在使用 pyinstaller 打包 Python 應用程式為單個可執行檔案（.exe）時，如果你的專案包含位於不同目錄中的 Python 檔案（模組或包），你需要確保 pyinstaller 能夠正確地找到幷包含這些依賴檔案。這通常透過以下幾種方式實現：
1. 使用 -p 或 --paths 選項指定額外的搜尋路徑
如果你的專案依賴於不在當前工作目錄或標準庫路徑中的模組，你可以使用 --paths（或 -p）選項來新增額外的搜尋路徑。例如，如果你的專案結構如下：
| my_project/ | |
| │ | |
| ├── main.py | |
| │ | |
| └── modules/ | |
| └── mymodule.py |
你可以在命令列中這樣呼叫 pyinstaller：
| pyinstaller --paths=./modules main.py |
注意，這僅新增了搜尋路徑，確保 pyinstaller 可以在分析階段找到這些模組。但是，如果你的模組內部有進一步的依賴（如 __init__.py 檔案或子模組），pyinstaller 通常能夠自動處理這些依賴，只要它們被正確地引用。
2. 使用 .spec 檔案進行更細緻的配置
對於更復雜的專案，或者當你需要更多的配置選項時，你可以建立一個 .spec 檔案來指定打包的詳細引數。透過編輯 .spec 檔案，你可以新增額外的資料檔案、隱藏匯入、排除特定模組等。
首先，使用 pyinstaller 的 --specpath 選項（如果你需要）來指定 .spec 檔案應該被建立的位置，然後使用 --onefile 或 --onedir 等選項來生成 .spec 檔案：
| pyinstaller --onefile --specpath=./specs main.py |
這將建立一個 main.spec 檔案。接下來，你可以編輯這個 .spec 檔案，在 Analysis 類中新增額外的路徑或檔案。例如，你可以修改 datas 和 hiddenimports 列表來包含你的專案需要的額外檔案或隱藏的匯入。
3. 確保 Python 指令碼中的模組引用是正確的
最後，但同樣重要的是，確保你的 Python 指令碼中的模組引用是正確的。如果你的模組位於子目錄中，確保使用正確的包匯入語法。例如，如果 main.py 需要匯入 modules 目錄下的 mymodule.py，你應該在 main.py 中這樣寫：
| from modules import mymodule |
而不是嘗試使用相對或絕對檔案路徑直接匯入 Python 檔案。
總結
透過使用 --paths 選項、編輯 .spec 檔案以及確保正確的模組引用，你應該能夠使用 pyinstaller 將包含不同目錄中 Python 檔案的專案打包成單個可執行檔案。如果問題仍然存在，請檢查 pyinstaller 的輸出日誌，看是否有關於缺失模組或檔案的錯誤訊息，並根據這些訊息調整你的打包配置。
如果你希望在使用 pyinstaller 打包 Python 應用程式為 .exe 檔案時，不顯示控制檯視窗（即 GUI 應用程式執行時不會開啟命令列視窗），你可以使用 --windowed 或 --noconsole 引數。這兩個引數在 pyinstaller 中是等價的，都會指示打包器建立一個沒有控制檯視窗的應用程式。
在你的例子中，如果你想在新增額外搜尋路徑的同時確保不顯示控制檯，你可以這樣做：
| pyinstaller --paths=./modules --windowed main.py |
或者
| pyinstaller --paths=./modules --noconsole main.py |
這兩個命令都會將 ./modules 目錄新增到 Python 模組的搜尋路徑中，並且建立一個沒有控制檯視窗的 .exe 檔案。
注意，如果你的應用程式實際上是一個需要控制檯輸入的命令列工具，那麼使用 --windowed 或 --noconsole 引數可能會導致你的應用程式無法正常工作，因為控制檯視窗被禁用了。這些引數僅適用於 GUI 應用程式或那些不需要控制檯互動的應用程式。