其實遇到boot.ini檔案非法的警告，多數是由於該檔案可能存在配置錯誤導致的，只需要找到boot.ini檔案檢查錯誤，並修改該問題即可。
boot.ini 是操作系統啟動配置檔案，在電腦啟動中很重要。尤其是如果有多個作業系統的話，它可以選擇啟動哪一個系統。如果配置檔案損壞，就會提示boot.ini檔案非法。但不影響系統的正常運做。修復方法也比較簡單，如手工修復，也可以用系統盤或網上下載boot.ini檔案修復均可。
下面介紹下簡單的手動修復boot.ini檔案非法的方法：
用記事本開啟boot.ini配置檔案後改稱預設初始值：
[boot loader]
timeout=30
default=multi(0)disk(0)rdisk(0)partition(1)WINDOWS
[operating systems]
multi(0)disk(0)rdisk(0)partition(1)WINDOWS="Microsoft Windows XP Professional" /noexecute=optin /fastdetect
注意：boot.ini檔案在C盤根目錄，具有SHR三種屬性，可以用DOS命令去掉相關屬性後再修改，修改後再恢復該檔案的相關屬性。或者原檔案丟失，手工建立後，加上這些屬性，有助於保護檔案。
去掉屬性：attrib -s -h -r boot.ini
加上屬性：attrib +s +h +r boot.ini
另外，可以在命令列狀態下執行bootcfg.exe。執行bootcfg.exe /?命令以檢視相關引數功能。
儲存之後重新啟動電腦，boot.ini檔案非法的提示一般就消失了。當然也可以直接網上下載boot.ini檔案，然後替換掉C盤windows目錄下的boot.ini檔案即可，不過手動修復也比較簡單，下載替換的話，需要知道boot.ini檔案在哪。