bed 檔案 和 wig 檔案 有什麼區別

生物信息刘博發表於2024-06-22

BED（Browser Extensible Data）檔案和 WIG（Wiggle）檔案是兩種用於基因組資料儲存和展示的常見格式，在瀏覽基因組資料時這兩者用途明顯不同。

BED 檔案

特點：

  1. 格式簡單：通常每一行代表一個基因組區域，包含的基本列為染色體（chromosome）、起始位置（start）、結束位置（end），此外還可以包括額外的列如名稱（name）、分數（score）、鏈資訊（strand）等。
  2. 用途廣泛：多用於表示離散的基因組區域，如基因的外顯子、調控元件（如增強子、啟動子）、複製起始位點等。
  3. 相容性強：被大多數基因組瀏覽器（如 UCSC Genome Browser、IGV）和分析工具支援。

示例：

chr1    1014236  1014737  LUAD_39  4.19
chr1    1290089  1290590  LUAD_113 3.42
chr1    1291752  1292253  LUAD_114 5.67

這裡每行表示一個基因組區域，包含染色體、起始和終止位置、區域名稱和得分。

WIG 檔案

特點：

  1. 連續資料展示：用於表示在基因組上連續的數值資料（如訊號強度、測序深度）。
  2. 兩種模式：
    • VariableStep：資料點之間位置不固定，常用於表示不均勻分佈的資料。
    • FixedStep：資料點之間位置固定，常用於表示均勻分佈的資料。
  3. 適用於密集資料：通常用於展示如測序覆蓋度之類的密集資料。

示例：

  • VariableStep Format:
    variableStep chrom=chr19
59304701    10.0
59304702    12.5
59304703    15.0
  • FixedStep Format:
    fixedStep chrom=chr19 start=59304701 step=1
10.0
12.5
15.0

主要區別

  1. 資料型別：

    • BED: 表示離散的基因組區域（如基因、增強子）。
    • WIG: 表示連續的數值型資料（如測序覆蓋度、訊號強度）。

  2. 格式和用途：

    • BED: 多欄位製表符分隔格式，用於描述區域的資訊。
    • WIG: 適用於表示基因組範圍內的數值變化，支援兩種模式（VariableStep 和 FixedStep）。

  3. 應用例項：

    • BED: 用於表示比對結果的位置、基因註釋、變異位點等。
    • WIG: 用於表示實驗如 ChIP-seq、RNA-seq 等生成的覆蓋度資料。

示例對比

BED 示例

chrom     start    end     name      score
chr1      1014236  1014737 LUAD_39   4.19
chr1      1290089  1290590 LUAD_113  3.42
chr1      1291752  1292253 LUAD_114  5.67

WIG 示例（VariableStep）

variableStep chrom=chr1 span=100
1014236  4.19
1290089  3.42
1291752  5.67

總結

  • BED 檔案：適合於基因組註釋和離散區域的表示。
  • WIG 檔案：適於展示基因組上的訊號或覆蓋度等連續走勢。

根據需要展示和處理的資料型別，可以選擇適合的檔案格式。兩者都被廣泛用於基因組資料的視覺化和分析。

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