記一次800多萬XML文字檔案預處理經歷

耕耘實錄發表於2018-11-08

一.背景

由於某些需求,現需對系統在最近幾個月生成的xml檔案進行預處理,提取標籤內的資料進行分析。這些需要預處理的資料大概有280GB左右880多萬,存放在gysl目錄下,gysl的下一層按天命名,分為若干個目錄,接下來一層目錄下又有多個目錄,我們所需的xml目錄就在這一層。我們現在需要將此目錄下面的xml檔案使用Python指令碼進行處理,並將處理結果按天(與原始檔一致)儲存到~/temp目錄下。

二.操作過程

2.1 Python指令碼準備。

#!/usr/bin/python3
# -*- coding:utf-8 -*-
import glob,os,sys, re
from concurrent.futures import ProcessPoolExecutor
import argparse
import random

def find_xs(str, list):
    i = 0
    for i in range(0,len(str)):
        if str[i] in list:
            return i
    return -1

def segement_aux(para, OUT, sep_list, max_length, merge_prob):
    pos = 0
    res_sentence = ""
    sentence_size = 0
    while True:
        #segment one line.
        pos = find_xs(para,sep_list)
        if pos == -1:
            break
        cur_sentence = para[:pos+1].strip()
        cur_sentence_filtering = cur_sentence
        res_sentence = res_sentence + cur_sentence_filtering
        sentence_size = sentence_size + 1
        if sentence_size == 2:
            OUT.write(res_sentence + `
`)
        else:
            rand = random.random() 
            if rand > merge_prob:
                OUT.write(res_sentence + `
`)
                res_sentence = ""
                sentence_size = 0
            else:
                sentence_size = sentence_size + 1
        para = para[pos+1:]
    
def loadXMLfile(inputfile):
    sep_list= [`。`, `?`, `!`]
    targetfolder = "Target"
    max_length = 100000
    merge_prob = 0.6
    basefilename =os.path.basename(inputfile)
    outputfile = targetfolder + `/`+ os.path.splitext(basefilename)[0] + ".tsv"
    textSessionPattern = re.compile(r`<text>(.*?)</text>s*`,  re.I|re.MULTILINE)
    OUT = open(outputfile, `w`,encoding="utf8")
    for line in open(inputfile,encoding="utf8"):
        line = line.strip().rstrip("
")
        alltextsessions = re.findall(textSessionPattern, line)
        for textsession in alltextsessions:
            textsession = re.sub(r`	`, r` `, textsession)
            textsession = re.sub(r`<[^<|>]+>`, r``, textsession)
            textsession = re.sub(r`{[^}|{]+}`, r``, textsession)
            textsession = re.sub(r`s+`,r``,textsession)
            OUT.write(textsession+`
`)
    OUT.close()
    return outputfile
    
def processXMLfilesWithThreads(input):
    with ProcessPoolExecutor() as executor:
        xmlfiles = glob.glob(input + "/*.xml")
        for xmlfile, outputfile in zip( xmlfiles, executor.map( loadXMLfile, xmlfiles) ):
            print("Processed" + outputfile)

if __name__ == `__main__`:
    ap = argparse.ArgumentParser()
    ap.add_argument("-i", "--input", required=True, help="the directory of input files")
    args = ap.parse_args()
    processXMLfilesWithThreads(input = args.input)

2.2 Shell指令碼準備。

for folder in `find /home/ivandu/gysl -path "*/xml" -print`;do mkdir Target;python3 XMLPreProcess.py --input $folder;mv Target ~/temp/$(echo $folder|awk -F "/" `{print $5}`);done

看著有點費勁,改一下:

#!/bin/bash
for folder in `find /home/ivandu/gysl -path "*/xml" -print`;
    do 
        mkdir Target;
        python3 XMLPreProcess.py --input $folder;
        mv Target ~/temp/$(echo $folder|awk -F "/" `{print $5}`);
    done

2.3 執行指令碼。

此步驟就不展示了,涉及到某些商業機密。在Python指令碼所在的目錄下,執行Shell指令碼就行。

三.遇到問題

3.1 “Argument list too long”。

在執行某目錄下的檔案移動、複製、刪除操作時,發現提示“Argument list too long”,命令執行不成功。這個目錄下的檔案數量超過30萬,操作命令如下:

cp * ~/gysl_test

提示:

-sh: /bin/cp: Argument list too long 

解決方案:

for file in `ls`;do cp $file ~/gysl_test/;done

rm,mv也類似,太忙了也就沒繼續探討其他解決方案。

3.2 雙for迴圈執行效率太低。

for folder in `find /home/ivandu/gysl/ -mindepth 2 -maxdepth 2 -print|grep "xml"`;do cd $folder;for file in $(ls);do cp $file ~/gysl_test/;done;done

如果使用這命令來拷貝這些檔案的話,那麼這一天可能就過去了!這個肯定不妥,必須改進。find也用得不夠簡潔,後來都進行優化了。

3.3 Python單執行緒執行效率太低。

Python指令碼使用了多執行緒來進行處理。不過多解釋,大家見諒^_^

四.總結

4.1 總體來說今天處理這些資料還是挺給力的,差不多5000秒就完成了。我寫了一條命令動態觀察了一下。

4.2 正規表示式隨時都能用上,要不是處理一下特殊任務和Python多執行緒,直接一個grep命令寫到shell命令或許早就完事了。

4.3 多執行緒。bash shell中的多執行緒還不會使用,以後還得加強學習一下。

4.4 就寫這麼多了,不足之處還望諸位不吝賜教。


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