bed檔案格式（轉自http://blog.sina.com.cn/s/blog_70b2b6020100liou.html)

gaorongchao1990626發表於2013-03-30
HTTPHTML

我們先在最需要的就是前面的三個引數，

第一個，染色體的編號：這個形式根據你的ref檔案來確定

然後染色體上的起始位置，將如是5000，那麼程式將從5001開始計數。

然後染色體上的終止位置，加入是5500，那麼就是截至到5500


BED 檔案格式

       BED 檔案格式是一個可變方式的資料線，用來描述註釋的資料。BED線有3個要求的欄位和9個額外的欄位。 每條線的欄位數目必須是任意單條資料的在註釋上一致。可選欄位的序試結合低數字的欄位必須流行如果高位欄位被使用。

首先是三個要求的BED欄位

  1. chrom, 染色體或scafflold 的名字(eg chr3， chrY, chr2_random, scaffold0671 )

  2. chromStart 染色體和scaffold的起始位置，第一個染色體的位置是0

  3. chromEn 染色體和scaffold的結束位置，染色體的末端位置沒有包含到顯示資訊裡面。例如，首先得100個鹼基的染色體定義為chromStart =0 . chromEnd=100, 鹼基的數目是0-99

 

     9 個額外的可選BED 欄位是:

　 4. name 定義BED 的名字

   5. score 0到1000的分值，如果track線在註釋時屬性設定為１，那麼這個分值會決定現示灰度水平，數字

     越大，灰度越高。下面的這個表格顯示Genome Browser

   6. strand 定義鏈的''+” 或者”-”

   7. thickStart 開始的位置，這個特徵是畫thickly(例如，在開始的編碼顯示基因的顯示

　 8. thickEnd 結束的位置，這個特徵是畫thickly例如，在結束的編碼顯示基因的顯示　

　 9 itemRGB An AGB 值的形式, R, G, B (eg. 255, 0, 0), 如果track line itemRgb屬性是設定為'On”, 這個RBG 值將

    決 定資料的顯示的顏色在BED 線。　注意，　它推薦簡單的顏色方案(eight color or less )是用作這個屬性

    避免顏色資源在基因組瀏覽器上過多

  1. blockCount BED線在exon 的block數目

  2. blockSize 用逗號分割block size, 這個item的列表對應於BlockCount

  3. blockStarts- 用逗號分割的列表, 所有的blockStart位置應該被計算相關於chromStart, 這個數字的項應該對應於blockCount..

 

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