教程:https://lishensuo.github.io/posts/bioinfo/008單細胞分析工具--monocle軌跡分析/
關於monocle包的安裝(20230311)
最近使用monocle包的orderCells() 函式出現了問題,發現有人已在github提出了相應的解決方案,並提供了更新後的包的原始碼。
https://github.com/cole-trapnell-lab/monocle-release/issues/434 https://github.com/cole-trapnell-lab/monocle-release/files/10134172/monocle_2.26.0.tar.gz
基於上述,總結安裝經驗如下
# step1:按照正常方式安裝monocle包(2.26.0),以安裝相關依賴包
BiocManager::install("monocle")
# step2:單獨解除安裝monocle包
remove.packages("monocle")
# step3: 手動安裝上述修改好的monocle包
install.packages("monocle_2.26.0.tar.gz", repos = NULL)
library(monocle)