GO分析
基因本體論（Gene Ontology, GO）是一個用於描述基因和基因產品屬性的標準術語體系。它提供了一個有組織的方式來表示基因在生物體內的各種角色。基因本體論通常從三個層面對基因進行描述：細胞成分（Cellular Component，CC）、生物學過程（Biological Process，BP）和分子功能（Molecular Function，MF）。
示例：
細胞成分（Cellular Component，CC）：這個層面描述了基因產物（如蛋白質）在細胞內的定位。例如，它們可能位於細胞核、細胞質、線粒體膜或其他細胞器上。這有助於瞭解基因產物在細胞內的作用和功能。
生物學過程（Biological Process，BP）：這個層面描述了基因參與的生物學過程。這些過程可能包括細胞生長、訊號傳導、基因表達調控、代謝途徑等。透過了解基因參與的生物學過程，我們可以更好地理解生物體的生理功能和疾病發生機制。
分子功能（Molecular Function，MF）：這個層面描述了基因產物在分子層面的功能，通常涉及到與其他分子的相互作用或催化生化反應。例如，某個基因產物可能是一個酶，它能夠催化某個特定的生化反應；或者它可能是一個結構蛋白，參與細胞骨架的組裝和維持。
本期將介紹使用R clusterProfiler包對基因進行GO功能富集分析、OrgDb包製作以及結果視覺化。使用R clusterProfiler包對基因進行富集，需要匯入目的基因（前景基因）相對應物種的參考基因組（背景基因），現階段“Bioconductor”已有十幾種常見動物，如人類、小鼠等物種的OrgDb。但仍然有許多物種不在Bioconductor的OrgDb列表裡，但存在參考基因組，如山羊，綿羊等，因此大家可以選擇性使用。
上篇文章我們已經用Perl指令碼將蛋白名批次轉化為了基因名，下面首先用R語言將基因名找到基因ID，以作後續分析。
1.在上篇文章轉換的結果targetSymbol檔案中提取基因名，如圖所示，建立“基因.txt”檔案
2.匯入檔案，執行程式碼，得到id.txt檔案
library("org.Hs.eg.db") ##載入物種包##id轉換rt=read.table("基因.txt",sep="\t",check.names=F,header=F) ##讀取資料genes=as.vector(rt[,1])entrezIDs <- mget(genes, org.Hs.egSYMBOL2EG, ifnotfound=NA)entrezIDs <- as.character(entrezIDs)out=cbind(rt,1,entrezID=entrezIDs)colnames(out)=c("symbol","logFC","entrezID")write.table(out,file="id.txt",sep="\t",quote=F,row.names=F)
3.GO分析，將上述分析得到的id.txt檔案匯入，執行以下程式碼以做GO分析
4.得到GO檔案，繪製氣泡圖和柱狀圖
下篇筆記將會展示如何應用R語言作KEGG分析，敬請關注與期待。整理不易用你們發正刊（CNS）的金手指為本篇內容點贊支援，本文程式碼與檔案在以下連結。
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