生信小技巧：實用的命令(3)

.bashrc中實用的aliases設定

設定好一套方便的.bashrc中aliases的命令會使你使用linux系統時候更加得心應手，更加高效，下面給大家分享一些比較好用的例子。

快速返回上幾層的資料夾的位置:

alias ..='cd ..'
alias ...='cd ../../'
alias ....='cd ../../../'
alias .....='cd ../../../../'
alias ......='cd ../../../../../'

這樣的話就不需要每次都要打長長的cd ../../../,只要輸入....即可

清除當前的介面，返回上一個所在的資料夾，並且檢視所有的檔案:

alias backls='clear; cd -; ls -lhGgo'

在檔案覆蓋時候，或者刪除檔案的時候向你詢問允許:

alias mv="mv -i"
alias cp="cp -i"  
alias rm="rm -i"

這個命令會讓你安全的覆蓋刪除檔案，而不會不小心刪掉重要的檔案，特別是使用 rm *的時候。

切割以空格或者逗號分隔的檔案：(cut 的default 切割是以tab來切的）

alias cuts="cut -d \" \""
alias cutc="cut -d \",\""

解壓或者壓縮.gz檔案

alias tarup="tar -zcf"
alias tardown="tar -zxf"

建立一個資料夾，然後cd進去裡面

#這裡使用一個自己寫的function
function mcd { mkdir -p "$1" && cd "$1";}

讓你grep更加漂亮一點(hightlight 出需要尋找的內容）

alias grep="grep --color=auto"

更新你的.bashrc 還有修改你的.bashrc檔案

##每次修改完需要更新一下.bashrc，修改過的內容才會奏效
alias refresh="source ~/.bashrc"

alias eb="vi ~/.bashrc"

更好的展示當前$PATH的變數內容

alias showpath='echo $PATH | tr ":" "\n" | nl'

雜七雜八常用的命令

快速執行上一個命令:

!!
#或者將其儲存輸出到一個檔案中
echo "!!" > foo.sh

當你在輸入一個命令時，你需要中途終止這個命令去做一些其他檢視(例如ls *.txt)，然後再返回繼續你的輸入：

#假如我想輸入fastqc A_1.fastq,當我輸完fastqc時，我需要去檢查一下哪個 fastq檔案是我想處理的
<CTRL+u>
#這時候終端會儲存你輸入的fastqc，返回新的一行給你輸入新的命令
ls *fastq
<CTRL+y>
#這時候終端會返回你剛剛輸入fastqc的命令，然後你可以繼續操作

反向檢視/刪除檔案:

#檢視資料夾中不是以gz結尾的檔案
ls !(*.gz)
刪除不是以foo或者bar結尾的檔案
rm !(*.foo|*.bar)

只輸出檔案中特定行

sed -n 42p file.txt

移除檔案中空白行並輸出到心得檔案中:

grep . filename > newfilename

檢視大的檔案(例如500M以上）

find . -type f -size +500M

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最後就是給大家下載好的，上次給大家推薦STA 199: Intro to Data Science課程中的一些視訊。

連結：https://pan.baidu.com/s/18y3Nzi0n0hqk7bQiPxOXgA
密碼：3yhj