各種ID轉化之心路歷程

weixin_34148456發表於2018-08-13

心路歷程：

接上篇從CAZy database中爬取資料+多噁心的資料都要堅持清洗，我拿到了一批帶有Genbank protein accession的資料，無知的我居然手動在NCBI上搜尋gene symbol然後粘到excel裡！大概搜了幾百個，一上午過去了，中午吃完飯，一邊昏昏欲睡一邊聽著音樂機械的重複勞動，忽然一激靈，為什麼我要做這種無聊的工作？
想起上回師兄炫耀說他存在的意義：做溼實驗96孔板得到的資料，一條條往excel裡貼上需要半小時，他花十分鐘寫了個程式實現自動貼上，就幫全實驗室人解決了N個半小時。
Excuse me??? 我是個做生信的啊，為什麼我要手動？？為什麼？？？
對自己呵呵呵了幾聲。

於是我爬了谷歌，度娘，又在群裡請教了大神，總結了幾種方法，按好用順序排列：

  1. https://biodbnet-abcc.ncifcrf.gov/db/db2db.php
    最好用的，基本cover常見的任何ID
  2. DAVID
    不過聽說老舊，於是沒有嘗試
  3. 谷歌上有biomaRt的教程，我執著的想用R裝一波，尚未成功。
    在此感謝小丫畫圖群中的某同學，不知他是否願意透露姓名，我就不在此公開了。= =

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