001、
(base) [sy20213040737@admin2 test]$ ls chr.list test.fa (base) [sy20213040737@admin2 test]$ cat test.fa ## 測試fasta檔案 >chr1 xxxx aaaabbb cccccddd >chrx eee jj aaaaaabbbbbc cccccdddd >chr3 iii rr aaaaaaaaa aaaaaaaaa bbbbbbbb >chry errrrr aaaaaaaabbbb bbbbbbbbb >chrk iiiii aaaaaaaaaaaaaaa aaaaaaa (base) [sy20213040737@admin2 test]$ cat chr.list ## 提取的scaffold名稱 >chr1 xxxx >chr3 iii rr (base) [sy20213040737@admin2 test]$ awk '{if(NR == FNR){ay1[$1]} else {if($0 ~ /^>/ && $1 in ay1){pass = 0} else if($0 ~ /^>/ && !($1 in ay1)) {pass = 1}; if(pass == 0) {print $0}}}' chr.list test.fa ## 提取程式 >chr1 xxxx aaaabbb cccccddd >chr3 iii rr aaaaaaaaa aaaaaaaaa bbbbbbbb
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