即包括前期（閱讀文獻、設計實驗方案）+中期（編碼）+後期（整理文獻、寫論文、排版美化）三個階段所做的事情做一點反思，嘗試找到優化做事方式、提高效率、提升科研質量的方法。

前期（閱讀文獻、設計實驗方案）

失誤之處

1. 拿到文章就開始看，未曾想清楚我看它的目的究竟是什麼？是要把它當成標杆文獻（如領域內的經典）來仔細讀，去反覆琢磨它所提出方案的精妙之處、模仿它解決問題的方法、抑或是在其基礎上將某個細節做改進變成自己的東西，還是隻是被別的文獻連結到此、只是想看看原文獻中提到的方法的具體實現，還是想要通過它來了解該領域的背景知識？等等。這些問題我都不曾思考過，只兩眼瞪著白紙黑字看，效率是極低下的。
2. 沒有及時做筆記或新增進文獻庫，增添後期找文獻、重新閱讀了寫綜述的負擔。這點做得不好本質上還是太懶，思維不願意站起來跑寧願坐下歇著，坐著歇著看文獻的一個後果就是，對文章的理解程度太淺，僅在腦中留下了「點」式的印象，而非與其他資訊、觀點、方法等連線緊密的一片「網」。另外，因為沒有去畫思維導圖、寫下它這步做的用意、與其他方法的比較等，所以這步做得不好也導致了之後自己在想新的idea時不得力。
3. 實驗方案在設計時，沒有深入想清楚做這一步的「目的」是什麼，就開始進入到編碼階段，結果就只能是做法被導師駁回，重新想方法、設計實驗。沒想清楚便貿然行動還是因為思維的韌性不夠，只能接受「結論式」的資訊，而鮮有「過程式」的內容。到頭來做白功、走彎路。

對應的改進點

1. 把要看的文獻分個類，例如分為以下三類：

• 標杆文獻（通常是領域大牛寫的，影響力極高，無論解決問題的方法思路、寫作論證的嚴密性都可借鑑學習，做出好的科研成果應當向此類文逼近，故它也是模仿的物件）
• 方法類文獻（可以是標杆文獻引用、翻閱文獻過程中看到的任何在方法上有創新的文獻，閱讀時重點關注其解決問題的方法流程，此類文名氣上比上面一篇略次）
• 背景資訊類文獻（通常是在拿到一個課題時首先要看的，篩選標準領域、課題、解決的問題相關即可，走馬觀花看，重點看abstract、intro，有個xx問題可以用xx解決即可，無需深究）

判斷文章分別屬於哪個類別，本身就需要一定的時間和精力，故在開始讀之前先花點時間在網上多下載幾篇，然後可以和導師、師兄師姐交流哪些值得深入閱讀，而哪些不必深究。

再者，關於如何在讀文獻時提高對文章的理解程度，可以借鑑機器學習研究者的養成指南，吳恩達建議這麼讀論文裡提到的論文閱讀方法，即讀一篇文章時問自己四個問題：1）作者要解決的問題是什麼？2）作者解決該問題的方案的關鍵是什麼？3）我可以做些什麼？4）為了做成這件事，我還需要哪些資訊？

2. 手不能懶，看過的文獻都應加入到endnote中（方便以後檢索，而非想到後又去學術上搜尋，太浪費時間了），並做好標記：這篇文章可以帶給我些什麼？它是如何幫助我完成手頭的科研的？其次，大腦也不能懶，邊讀文章邊寫綜述，中英文皆可，這一方面是增進自己對文獻內容的理解，另一方面也是方便自己之後寫作只需複製貼上即可。總之，手和腦一個都不能懶，歸納總結之類的活，早晚都得幹，留到後期寫文章的時候再去幹，不如早早地幹，況且第一次見這文還是新鮮的，好奇心會更強驅動著把筆記做好。

3. 要想設計好實驗方案，現在反思來看，關鍵點就一個：將思維「具象化」。把自己的想法清清楚楚地表達出來，再去看可行與否，自己的腦袋裡還一片漿糊，條理都未曾整理得清楚，只是知道這裡做個xx分析，那裡做個二分類，再做個排序之類，寫也寫不出，說也說不出個所以然，就急匆匆跑去寫程式碼了，最終必然是無功而返。在這裡把做事的條理理清的兩個方法：1）寫出來，敲在page上，仔細比對自己這一步這麼做、下一步那樣做，是否在邏輯上說得通、有理論支撐；2）說出來，即遇到自己拿不準的，或理論知識遺忘的，去請教同學、老師，問問他們自己這麼做是不是可行，對理論的理解是否有誤等等；或者在彙報的時候，完整地將自己的整套實驗方案的流程講給老師聽——這是一個鍛鍊自己語言表達能力的絕好機會。

