「Debug R」為什麼你需要保持R包是最新的？

今天安裝一個最新的R包的時候，提示要對一些依賴包進行更新，我沒有管他。結果當我執行以前沒有報錯的程式碼時，卻出現如下的報錯，

報錯如下

上面的報錯出現在MacOS上，為了找到報錯，我用Linux執行相同的程式碼並沒有遇到報錯。於是用sessioninfo()對R包版本進行比較。

通過不斷的比較，最終將問題定位到XVector上，發現Linux的版本是最新的，而MacOS的版本是舊的。

MacOS

Linux

進一步，我發現0.20.0版本是來自於Bioconductor 3. 7, 而最新的Bioconductor版本是3.8. 同時今天安裝的包也來自於3.8的Bioconductor，因此出現了不相容的情況，導致報錯。

那麼問題來了，XVector到底是什麼？一直默默無聞的它到底有什麼作用呢？我開啟了他的幫助文件，仔細閱讀了一下，結論如下:

XVector是R語言自帶的Vector的強化，它允許"通過地址傳值", 而不需要將在記憶體中新開闢區域將資料拷貝過去進行運算。 這樣子的好處就是節約記憶體，不然你想獲取一個非常大的一個向量中的第i到第j個元素，那你就得先開闢一個很大的一個記憶體空間，然後在進行取值，最後返回區間內的數值，時間花費非常的大。

讀完這個函式之後，你會得出一個結論，XVector 是一個基礎設施，提供一個XVector類，其他函式建立在它的基礎上。應該還有一個更加底層的東西。

於是我又返回去看我載入包時的Warning資訊，有一個concatenateObjectes引起了我的注意。

更底層的問題

我通過谷歌搜尋，找到了最終的答案，原來是Bioconductor社群把一個底層函式改名了。所以建立在這個底層函式上摩天大廈就瞬間坍塌了。

3.7

3.8

開源軟體的一大問題就在於此，新的工具為了不重複造輪子會依賴於已有成熟工具。已有的工具會不斷的更新，如果突然有一天，作者把原有函式全改了，同時他居然還不提供的一個緩衝時間段，也就是讓舊函式名和新函式名同時並存一段時間，結果你就傻眼了(放心，一個合格的程式設計師不會這樣子瞎搞的)。

最後給兩個建議：

• 請儘量保證你的R包最新
• 同時請用那些一直在維護的R包