序列比對演算法

Li的對齊程式碼使用字元列表進行輸入和輸出。 我寫了一個簡單的包裝器來接受字串和輸出字串。

    來自 對齊 匯入 Needleman，Hirschberg

    def  compare（str1，str2）：

        seq1 = list（str1）

        seq2 = list（str2）

        對於 演算法 在 [ 的Needleman（），海森堡（）]：

            a，b = 演算法。對齊（seq1，seq2）

            print（“”。join（a））

            print（“”。join（b））

            列印（）

程式碼插入垂直條以指示為對齊而新增的空格。 這是在Finnegans Wake和模仿Finnegans Ewok的開頭段落中使用Needleman-Wunsch演算法的結果。

    ||| riverrun，過去的Ev | e | 和亞當'|||| s，

    mov | i | er | un，past || new和||||| hope，

    從swe | rv || e of shore |||| 彎曲的

    從s || tr | ike of |||||回到彎曲

    b ||| ay，帶給我們一個共同體

    | jeday，帶給我們一個共同體

    vic | u ||再迴圈回來

    |||盧卡斯的再迴圈回來了

    H | owth Ca || stle |||| 和E | nvi || r | ons。

    | fo |||||| rest || moon and | en || dor。||||

我在上一篇文章中提到我可以很容易地比較前四段，但是我在調整第五段時遇到了一些麻煩。 每個版本的第五段開頭非常相似：

    Bygme | | ster  Fi | nnega | | ñ，的 的

    Bygm | onster  | | 安| | 類似，的 的

    Stutte | | r | | | | | | | ING  手，˚F | 重新| emen '| s

    | | | | | | Throatchokin |  手，為| cemen | 的

    茂- RER，住 在 了 最廣泛的 方式

    茂- RER，住 在 了 最廣泛的 方式

    immarginable  在 他的 rushlit

    immarginable  在 他的 rushlit

    toofar - | | | 回來 的 宅院 前

    toofar |  -  之前回來 用於 消費