中期（編碼、儲存結果、畫圖）

失誤之處

1. 不規範。程式碼沒能做成一套end-to-end的pipeline上傳到hub，是因為在編碼時只想著要編碼了，沒想過為了提高程式碼的可讀性和後續修改的簡易度，需要做好「變數註釋、語句功能註釋」操作（這麼做的好處在於能幫助自己在編碼時理清思路）；內聚程度太低，耦合度太高，複用性不強。總之，編寫程式碼時太過隨意了。
2. 不關注對實驗結果的儲存，結果就是返工。

對應的改進點

1. 一個字：慢。為之後閱讀、修改、複用、上傳程式碼等工作著想，一定要慢慢地做好每一步：變數名簡潔易懂；註釋幫助自己明確這一步要做的事然後再開始程式設計；心中有大局，pipeline常駐心間，按照軟工中的程式設計規範去編碼。
2. 在儲存時需要想清楚，結果究竟是要以什麼形式呈現在最後的paper中的，是表格還是圖，如果是表格，把能想到資訊都存下來；如果是圖，一方面要存下儘可能多維度的資訊，另一方面清晰度一定得足（包括legend等，pdf存），這樣後續需要時不需要重新再跑程式碼。自己經常在這一點上吃虧，因為儲存的資訊缺失或不夠精確、美觀等原因，耗費不必的時間去返工，如此情形常發生，可能已不僅僅是在儲存結果時考慮不周了，更是在前期明確要解決的問題、做的事情上沒有思考清楚急忙下手導致的結果。

後期（寫論文、排版美化）

寫論文

• 提綱（具體到段落） -> 制定計劃去完成各個部分。其中在列提綱時，沒有必要把全文全部內容的提綱都列出，僅列出自己確定一定要寫的部分（如intro, materials and methods）,對於其他的各部分(如abstract, disucssion, conclusion) 有一定的想法要寫什麼，但可能邊寫想法邊變，那麼這時就應該先把確定的給寫完，接著在寫discussion前確定discuss的思路，再去具體實施，最後總覽全文完成abstract 和conclusion.

排版美化

先將文字內容在word中完成，貼圖片或表格處註釋上即可但不必真的新增，最後將內容貼上到latex中排版。這裡需強調的一點是：「內容」和「排版」的活一定分開進行，改內容的時候就專注於把自己做的實驗過程講清楚、背景資訊交代完整、上下文邏輯清晰、用詞準確等，改排版的時候就不要怕麻煩地學習latex排版技巧，思考和目標期刊比對，哪裡還沒有改規範等等。不可寫內容寫到一半發現格式太醜就去改latex語句，也不可在改排版時捉摸著要不要將內容錦上添花等等。一次只專注進行一件事。

其他

此部分對上述三方面中沒有提及的問題，以及上述三方面中存在的共通問題進行反思。

對於導師提出的修改點

聽語音或當面交流時一定及時記錄讓做修改的點，否則過會兒會忘記，並按照「排版」和「內容」分開去處理。

一次做好

讀文章、寫程式、跑實驗、寫文章，都力求一次到位。一次做好的基礎，是做每一步之前都考慮足夠深入和踏實、做的過程中不可心急且細節力求完美。確認這麼做真的是符合資料分佈特點、我的做法前人有人證明過可用之後，再去做。

文章寫不出的時候更是關鍵

對於未曾寫過的內容，不知如何去完成的時候，更需要耐心，自問自己究竟要寫什麼，先敲在隔壁page上，再把這些要寫的但還雜亂的內容一點點用邏輯串起來。想不出時，逼著自己想。想得多了之後，思路會慢慢多起來，也能寫得更快。

總結

本文主要是對自己做科研的整個過程的反思。對於不同的活，我做的差的地方的共同點在於，我把很多「本應該提前思考或做」的事硬生生搬到了後頭去做，這無形中使得完成整個專案的時間變長、效率變低。故花一晚上時間作此文，警戒自己做的不夠好的地方，並積極做出改善。

好了，創新專案完成，明天就要開始忙畢設了。據以上，我首先應該完成的，是廣泛蒐集課題相關的文獻，略讀後分個類，再根據文獻的不同型別去閱讀。