001、問題 Error: --recode does not support multipass recoding of very large files.
(base) [root@pc1 test01]# plink --bfile f1 --sheep --recode tab --out test ## 使用命令
002、問題原因，記憶體過小
003、測試
[root@pc1 test01]# ls f1.bed f1.bim f1.fam [root@pc1 test01]# md5sum f1.* ## 輸出md5 51f2d8e84db60f2d09b55998abe3574b f1.bed 46936c0ed6db3d7ee7e5f5ad5536df2d f1.bim 1407a67e5c01b22a7566bf09f3f898b8 f1.fam [root@pc1 test01]# free -h ## 輸出記憶體，記憶體為3.7G total used free shared buff/cache available Mem: 3.7G 458M 865M 30M 2.4G 2.9G Swap: 3.9G 9.0M 3.9G [root@pc1 test01]# plink --bfile f1 --sheep --recode tab --out test &> /dev/null ## 測試命令 [root@pc1 test01]# echo $? ## 判斷運算情況 4 [root@pc1 test01]# ls f1.bed f1.bim f1.fam test.log test.nosex [root@pc1 test01]# grep -i "error" test.log ## 檢視報錯語句 Error: --recode does not support multipass recoding of very large files.
004、測試
xxxx@yyyy:~/x_ljx_test$ ls f1.bed f1.bim f1.fam xxxx@yyyy:~/x_ljx_test$ md5sum f1.* ## 輸出MD5 51f2d8e84db60f2d09b55998abe3574b f1.bed 46936c0ed6db3d7ee7e5f5ad5536df2d f1.bim 1407a67e5c01b22a7566bf09f3f898b8 f1.fam xxxx@yyyy:~/x_ljx_test$ free -h ## 輸出記憶體，記憶體為3.4T total used free shared buff/cache available Mem: 3.4Ti 572Gi 925Gi 69Gi 2.0Ti 2.8Ti Swap: 2.0Gi 0B 2.0Gi xxxx@yyyy:~/x_ljx_test$ plink --bfile f1 --sheep --recode tab --out test &> /dev/null ## 測試語句 xxxx@yyyy:~/x_ljx_test$ echo $? ## 判斷程式執行結果 0 xxxx@yyyy:~/x_ljx_test$ ls f1.bed f1.bim f1.fam test.log test.map test.nosex test.ped xxxx@yyyy:~/x_ljx_test$ grep -i "error" test.log ## 檢視是否有錯誤資訊 xxxx@yyyy:~/x_ljx_test$
005、以上測試結果說明記憶體的原因導致了plink中 Error: --recode does not support multipass recoding of very large files的錯誤提示。