(線上)設計引物

immortalF發表於2020-11-18

方法一、通過primer bank

1、輸入需要設計引物的基因或者序列(here),選擇相應的基因名型別以及物種名,然後點選submit


2、儘量選擇含有Validation Results的引物選項(有實驗驗證),Tm值在60左右

點開Validation Results檢視實驗結果,圖示單峰值可用於後續驗證,多峰值則無法使用!!!


3、合適的序列然後在NCBI中進行blast-->Nucleotide

把一條引物序列輸入後,檢視是否有選項需要改變,然後blast

檢視有沒有想要的基因以及對應的E value 小於等於0.54,若有則可以合成試試能不能用^-^!



方法2、在NCBI中查詢相關基因

1、輸入相應基因

找到下圖中,點選NM_****

點選Pick Primers

檢視Tm在60左右,GC%50多,self3’ complementarity最好是0,0越小越好

然後對獲得的引物進行blast,觀察對應的產物以及E value

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最直接查詢引物的方式就是在NCBI中查詢有沒有含有相關基因引物序列的文章

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