Innodb儲存引擎可將所有資料存放於ibdata*的共享表空間，也可將每張表存放於獨立的.ibd檔案的獨立表空間。共享表空間以及獨立表空間都是針對資料的儲存方式而言的。
共享表空間
某一個資料庫的所有的表資料，索引檔案全部放在一個檔案中，預設這個共享表空間的檔案路徑在data目錄下。 預設的檔名為:ibdata1 初始化為10M。
優點：可以將表空間分成多個檔案存放到各個磁碟上（表空間檔案大小不受表大小的限制，如一個表可以分佈在不同的檔案上）。資料和檔案放在一起方便管理。
缺點：所有的資料和索引存放到一個檔案中，雖然可以把一個大檔案分成多個小檔案，但是多個表及索引在表空間中混合儲存，這樣對於一個表做了大量刪除操作後表空間中將會有大量的空隙，特別是對於統計分析，日值系統這類應用最不適合用共享表空間。
獨立表空間
每一個表都將會生成以獨立的檔案方式來進行儲存，每一個表都有一個.frm表描述檔案，還有一個.ibd檔案。 其中這個檔案包括了單獨一個表的資料內容以及索引內容，預設情況下它的儲存位置也是在表的位置之中。
優點：
1.每個表都有自已獨立的表空間。
2.每個表的資料和索引都會存在自已的表空間中。
3.可以實現單表在不同的資料庫中移動。
4.空間可以回收（除drop table操作處，表空不能自已回收）
a.Drop table操作自動回收表空間，如果對於統計分析或是日值表，刪除大量資料後可以通過:alter table TableName engine=innodb;回縮不用的空間。
b.對於使innodb-plugin的Innodb使用turncate table也會使空間收縮。
c.對於使用獨立表空間的表，不管怎麼刪除，表空間的碎片不會太嚴重的影響效能，而且還有機會處理。
缺點：
單表增加過大，如超過100個G。
詳細說明
該引數在mysql5.6.6及其後續版本預設開啟，開啟該引數的時候，Innodb將每個新建立的表的資料及索引儲存在一個獨立的.ibd檔案裡，而不是系統的表空間。當這些innodb表被刪除或清空的時候，儲存空間會被回收。
開啟innodb_file_per_table，在ALTER TABLE操作重建表的情況下，會將innodb表從系統共享表空間移動到獨立的.ibd檔案。
不開啟innodb_file_per_table，innodb會將所有表及索引的資料儲存在構成系統表空間的ibdata檔案。這樣會降低檔案系統操作的效能開銷，例如DROP TABLE 或 TRUNCATE TABLE。它最適合於將整合磁碟都用於儲存mysql資料的情況，因為系統表空間不會收縮，所有的資料庫都在一個空間例項裡面。當innodb_file_per_table=OFF的時候，應避免在空間受限的系統表空間裡匯入大量臨時資料。
innodb_file_per_table 可通過SET GLOBAL動態的修改為ON或OFF，也可以在my.cnf中做永久性修改，在my.cnf中修改後生效的話需要重啟mysqld服務。
1.innodb_file_per_table設定.開啟方法：
在my.cnf中[mysqld]下設定
innodb_file_per_table=1
2.檢視是否開啟：
mysql> show variables like '%per_table%';
3.關閉獨享表空間
innodb_file_per_table=0關閉獨立的表空間
mysql> show variables like '%per_table%';
如果啟用了innodb_file_per_talbe引數，需要注意的是每張表的表空間記憶體放的只是資料、索引和插入緩衝Bitmap頁，其他資料如：回滾資訊、插入緩衝索引頁、系統事物資訊、二次寫緩衝（Double write buffer）等還是放在原來的共享表空間內。同時說明了一個問題：即使啟用了innodb_file_per_table引數共享表空間還是會不斷的增加其大小的。
注：動態修改後僅對後續操作生效，如原來為共享表空間，動態修改為獨立表空間後僅新建的表為獨立表空間。
想要將共享表空間轉化為獨立表空間有兩種方法：
1.先邏輯備份，然後修改配置檔案my.cnf中的引數innodb_file_per_table引數為1，重啟服務後將邏輯備份匯入即可。
2.修改配置檔案my.cnf中的引數innodb_file_per_table引數為1，重啟服務後將需要修改的所有innodb表都執行一遍：alter table table_name engine=innodb;