前言：
本篇文章的出發點是因為之前接觸過相關研究，困囧於該系列資料匱乏，想做一個系列。個人道行太淺，不足之處還請見諒。願與諸君共勉。
資料準備：
MODIS資料產品MOD13Q1—以2010年河南省3、4、5三個月為例：
一、MRT單次資料操作
（1）.進入GUI介面操作
1.將所需處理的一個.hdf原始資料載入進來
2.通過左右選項選擇所需波段（MOD13Q1已將NDVI提供,只需保留選擇就行）
（若用的資料比如MOD12Q1計算NDVI,則Modis演算法如公式:NDVI=(Band2-Band1)/(Band2+Band1)。那麼就需要將Band2和Band1波段提取出來）
3.Spatial Subset（空間子集）：選擇Input Lat/Long (輸入緯度/經度)
input line/sample (輸入行/樣本)
output projection (X/Y輸出投影X / Y)
4和5在一起
4.選擇檔案儲存路徑：
5.輸出資料型別： 如我儲存的路徑（必須同原始資料也就是.hdf在同一資料夾下）就是F:\MODIS\.tif (注意，直接在MODIS資料夾後加\.tif就行。生成的.tif檔名直接等同於在同一個資料夾下.hdf檔案同名（建議相同操作，通常資料多，命名易辨且重要）)
6.輸出檔案型別：GEOTIFF（我們要的就是.tif資料檔案）
7.Resampling（重取樣型別）:選擇Nearest Neighbor(最近領域)
8.Output Projection type(輸出投影型別)：選擇原則是下載的MODIS資料（.hdf）是什麼投影就選什麼投影（百度）
本文選用MOD13Q1，應當採用Sinusoidal投影方式。但大部分研究選用的都是Albers Equal Area。終究道行太淺，本文也不能免俗。
9.Edit Projection Parameters(編輯主動引數):
上圖的一些引數STDPR1和2不太清楚,參考同是研究區為河南省的研究輸入的
centmer為中央經線（研究區中央經線）
大方框裡的可以什麼都不輸入，預設就行。但WGS84一定要選，點選ok
10.Output Pixel Size(輸出畫素大小):畫素範圍越小，精度越高。但輸出的.tif檔案就越大，會達到1-2個G。選擇建議：看自己選擇的MODIS產品是什麼畫素範圍。
11.點選Run即可
二、MRT多批次資料操作（重點）
注意：無論你有多少期資料。在進行多批量處理時。用到MRT檔案時只輸如一個.hdr檔案。不用擔心，之所以輸入一個.hdr檔案，是因為在進行多批量處理時,用到MRT工具只是通過一個.hdr檔案來建立一個.prm檔案作為模板。用CMD來批處理
(1).MRT戰場
1-10同上文一致（只輸入一個.hdr檔案）
11.點選SaveParameter File
在資料夾內將會出現.prm檔案。那麼接下來我們們轉移戰場。將MAT給Exit關掉
（2）CMD戰場
以下所提及的功能都可以在MRT批量進行，通過基於Dos系統的批處理指令碼（字尾.bat）來實現。將待處理的MODIS資料（.hdf）、MRT引數設定檔案（.prm）、批處理指令碼（.bat）放置在一個資料夾中。執行.bat後，系統就會根據指令碼的命令批量執行MRT中的各個功能，從而實現將.hdf檔案按設定轉換為.tif檔案
1.F:\MODIS\.tif 檔案路徑下就生成了.prm檔案
2.用Notepad++開啟或記事本開啟MOD13Q1NDVI.prm
INPUT_FILENAME = F:\MODIS\MOD13Q1.A2010049.h26v05.006.2015200022349.hdf SPECTRAL_SUBSET = ( 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 ) //該MODIS資料產品有12個波段1代表選，0代表不選該波段 SPATIAL_SUBSET_TYPE = INPUT_LAT_LONG SPATIAL_SUBSET_UL_CORNER = ( 39.999999996 104.432583132 ) SPATIAL_SUBSET_LR_CORNER = ( 29.999999997 103.923048442 ) OUTPUT_FILENAME = F:\MODIS\.tif //輸出路徑(F:\MODIS\.tif) 以及輸出的資料型別(. tif) RESAMPLING_TYPE = NEAREST_NEIGHBOR //重取樣型別選擇最鄰近法 OUTPUT_PROJECTION_TYPE = AEA //輸出投影型別選擇墨卡託(AEA) OUTPUT_PROJECTION_PARAMETERS = ( 0.0 0.0 25.0 47.0 105.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 ) //輸出投影引數建議為預設 DATUM = WGS84 //基準面為WCG84. UTM_ZONE = 49 //平面投影為49N OUTPUT_PIXEL_SIZE = 250 //像元大小為500*500
生成好後的.prm可以通過Notepad++或記事本檢視，不動
3.通過Notepad++或記事本另存為一個modis.bat檔案（.hdr .tif .bat .prm檔案都是在同一個資料夾下）
modis.bat檔案程式碼如下
set MRT_DATA_DIR=C:\MRT\data for %%i in (*.hdf) do resample -p MOD13Q1NDVI.prm -i %%i -o %%iout.tif pause
第1行：MODIS批量重投影指令碼程式碼參考上圖，使用時需要設定MRT的安裝路徑（C:/MRT/data)。安裝路徑請檢視自己電腦高階設定裡的環境變數。
第3行：檔案.prm檔名替換自己的.prm檔名，如果執行出錯的話，可以把resample替換為其完整的路徑，如D:\software_install\MRT\bin\resample.exe；
4.另存為一個modis.bat檔案放在同一個資料夾下。如果出現錯誤，可參見bat視窗的提示，將安裝目錄下的datum.txt和spheroid.txt檔案複製到DATA資料夾裡;
5.雙擊modis.bat檔案。執行完即可。如果執行錯誤，因為雙擊modis.bat檔案資訊一閃而逝，不能看到錯誤資訊。建議開啟該目錄資料夾下將modis.bat輸入
批處理執行過程如下：
執行後關閉即可。