Rootkits病毒主要分為兩大類：
第一種是程式注入式Rootkits，另一種是驅動級Rootkits。
第一種Rootkits技術通常透過釋放動態連結庫(DLL)檔案，並將它們注入到可執行檔案及系統服務程式中執行，阻止作業系統及應用程式對被感染的檔案進行訪問。
第二種Rootkits技術比較複雜，在系統啟動時Rootkits病毒以載入驅動程式的方式，先於防毒軟體被裝入系統，得到合法的作業系統控制權。當防毒軟體透過系統API及NTAPI訪問檔案系統時進行監視，一但發現被Rootkits感染的檔案時返回一個虛假的結果，從而阻止作業系統及應用程式對被感染的檔案進行訪問。
第一種Rootkits病毒較好處理，透過使用防毒軟體可以輕鬆清除，而且不會造成任何嚴重的後果。
第二種Rootkits病毒，由於其以驅動程式裝入系統被認為是驅動的一部分，現階段還沒有一個較好的解決辦法。少數防毒軟體在處理使用此類 Rootkits病毒時甚至會出現漏查漏殺的現象，大多數防毒軟體會發現此類病毒，但往往清除失敗，某些筆者在實際工作中遇到過幾次問題，現加以總結把解決方法與大家分享：
第一個例子出現的現象是作業系統能夠正常執行，但防毒軟體無法啟動，在沒有任何可疑前後臺程式的狀況下，CPU佔用率很高，毫無疑問系統被病毒感染，由於系統本身無法清除病毒，只好把該機器硬碟摘下，掛入另一沒有被病毒感染的作業系統以從盤方式進行防毒，由於病毒盤上所有檔案在乾淨作業系統中只作為普通檔案處理，病毒很快就被清除。問題解決。
第二個例子情況更加嚴重一些，系統在進入桌面後即出現藍色畫面，詢問操作人員後得知，前一天防毒軟體報告病毒，防毒重啟後系統即出現桌面藍色畫面，排除因為硬體及程式問題後，判斷是rootkits病毒破壞作業系統中某啟動檔案引起，掛從盤防毒後果然發現病毒，但作為作業系統主盤引導，依然出現進入桌面即藍色畫面的現象，根據經驗，考慮到rootkits病毒可能首先破壞防毒軟體，而且原防毒軟體已經無法啟動，於是依舊掛從盤利用其他作業系統強行刪除原系統的防毒軟體檔案，再重新裝入原系統，問題解決，重新裝載防毒軟體，查殺後無病毒。
根據上面兩個例子，筆者總結出的特點是Rootkits病毒不僅偽裝性強，徹底清除困難，而且對作業系統會造成一定程度的破壞。