常見報錯:參考基因組與VCF存在不匹配的contigs
處理方法:
①按照已有參考基因組更新VCF
java -jar picard.jar UpdateVcfSequenceDictionary R=reference.fasta I=input.vcf O=output.vcf
②如後續不需要contigs資訊的話可以直接刪掉
③使用匹配的參考基因組與VCF資訊,最好統一在GATK中下載
④找統一版本的基因組與VCF資訊,如同為GRCH38.p14,該方法暫未實現,不確定是否可行
⑤其他方法https://cloud.tencent.com/developer/article/2326070