Python資料預處理:Dask和Numba並行化加速!

   如果你善於使用Pandas變換資料、建立特徵以及清洗資料等，那麼你就能夠輕鬆地使用Dask和Numba並行加速你的工作。單純從速度上比較，Dask完勝Python，而Numba打敗Dask，那麼Numba+Dask基本上算是無敵的存在。

　　將數值計算分成Numba sub-function和使用Dask map_partition+apply，而不是使用Pandas。對於100萬行資料，使用Pandas方法和混合數值計算建立新特徵的速度比使用Numba+Dask方法的速度要慢許多倍。

　　Python：60.9x | Dask：8.4x | Numba：5.8x |Numba+Dask：1x

　　作為舊金山大學的一名資料科學碩士，會經常跟資料打交道。使用Apply函式是我用來建立新特徵或清理資料的眾多技巧之一。現在，我只是一名資料科學家，而不是電腦科學方面的專家，但我是一個喜歡搗鼓並使得程式碼執行更快的程式設計師。現在，我將會分享我在並行應用上的經驗。

　　大多Python愛好者可能瞭解Python實現的全域性直譯器鎖(GIL)，GIL會佔用計算機中所有的CPU效能。更糟糕的是，我們主要的資料處理包，比如Pandas，很少能實現並行處理程式碼。

　　Apply函式vs Multiprocessing.map

　　Tidyverse已經為處理資料做了一些美好的事情，Plyr是我最喜愛的資料包之一，它允許R語言使用者輕鬆地並行化他們的資料應用。Hadley Wickham說過：

　　“plyr是一套處理一組問題的工具：需要把一個大的資料結構分解成一些均勻的資料塊，之後對每一資料塊應用一個函式，最後將所有結果組合在一起。”

　　對於Python而言，我希望有類似於plyr這樣的資料包可供使用。然而，目前這樣的資料包還不存在，但我可以使用並行資料包構成一個簡單的解決方案。

　　Dask

　　之前在Spark上花費了一些時間，因此當我開始使用Dask時，還是比較容易地掌握其重點內容。Dask被設計成能夠在多核CPU上並行處理任務，此外也借鑑了許多Pandas的語法規則。

　　現在開始本文所舉例子。對於最近的資料挑戰而言，我試圖獲取一個外部資料來源(包含許多地理編碼點)，並將其與要分析的一大堆街區相匹配。在計算歐幾里得距離的同時，使用最大啟發式將最大值分配給一個街區。

　　二者看起來很相似，apply核心語句是map_partitions，最後有一個compute()語句。此外，不得不對npartitions初始化。 分割槽的工作原理就是將Pandas資料幀劃分成塊，對於我的電腦而言，配置是6核-12執行緒，我只需告訴它使用的是12分割槽，Dask就會完成剩下的工作。

　　接下來，將map_partitions的lambda函式應用於每個分割槽。由於許多資料處理程式碼都是獨立地執行，所以不必過多地擔心這些操作的順序問題。最後，compute()函式告訴Dask來處理剩餘的事情，並把最終計算結果反饋給我。在這裡，compute()呼叫Dask將apply適用於每個分割槽，並使其並行處理。

　　由於我通過迭代行來生成一個新佇列(特徵)，而Dask apply只在列上起作用，因此我沒有使用Dask apply，以下是Dask程式：

　　由於我是根據一些簡單的線性運算(基本上是勾股定理)對資料進行分類，所以認為使用類似下面的Python程式碼會執行得更快一些。

　　Broadcasting用以描述Numpy中對兩個形狀不同的矩陣進行數學計算的處理機制。假設我有一個陣列，我會通過迭代並逐個變換每個單元格來改變它

　　相反，我完全可以跳過for迴圈，並對整個陣列執行操作。Numpy與broadcasting混合使用，用來執行元素智慧乘積(對位相乘)。

　　Broadcasting可以實現更多的功能，現在看看骨架程式碼：

　　從本質上講，程式碼的功能是改變陣列。好的一方面是執行很快，甚至能和Dask並行處理速度比較。其次，如果使用的是最基本的Numpy和Python，那麼就可以及時編譯任何函式。壞的一面在於它只適合Numpy和簡單Python語法。我不得不把所有的數值計算從我的函式轉換成子函式，但其計算速度會增加得非常快。

　　將其一起使用

　　簡單地使用map_partition()就可以將Numba函式與Dask結合在一起，如果並行操作和broadcasting能夠密切合作以加快執行速度，那麼對於大資料集而言，將會看到其執行速度得到大幅提升。

　　上面的第一張圖表明，沒有broadcasting的線性計算其表現不佳，並行處理和Dask對速度提升也有效果。此外，可以明顯地發現，Dask和Numba組合的效能優於其它方法。

　　上面的第二張圖稍微有些複雜，其橫座標是對行數取對數。從第二張圖可以發現，對於1k到10k這樣小的資料集，單獨使用Numba的效能要比聯合使用Numba+Dask的效能更好，儘管在大資料集上Numba+Dask的效能非常好。

　　優化

　　為了能夠使用Numba編譯JIT，我重寫了函式以更好地利用broadcasting。之後，重新執行這些函式後發現，平均而言，對於相同的程式碼，JIT的執行速度大約快了24%。

　　可以肯定的說，一定有進一步的優化方法使得執行速度更快，但目前沒有發現。Dask是一個非常友好的工具，本文使用Dask+Numba實現的最好成果是提升執行速度60倍。如果你知道其它的提升執行速度的技巧，歡迎在留言區分享。

　　作者資訊

　　Ernest Kim，舊金山大學碩士生，專注於機器學習、資料科學。

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